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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8gmu | ||||||
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タイトル | Structure of lambda repressor in complex with RecA filament | ||||||
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![]() | DNA BINDING PROTEIN/DNA / SOS response / RecA / lambda repressor / Filament / DNA repair / Helical reconstruction / DNA BINDING PROTEIN-DNA COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | ![]() maintenance of viral latency / DNA polymerase V complex / latency-replication decision / positive regulation of viral transcription / homologous recombination / negative regulation of transcription by competitive promoter binding / recombinational repair / ATP-dependent DNA damage sensor activity / response to ionizing radiation / SOS response ...maintenance of viral latency / DNA polymerase V complex / latency-replication decision / positive regulation of viral transcription / homologous recombination / negative regulation of transcription by competitive promoter binding / recombinational repair / ATP-dependent DNA damage sensor activity / response to ionizing radiation / SOS response / ATP-dependent activity, acting on DNA / translesion synthesis / core promoter sequence-specific DNA binding / cell motility / single-stranded DNA binding / DNA-binding transcription factor binding / DNA recombination / damaged DNA binding / DNA damage response / ATP hydrolysis activity / ATP binding / identical protein binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.78 Å | ||||||
![]() | Gao, B. / Feng, Y. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural basis for regulation of SOS response in bacteria. 著者: Bo Gao / Liang Liang / Lu Su / Aijia Wen / Chun Zhou / Yu Feng / ![]() 要旨: In response to DNA damage, bacterial RecA protein forms filaments with the assistance of DinI protein. The RecA filaments stimulate the autocleavage of LexA, the repressor of more than 50 SOS genes, ...In response to DNA damage, bacterial RecA protein forms filaments with the assistance of DinI protein. The RecA filaments stimulate the autocleavage of LexA, the repressor of more than 50 SOS genes, and activate the SOS response. During the late phase of SOS response, the RecA filaments stimulate the autocleavage of UmuD and λ repressor CI, leading to mutagenic repair and lytic cycle, respectively. Here, we determined the cryo-electron microscopy structures of RecA filaments in complex with DinI, LexA, UmuD, and λCI by helical reconstruction. The structures reveal that LexA and UmuD dimers bind in the filament groove and cleave in an intramolecular and an intermolecular manner, respectively, while λCI binds deeply in the filament groove as a monomer. Despite their distinct folds and oligomeric states, all RecA filament binders recognize the same conserved protein features in the filament groove. The SOS response in bacteria can lead to mutagenesis and antimicrobial resistance, and our study paves the way for rational drug design targeting the bacterial SOS response. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 163.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 126.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14999.833 Da / 分子数: 1 / 変異: K192A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: cI, lambdap88 / 発現宿主: ![]() ![]() | ||||||||
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#2: タンパク質 | 分子量: 38016.277 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #3: DNA鎖 | | 分子量: 1780.199 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() ![]() #4: 化合物 | #5: 化合物 | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: HELICAL ARRAY / 3次元再構成法: らせん対称体再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: RecA-CI complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1700 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 800 nm |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) |
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解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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らせん対称 | 回転角度/サブユニット: 118.1 ° / 軸方向距離/サブユニット: 31.5 Å / らせん対称軸の対称性: C1 |
3次元再構成 | 解像度: 2.78 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 500031 / 対称性のタイプ: HELICAL |