PDB-8gm7: Structure of apurinic/apyrimidinic DNA Lyase TK0353 from Thermoco...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8gm7

タイトル

Structure of apurinic/apyrimidinic DNA Lyase TK0353 from Thermococcus kodakarensis (Native Crystal Form)

要素

TK0353

キーワード

LYASE / DNA binding apurinic/apyrimidinic DNA lyase

機能・相同性

Uncharacterized protein

機能・相同性情報

生物種

Thermococcus kodakarensis (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Eckenroth, B.E. / Gardner, A.F. / Doublie, S.

資金援助

米国, 2件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2023
タイトル: Thermococcus kodakarensis TK0353 is a novel AP lyase with a new fold.
著者: Caffrey, P.J. / Eckenroth, B.E. / Burkhart, B.W. / Zatopek, K.M. / McClung, C.M. / Santangelo, T.J. / Doublie, S. / Gardner, A.F.

履歴

登録	2023年3月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年12月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年12月13日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年12月27日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.3	2024年10月9日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8gm7_validation.pdf.gz	470.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8gm7_full_validation.pdf.gz	474.9 KB	表示
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CIF形式データ	8gm7_validation.cif.gz	40.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gm/8gm7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gm/8gm7	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8gm6C 8syjC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: TK0353

B: TK0353

C: TK0353

D: TK0353

ヘテロ分子

79.3 kDa, 4 ポリマー
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1

A: TK0353

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: light scattering, Dynamic light scattering shows a radius of 25 angstrom suggesting monomeric species in solution.
19.7 kDa, 1 ポリマー
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2

B: TK0353

登録者が定義した集合体
19.6 kDa, 1 ポリマー
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3

C: TK0353

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
19.9 kDa, 1 ポリマー
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4

D: TK0353

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
20 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	62.212, 89.925, 130.922
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
d_1	ens_1	(chain "A" and (resid 1 through 25 or (resid 26...
d_2	ens_1	(chain "B" and (resid 1 through 4 or (resid 5...
d_3	ens_1	(chain "C" and ((resid 1 and (name N or name...
d_4	ens_1	(chain "D" and (resid 1 through 4 or (resid 5...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: ens_1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
d_1	1	MET	MET	GLY	GLY	A	A	1 - 36	1 - 36
d_1	2	ILE	ILE	LEU	LEU	A	A	38 - 39	38 - 39
d_1	3	TYR	TYR	GLU	GLU	A	A	41 - 54	41 - 54
d_1	4	PHE	PHE	GLU	GLU	A	A	56 - 57	56 - 57
d_1	5	THR	THR	ASN	ASN	A	A	59 - 77	59 - 77
d_1	6	VAL	VAL	GLY	GLY	A	A	79 - 140	79 - 140
d_1	7	TYR	TYR	PRO	PRO	A	A	142 - 154	142 - 154
d_1	8	LEU	LEU	THR	THR	A	A	156 - 157	156 - 157
d_1	9	GLU	GLU	GLU	GLU	A	A	160 - 167	160 - 167
d_2	1	MET	MET	GLY	GLY	B	B	1 - 36	1 - 36
d_2	2	ILE	ILE	LEU	LEU	B	B	38 - 39	38 - 39
d_2	3	TYR	TYR	GLU	GLU	B	B	41 - 54	41 - 54
d_2	4	PHE	PHE	GLU	GLU	B	B	56 - 57	56 - 57
d_2	5	THR	THR	ASN	ASN	B	B	59 - 77	59 - 77
d_2	6	VAL	VAL	GLY	GLY	B	B	79 - 140	79 - 140
d_2	7	TYR	TYR	PRO	PRO	B	B	142 - 154	142 - 154
d_2	8	LEU	LEU	THR	THR	B	B	156 - 157	156 - 157
d_2	9	GLU	GLU	GLU	GLU	B	B	160 - 167	160 - 167
d_3	1	MET	MET	GLY	GLY	C	C	1 - 36	1 - 36
d_3	2	ILE	ILE	LEU	LEU	C	C	38 - 39	38 - 39
d_3	3	TYR	TYR	GLU	GLU	C	C	41 - 54	41 - 54
d_3	4	PHE	PHE	GLU	GLU	C	C	56 - 57	56 - 57
d_3	5	THR	THR	ASN	ASN	C	C	59 - 77	59 - 77
d_3	6	VAL	VAL	GLY	GLY	C	C	79 - 140	79 - 140
d_3	7	TYR	TYR	PRO	PRO	C	C	142 - 154	142 - 154
d_3	8	LEU	LEU	THR	THR	C	C	156 - 157	156 - 157
d_3	9	GLU	GLU	GLU	GLU	C	C	160 - 167	160 - 167
d_4	1	MET	MET	GLY	GLY	D	D	1 - 36	1 - 36
d_4	2	ILE	ILE	LEU	LEU	D	D	38 - 39	38 - 39
d_4	3	TYR	TYR	GLU	GLU	D	D	41 - 54	41 - 54
d_4	4	PHE	PHE	GLU	GLU	D	D	56 - 57	56 - 57
d_4	5	THR	THR	ASN	ASN	D	D	59 - 77	59 - 77
d_4	6	VAL	VAL	GLY	GLY	D	D	79 - 140	79 - 140
d_4	7	TYR	TYR	PRO	PRO	D	D	142 - 154	142 - 154
d_4	8	LEU	LEU	THR	THR	D	D	156 - 157	156 - 157
d_4	9	GLU	GLU	GLU	GLU	D	D	160 - 167	160 - 167

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(0.99979487278, -0.00764738387351, 0.0187544629918), (-0.00691158561837, -0.99921573499, -0.0389890360608), (0.0190379186483, 0.0388514152716, -0.999063624193)	0.451664526807, 1.2259068427, 5.16824074529
2	given	(-0.236915430258, 0.964585558538, -0.115955936314), (-0.718370735416, -0.0935741120183, 0.68933835818), (0.654075351473, 0.246614244967, 0.715099188068)	-32.7508000787, -43.3447844645, -19.4871169029
3	given	(0.244450245761, -0.964099547724, 0.10371180948), (-0.741262919593, -0.116846769929, 0.660966047837), (-0.625118677839, -0.238451031525, -0.74321446715)	-59.2391499181, -43.6321115986, -39.432755465

#1: タンパク質	TK0353 分子量: 19643.920 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermococcus kodakarensis (古細菌) 遺伝子: TK0353 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): T7 Express / 参照: UniProt: Q5JCX2
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 293 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.22 % / 解説: Plates
結晶化	温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 2.5 M (NH4)2SO4, cryoprotection by addition of 1.5M Li2SO4

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.033 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月20日 / 詳細: Mirrors
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.75→48 Å / Num. obs: 139905 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 5.4 % / B_iso Wilson estimate: 29.57 Å² / CC_1/2: 0.994 / R_merge(I) obs: 0.109 / R_pim(I) all: 0.051 / R_rim(I) all: 0.121 / Net I/σ(I): 6.6
反射シェル	解像度: 1.75→1.81 Å / 冗長度: 5.2 % / R_merge(I) obs: 2.035 / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / Num. unique obs: 13696 / CC_1/2: 0.541 / R_pim(I) all: 0.987 / R_rim(I) all: 2.268 / % possible all: 92.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
PROTEUM PLUS	3	データ削減
PROTEUM PLUS	3	データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.75→47.65 Å / SU ML: 0.2324 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 24.4705
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2202	14033	10.03 %
R_work	0.1875	125872	-
obs	0.1908	139905	97.95 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 38.53 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→47.65 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5215	0	41	293	5549

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0121	5441
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.2085	7372
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.077	814
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.011	948
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.58	2065

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
ens_1	d_2	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.563278891289
ens_1	d_3	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	1.16592061687
ens_1	d_4	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	1.13016273867

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.75-1.77	0.4035	295	0.4028	2705	X-RAY DIFFRACTION	62.4
1.77-1.79	0.4096	435	0.371	3928	X-RAY DIFFRACTION	91.64
1.79-1.81	0.361	454	0.3317	4128	X-RAY DIFFRACTION	95.96
1.81-1.84	0.3324	478	0.3163	4185	X-RAY DIFFRACTION	97.98
1.84-1.86	0.3229	503	0.3033	4169	X-RAY DIFFRACTION	98.82
1.86-1.89	0.3308	445	0.2945	4321	X-RAY DIFFRACTION	98.96
1.89-1.91	0.3333	543	0.2899	4142	X-RAY DIFFRACTION	99.38
1.91-1.94	0.303	488	0.2766	4278	X-RAY DIFFRACTION	99.29
1.94-1.97	0.2845	458	0.2496	4202	X-RAY DIFFRACTION	99.62
1.97-2	0.2792	534	0.231	4246	X-RAY DIFFRACTION	99.65
2-2.04	0.2484	444	0.2148	4316	X-RAY DIFFRACTION	99.62
2.04-2.08	0.2656	430	0.2079	4347	X-RAY DIFFRACTION	99.9
2.08-2.12	0.2503	488	0.1911	4213	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.12-2.16	0.2363	444	0.1913	4341	X-RAY DIFFRACTION	99.98
2.16-2.21	0.2135	502	0.1901	4232	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.21-2.26	0.2404	498	0.1876	4239	X-RAY DIFFRACTION	99.87
2.26-2.31	0.2275	436	0.1794	4347	X-RAY DIFFRACTION	99.92
2.31-2.38	0.2379	515	0.1832	4291	X-RAY DIFFRACTION	99.94
2.38-2.45	0.2364	432	0.1951	4230	X-RAY DIFFRACTION	99.68
2.45-2.53	0.232	492	0.1961	4272	X-RAY DIFFRACTION	99.83
2.53-2.62	0.2415	457	0.1974	4329	X-RAY DIFFRACTION	99.79
2.62-2.72	0.2374	486	0.1836	4268	X-RAY DIFFRACTION	99.94
2.72-2.84	0.2283	462	0.1912	4297	X-RAY DIFFRACTION	99.9
2.84-2.99	0.2537	470	0.1999	4271	X-RAY DIFFRACTION	99.79
2.99-3.18	0.2159	486	0.1863	4236	X-RAY DIFFRACTION	99.66
3.18-3.43	0.2193	461	0.1802	4279	X-RAY DIFFRACTION	99.41
3.43-3.77	0.1881	485	0.1571	4255	X-RAY DIFFRACTION	99.6
3.77-4.32	0.1523	474	0.1375	4269	X-RAY DIFFRACTION	99.73
4.32-5.44	0.1676	479	0.1404	4276	X-RAY DIFFRACTION	99.75
5.44-47.65	0.2002	459	0.1967	4260	X-RAY DIFFRACTION	99.01

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.767266952554	0.0627543946124	0.0948682258359	0.201964692452	-0.0276344941338	0.38087965627	-0.119346667123	0.142177254504	-0.286818252734	-0.053445334095	0.00374401565512	0.196819843254	0.000407857099276	-0.131223505938	-2.34083556537E-5	0.339251911219	-0.0011460671807	0.0147076209212	0.219172107432	-0.0224023824372	0.21486127221	-18.6498672343	-1.47918514661	7.42200765163
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

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2	2	chain 'A' and (resid 16 through 25 )	A	A	16 - 25	16 - 25
3	3	chain 'A' and (resid 26 through 34 )	A	A	26 - 34	26 - 34
4	4	chain 'A' and (resid 35 through 49 )	A	A	35 - 49	35 - 49
5	5	chain 'A' and (resid 50 through 59 )	A	A	50 - 59	50 - 59
6	6	chain 'A' and (resid 60 through 70 )	A	A	60 - 70	60 - 70
7	7	chain 'A' and (resid 71 through 82 )	A	A	71 - 82	71 - 82
8	8	chain 'A' and (resid 83 through 100 )	A	A	83 - 100	83 - 100
9	9	chain 'A' and (resid 101 through 126 )	A	A	101 - 126	101 - 126
10	10	chain 'A' and (resid 127 through 141 )	A	A	127 - 141	127 - 141
11	11	chain 'A' and (resid 142 through 157 )	A	A	142 - 157	142 - 157
12	12	chain 'A' and (resid 158 through 168 )	A	A	158 - 168	158 - 168
13	13	chain 'B' and (resid 1 through 15 )	B	B	1 - 15	1 - 15
14	14	chain 'B' and (resid 16 through 25 )	B	B	16 - 25	16 - 25
15	15	chain 'B' and (resid 26 through 59 )	B	B	26 - 59	26 - 59
16	16	chain 'B' and (resid 60 through 71 )	B	B	60 - 71	60 - 71
17	17	chain 'B' and (resid 72 through 82 )	B	B	72 - 82	72 - 82
18	18	chain 'B' and (resid 83 through 126 )	B	B	83 - 126	83 - 126
19	19	chain 'B' and (resid 127 through 141 )	B	B	127 - 141	127 - 141
20	20	chain 'B' and (resid 142 through 168 )	B	B	142 - 168	142 - 168
21	21	chain 'C' and (resid 1 through 15 )	C	C	1 - 15	1 - 15
22	22	chain 'C' and (resid 16 through 34 )	C	C	16 - 34	16 - 34
23	23	chain 'C' and (resid 35 through 49 )	C	C	35 - 49	35 - 49
24	24	chain 'C' and (resid 50 through 70 )	C	C	50 - 70	50 - 70
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26	26	chain 'C' and (resid 88 through 116 )	C	C	88 - 116	88 - 116
27	27	chain 'C' and (resid 117 through 126 )	C	C	117 - 126	117 - 126
28	28	chain 'C' and (resid 127 through 141 )	C	C	127 - 141	127 - 141
29	29	chain 'C' and (resid 142 through 157 )	C	C	142 - 157	142 - 157
30	30	chain 'C' and (resid 158 through 170 )	C	C	158 - 170	158 - 170
31	31	chain 'D' and (resid 1 through 34 )	D	D	1 - 34	1 - 34
32	32	chain 'D' and (resid 35 through 49 )	D	D	35 - 49	35 - 49
33	33	chain 'D' and (resid 50 through 71 )	D	D	50 - 71	50 - 71
34	34	chain 'D' and (resid 72 through 157 )	D	D	72 - 157	72 - 157
35	35	chain 'D' and (resid 158 through 169 )	D	D	158 - 169	158 - 169

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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