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Yorodumi- PDB-8syj: Structure of apurinic/apyrimidinic DNA lyase TK0353 from Thermoco... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8syj | |||||||||
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Title | Structure of apurinic/apyrimidinic DNA lyase TK0353 from Thermococcus kodakarensis (Iodide crystal form) | |||||||||
Components | TK0353 | |||||||||
Keywords | LYASE / apurinic/apyrimidinic DNA lyase DNA binding protein | |||||||||
Function / homology | IODIDE ION / Uncharacterized protein Function and homology information | |||||||||
Biological species | Thermococcus kodakarensis (archaea) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.2 Å | |||||||||
Authors | Eckenroth, B.E. / Gardner, A.F. / Doublie, S. | |||||||||
Funding support | United States, 2items
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Citation | Journal: J.Biol.Chem. / Year: 2023 Title: Thermococcus kodakarensis TK0353 is a novel AP lyase with a new fold. Authors: Caffrey, P.J. / Eckenroth, B.E. / Burkhart, B.W. / Zatopek, K.M. / McClung, C.M. / Santangelo, T.J. / Doublie, S. / Gardner, A.F. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8syj.cif.gz | 337.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8syj.ent.gz | 230 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8syj.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 8syj_validation.pdf.gz | 496.5 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 8syj_full_validation.pdf.gz | 510.6 KB | Display | |
Data in XML | 8syj_validation.xml.gz | 30 KB | Display | |
Data in CIF | 8syj_validation.cif.gz | 40.5 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sy/8syj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sy/8syj | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 8gm6C 8gm7C C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
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