PDB-8gm6: Structure of apurinic/apyrimidinic DNA lyase TK0353 from Thermoco...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8gm6

タイトル

Structure of apurinic/apyrimidinic DNA lyase TK0353 from Thermococcus kodakarensis (Selenomethionine)

要素

TK0353

キーワード

LYASE / apurinic/apyrimidinic DNA lyase DNA binding protein

機能・相同性

Uncharacterized protein

機能・相同性情報

生物種

Thermococcus kodakarensis (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.98 Å

データ登録者

Eckenroth, B.E. / Gardner, A.F. / Doublie, S.

資金援助

米国, 2件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2023
タイトル: Thermococcus kodakarensis TK0353 is a novel AP lyase with a new fold.
著者: Caffrey, P.J. / Eckenroth, B.E. / Burkhart, B.W. / Zatopek, K.M. / McClung, C.M. / Santangelo, T.J. / Doublie, S. / Gardner, A.F.

履歴

登録	2023年3月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年12月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年12月13日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年12月27日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.3	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.4	2025年7月16日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.pdbx_collection_date

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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関連構造データ

関連構造データ	8gm7C 8syjC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: TK0353

B: TK0353

ヘテロ分子

39.9 kDa, 2 ポリマー
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1

A: TK0353

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: light scattering, 25 angstrom radius determined by dynamic light scattering equivalent to the monomeric species.
19.9 kDa, 1 ポリマー
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2

B: TK0353

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
20 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	99.542, 99.542, 159.507
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22
Space group name Hall	P6₁2(x,y,z+5/12)
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x-y,x,z+1/6 #3: y,-x+y,z+5/6 #4: -y,x-y,z+1/3 #5: -x+y,-x,z+2/3 #6: x-y,-y,-z #7: -x,-x+y,-z+2/3 #8: -x,-y,z+1/2 #9: y,x,-z+1/3 #10: -y,-x,-z+5/6 #11: -x+y,y,-z+1/2 #12: x,x-y,-z+1/6

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
d_1	ens_1	(chain "A" and (resid 2 through 5 or (resid 6...
d_2	ens_1	(chain "B" and (resid 2 through 22 or resid 24...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: ens_1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
d_1	1	TYR	TYR	PHE	PHE	A	A	2 - 22	2 - 22
d_1	2	PHE	PHE	PHE	PHE	A	A	24 - 31	24 - 31
d_1	3	TYR	TYR	GLY	GLY	A	A	33 - 36	33 - 36
d_1	4	ILE	ILE	LEU	LEU	A	A	38 - 39	38 - 39
d_1	5	TYR	TYR	SER	SER	A	A	41 - 42	41 - 42
d_1	6	LYS	LYS	GLU	GLU	A	A	44 - 57	44 - 57
d_1	7	THR	THR	GLY	GLY	A	A	59 - 60	59 - 60
d_1	8	PRO	PRO	ASN	ASN	A	A	62 - 77	62 - 77
d_1	9	VAL	VAL	LYS	LYS	A	A	79 - 81	79 - 81
d_1	10	LEU	LEU	ARG	ARG	A	A	83 - 158	83 - 158
d_1	11	GLU	GLU	GLU	GLU	A	A	160 - 167	160 - 167
d_2	1	TYR	TYR	PHE	PHE	B	B	2 - 22	2 - 22
d_2	2	PHE	PHE	PHE	PHE	B	B	24 - 31	24 - 31
d_2	3	TYR	TYR	GLY	GLY	B	B	33 - 36	33 - 36
d_2	4	ILE	ILE	LEU	LEU	B	B	38 - 39	38 - 39
d_2	5	TYR	TYR	SER	SER	B	B	41 - 42	41 - 42
d_2	6	LYS	LYS	GLU	GLU	B	B	44 - 57	44 - 57
d_2	7	THR	THR	GLY	GLY	B	B	59 - 60	59 - 60
d_2	8	PRO	PRO	ASN	ASN	B	B	62 - 77	62 - 77
d_2	9	VAL	VAL	LYS	LYS	B	B	79 - 81	79 - 81
d_2	10	LEU	LEU	ARG	ARG	B	B	83 - 158	83 - 158
d_2	11	GLU	GLU	GLU	GLU	B	B	160 - 167	160 - 167

NCS oper: (Code: givenMatrix: (-0.980924933597, 0.0476049927212, -0.188467608136), (-0.106029362387, 0.681584705922, 0.72401661788), (0.162923445091, 0.730189053138, -0.663535905372)ベクター: -28. ...

#1: タンパク質	TK0353 分子量: 19784.605 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermococcus kodakarensis (古細菌) 遺伝子: TK0353 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): T7 Express / 参照: UniProt: Q5JCX2
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 125 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.88 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.33 % / 解説: small hexagonal
結晶化	温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 2.5 M (NH4)2SO4 with 0.1 M Tris pH 8.0 mixed 1:1 with Protein at 20 mg/ml in 10 mM Tris pH 7.5, 100 mM NaCl, 10% glycerol and 1 mM DTT. Cryoprotection by addition of 1.5 M Li2SO4

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.9794 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年3月22日
放射	モノクロメーター: Mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.98→43.1 Å / Num. obs: 61936 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 17.6 % / B_iso Wilson estimate: 38.78 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.19 / R_pim(I) all: 0.046 / R_rim(I) all: 0.195 / Net I/σ(I): 12.6
反射シェル	解像度: 1.98→2.02 Å / 冗長度: 16.3 % / R_merge(I) obs: 4.63 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 3685 / CC_1/2: 0.471 / R_pim(I) all: 1.18 / R_rim(I) all: 4.78 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
MOSFLM	7.4.0	データ削減
Aimless	0.7.3	データスケーリング
CRANK2	2.0.227	位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.98→43.1 Å / SU ML: 0.2696 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 28.0841
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2333	6236	10.07 %
R_work	0.1985	55700	-
obs	0.2021	61936	99.98 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 61.93 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.98→43.1 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2638	0	16	125	2779

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0093	2739
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9948	3706
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0579	406
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0086	480
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.4567	1051

Refine LS restraints NCS

タイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 0.784288418023 Å

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.98-2	0.3623	219	0.375	1834	X-RAY DIFFRACTION	99.85
2-2.02	0.3545	214	0.3631	1851	X-RAY DIFFRACTION	99.95
2.02-2.05	0.3671	177	0.3479	1884	X-RAY DIFFRACTION	100
2.05-2.07	0.3903	185	0.3338	1898	X-RAY DIFFRACTION	100
2.07-2.1	0.3613	205	0.328	1849	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1-2.13	0.3161	221	0.3256	1832	X-RAY DIFFRACTION	100
2.13-2.16	0.3454	222	0.3182	1869	X-RAY DIFFRACTION	100
2.16-2.19	0.3314	187	0.3005	1851	X-RAY DIFFRACTION	99.9
2.19-2.23	0.3247	196	0.2811	1872	X-RAY DIFFRACTION	100
2.23-2.26	0.32	196	0.2885	1889	X-RAY DIFFRACTION	100
2.26-2.3	0.282	181	0.2762	1880	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3-2.34	0.3292	162	0.2555	1868	X-RAY DIFFRACTION	100
2.34-2.39	0.29	184	0.2489	1890	X-RAY DIFFRACTION	100
2.39-2.44	0.356	201	0.2405	1882	X-RAY DIFFRACTION	100
2.44-2.49	0.31	234	0.2525	1827	X-RAY DIFFRACTION	100
2.49-2.55	0.2639	202	0.2326	1862	X-RAY DIFFRACTION	100
2.55-2.61	0.2552	211	0.224	1868	X-RAY DIFFRACTION	100
2.61-2.68	0.2594	184	0.2264	1859	X-RAY DIFFRACTION	100
2.68-2.76	0.2956	217	0.2286	1854	X-RAY DIFFRACTION	99.95
2.76-2.85	0.2769	229	0.2279	1840	X-RAY DIFFRACTION	100
2.85-2.95	0.2762	223	0.231	1820	X-RAY DIFFRACTION	100
2.95-3.07	0.2708	211	0.2188	1854	X-RAY DIFFRACTION	99.95
3.07-3.21	0.2333	207	0.2233	1874	X-RAY DIFFRACTION	100
3.21-3.38	0.2348	244	0.1854	1817	X-RAY DIFFRACTION	100
3.38-3.59	0.2235	235	0.1672	1837	X-RAY DIFFRACTION	100
3.59-3.87	0.1924	242	0.1589	1819	X-RAY DIFFRACTION	99.95
3.87-4.26	0.2129	219	0.138	1837	X-RAY DIFFRACTION	100
4.26-4.87	0.1531	210	0.124	1852	X-RAY DIFFRACTION	100
4.87-6.13	0.1665	186	0.1623	1892	X-RAY DIFFRACTION	100
6.14-43.1	0.1838	232	0.167	1839	X-RAY DIFFRACTION	99.9

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.11105142065	-2.34367633491	-2.60870963135	2.24324957785	0.381068968548	4.70751724303	-0.150208082307	0.588583571312	-0.397774420679	-1.06346942156	-0.0410013649577	0.877028080022	0.888583541017	0.115623920367	0.0230063138254	0.717398193129	-0.0187968475667	-0.213779885789	0.647018374571	-0.204091970461	0.830719374886	-32.8815760691	32.3161574722	-9.86263973947
2	6.42174827742	-1.1961438618	1.43915380997	5.1486554841	-2.14610967447	4.27891286767	0.184519658439	0.178803452214	-1.25307296958	-0.504810953171	-0.0260708815771	0.569667676386	0.813312904053	0.313507882506	-0.107580099828	0.38032922461	0.0195861060919	-0.00356482367727	0.482954681872	0.0918910367628	0.598384054877	-27.5145833397	31.8430568811	-1.7908966811
3	0.55783525215	-0.203198126651	-0.295930231478	0.586959387964	-0.529563630371	0.954678455175	-0.298305278661	-0.113590870542	-0.609754394931	0.37838906203	0.691431359263	0.771428051306	-0.305592158796	-0.510260223009	0.30140304936	0.906984051875	0.155424705237	0.471341537035	0.896776067605	0.509558344694	1.0619898914	-33.3024780828	30.679991719	5.83235215033
4	3.62318834574	-0.0498172997985	-0.693819680622	1.83190645428	1.66630248109	2.72684367717	-0.510907938889	-0.326119520084	-0.545203852136	1.48959162251	0.291466710391	0.778849320248	0.0835697705799	0.311575239457	0.153884889865	0.49686036606	0.0071824252882	0.10962215715	0.612198431777	0.156386288051	0.468838946726	-24.3322122154	41.1803355423	7.35812457951
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6	2.82508854358	-0.242404491923	-1.07410819911	4.87564651785	0.748216743504	3.7563934014	0.0134143868283	0.22281369254	0.425455796925	-0.713662330372	0.210246804221	0.0237374612443	-0.55683031488	0.0614130891441	-0.13435930441	0.414370495498	-0.104587644902	0.00838441859638	0.549731819223	0.163640455689	0.35677012111	-23.9113733038	53.224390434	-8.62835217241
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12	2.72840117254	-0.331213099573	-0.486599819271	2.21770032205	-0.0505457789696	2.73006724626	0.317392336676	-0.201132576921	0.271500582982	-0.00829152837989	-0.269326981103	-0.557799384263	-0.0931725271667	-0.011123777025	-0.0439247321129	0.269830976782	0.000577506027574	0.0345297932148	0.52784509805	0.0374707390291	0.520323632818	-0.450852347279	39.0174785035	7.50394542632
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 1 through 9 )	A	A	1 - 9	1 - 9
2	2	chain 'A' and (resid 10 through 59 )	A	A	10 - 59	10 - 59
3	3	chain 'A' and (resid 60 through 70 )	A	A	60 - 70	60 - 70
4	4	chain 'A' and (resid 71 through 87 )	A	A	71 - 87	71 - 87
5	5	chain 'A' and (resid 88 through 108 )	A	A	88 - 108	88 - 108
6	6	chain 'A' and (resid 109 through 139 )	A	A	109 - 139	109 - 139
7	7	chain 'A' and (resid 140 through 168 )	A	A	140 - 168	140 - 168
8	8	chain 'B' and (resid 1 through 9 )	B	B	1 - 9	1 - 9
9	9	chain 'B' and (resid 10 through 59 )	B	B	10 - 59	10 - 59
10	10	chain 'B' and (resid 60 through 70 )	B	B	60 - 70	60 - 70
11	11	chain 'B' and (resid 71 through 87 )	B	B	71 - 87	71 - 87
12	12	chain 'B' and (resid 88 through 108 )	B	B	88 - 108	88 - 108
13	13	chain 'B' and (resid 109 through 139 )	B	B	109 - 139	109 - 139
14	14	chain 'B' and (resid 140 through 168 )	B	B	140 - 168	140 - 168

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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