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- PDB-8glr: FrlB - Deglycase for 6-phosphofructose lysine -

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IDまたはキーワード:

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8glr
タイトルFrlB - Deglycase for 6-phosphofructose lysine
要素SIS domain-containing protein
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / deglycase / fructose-lysine metabolism / Amadori compound / sugar isomerase domain
機能・相同性
機能・相同性情報


carbohydrate derivative metabolic process / carbohydrate derivative binding
類似検索 - 分子機能
Fructosamine deglycase FrlB / Fructosamine deglycase FrlB, SIS domain 1 / SIS domain / SIS domain / SIS domain profile. / SIS domain superfamily / Glucose-6-phosphate isomerase like protein; domain 1 / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
SIS domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.83 Å
データ登録者Bell, C.E. / Gopalan, V. / Kovvali, S.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01-AI140541 米国
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2023
タイトル: Insights into the catalytic mechanism of a bacterial deglycase essential for utilization of fructose-lysine.
著者: Kovvali, S. / Gao, Y. / Cool, A. / Lindert, S. / Wysocki, V.H. / Bell, C.E. / Gopalan, V.
履歴
登録2023年3月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年7月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年7月12日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.title
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SIS domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,5332
ポリマ－38,4411
非ポリマー921
水4,288238
1
A: SIS domain-containing protein
ヘテロ分子

A: SIS domain-containing protein
ヘテロ分子


  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: mass spectrometry, The dimer is confirmed by native mass spectrometry and is a similar dimer that is seen for related proteins (such as 2A3N that was used form molecular replacement).
  • 77.1 kDa, 2 ポリマー
  • Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,0664
ポリマ－76,8822
非ポリマー1842
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-x,-y+1,z1
Buried area5910 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area21660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.680, 75.223, 82.837
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-678-

HOH

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要素

#1: タンパク質 SIS domain-containing protein


分子量: 38440.934 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
遺伝子: AIT36_19960, BG493_20030, G0K88_001622, G0K89_001219, G0K90_002095, G0K94_001269, G0K95_001240, G0L00_000266, G0L02_001295, G0L86_001412, G0M06_001202, G0M13_000979, G0M18_002254, G0M22_ ...遺伝子: AIT36_19960, BG493_20030, G0K88_001622, G0K89_001219, G0K90_002095, G0K94_001269, G0K95_001240, G0L00_000266, G0L02_001295, G0L86_001412, G0M06_001202, G0M13_000979, G0M18_002254, G0M22_001196, G0M25_001016, G0M29_001211, G0M46_001199, G0M48_001460, G4F88_04075, G4F89_20295, G4F91_19950, G4F92_04075, GXC51_00580, GXC56_00580, GXG40_00580, GYJ28_003810
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A564XQZ9
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 238 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.46 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M HEPES (pH 7.5) and 1.0 M ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: SEALED TUBE / タイプ: RIGAKU MICROMAX-003 / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 R 200K-A / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.83→45.1 Å / Num. obs: 28584 / % possible obs: 94.3 % / 冗長度: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 11.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Rpim(I) all: 0.038 / Rrim(I) all: 0.091 / Χ2: 1.279 / Net I/av σ(I): 20.7 / Net I/σ(I): 20.5
反射 シェル解像度: 1.83→1.88 Å / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.462 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Num. unique obs: 28564 / Rpim(I) all: 0.214 / Rrim(I) all: 0.511 / Χ2: 1.295 / % possible all: 84.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
HKL-3000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2a3n

2a3n


解像度: 1.83→45.09 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / SU B: 2.349 / SU ML: 0.072 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.125 / ESU R Free: 0.123 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20331 1377 4.8 %RANDOM
Rwork0.16009 ---
obs0.16209 27187 94.28 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 16.357 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.04 Å2-0 Å20 Å2
2--0.24 Å2-0 Å2
3----0.2 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.83→45.09 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2510 0 6 238 2754
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0132570
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0152418
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6551.6313482
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.521.5755545
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.655318
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.31722.18133
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.93415432
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.0111516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.2335
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.022906
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02606
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5071.5551275
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.4651.5541274
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.2232.3241592
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.2252.3251593
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.5071.7961295
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.5061.7971296
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.8772.5981891
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.28319.4182987
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.28219.4242988
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.83→1.878 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.246 97 -
Rwork0.197 1790 -
obs--85.27 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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