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- PDB-8gkd: Crystal structure of the peptidoglycan O-acetylesterase Ape1 (ami... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8gkd
タイトルCrystal structure of the peptidoglycan O-acetylesterase Ape1 (amino acids 41-392) from Campylobacter jejuni
要素SGNH hydrolase-type esterase domain-containing protein
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / Peptidoglycan O-acetylesterase / SGNH hydrolase / CBM35 / product bound complex
機能・相同性SGNH hydrolase-type esterase domain / GDSL-like Lipase/Acylhydrolase family / SGNH hydrolase superfamily / 酢酸塩 / SGNH hydrolase-type esterase domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176 (カンピロバクター)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Lin, C.S. / Murphy, M.E.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)MOP-142176 カナダ
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Mechanism of the CBM35 domain in assisting catalysis by Ape1, a Campylobacter jejuni O-acetyl esterase
著者: Lin, C.S. / Yen, I.Y. / Chan, A.C. / Murphy, M.E.
履歴
登録2023年3月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年3月20日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SGNH hydrolase-type esterase domain-containing protein
B: SGNH hydrolase-type esterase domain-containing protein
C: SGNH hydrolase-type esterase domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)123,2146
ポリマ－123,0373
非ポリマー1773
水11,133618
1
A: SGNH hydrolase-type esterase domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,0712
ポリマ－41,0121
非ポリマー591
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: SGNH hydrolase-type esterase domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,0712
ポリマ－41,0121
非ポリマー591
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: SGNH hydrolase-type esterase domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,0712
ポリマ－41,0121
非ポリマー591
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)94.905, 94.905, 102.741
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number145
Space group name H-MP32

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要素

#1: タンパク質 SGNH hydrolase-type esterase domain-containing protein


分子量: 41012.312 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176 (カンピロバクター)
株: 81-176 / 遺伝子: CJJ81176_0638 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0H3PJ52
#2: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン / 酢酸塩


分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 618 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.35 % / 解説: rod-shaped crystal
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 100 mM CAPS pH 10.5, 200 mM NaCl, 16% (w/v) PEG8000, 2.5% (w/v) PEG3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 95429 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Rpim(I) all: 0.045 / Rrim(I) all: 0.11 / Χ2: 0.921 / Net I/σ(I): 5.5 / Num. measured all: 546678
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.8-1.835.10.79848030.810.3860.890.47599.7
1.83-1.865.90.70347750.8720.3140.7710.47199.8
1.86-1.95.80.61347770.8920.2750.6730.51299.9
1.9-1.945.80.56547970.8710.2530.620.64399.9
1.94-1.985.80.42147250.9440.190.4620.52999.9
1.98-2.035.80.36148300.950.1630.3970.52399.8
2.03-2.085.60.31347550.9440.1440.3450.66699.6
2.08-2.135.60.24947330.9670.1150.2750.56199.4
2.13-2.25.10.247450.9740.0970.2230.61199.4
2.2-2.275.90.21347940.9760.0950.2340.79899.6
2.27-2.355.90.16647740.9860.0740.1820.65499.7
2.35-2.445.90.13947990.990.0630.1530.65999.8
2.44-2.555.90.12147480.9920.0540.1330.75299.8
2.55-2.695.80.11248150.9920.0510.1230.87599.9
2.69-2.865.30.09547500.9910.0450.1061.01399.1
2.86-3.086.10.08447470.9930.0370.0921.18199.9
3.08-3.3960.07348180.9950.0320.081.49899.8
3.39-3.885.80.06447680.9960.0290.071.80499.9
3.88-4.885.70.05647220.9970.0250.0622.02499
4.88-505.90.05747540.9970.0260.0632.05998.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation4.21 Å34.86 Å
Translation4.21 Å34.86 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1精密化
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.8.2位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→34.86 Å / 交差検証法: THROUGHOUT
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1875 2038 2.1 %
Rwork0.1656 --
obs-95393 99.6 %
原子変位パラメータBiso max: 146.07 Å2 / Biso mean: 27.5055 Å2 / Biso min: 13.31 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→34.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8503 0 12 618 9133
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.87 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3058 206 -
Rwork0.2762 --
obs-9580 99.5 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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