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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8gld | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the peptidoglycan O-acetylesterase Ape1 (amino acids 22-392) from Campylobacter jejuni | ||||||
要素 | SGNH hydrolase-type esterase domain-containing protein | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / Peptidoglycan O-acetylesterase / SGNH hydrolase / CBM35 / product bound complex | ||||||
機能・相同性 | SGNH hydrolase-type esterase domain / GDSL-like Lipase/Acylhydrolase family / SGNH hydrolase superfamily / 酢酸塩 / SGNH hydrolase-type esterase domain-containing protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176 (カンピロバクター) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Lin, C.S. / Murphy, M.E. | ||||||
資金援助 | カナダ, 1件
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引用 | ジャーナル: To be published タイトル: Mechanism of the CBM35 domain in assisting catalysis by Ape1, a Campylobacter jejuni O-acetyl esterase 著者: Lin, C.S. / Yen, I.Y. / Chan, A.C. / Murphy, M.E. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8gld.cif.gz | 448.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8gld.ent.gz | 368.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8gld.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gl/8gld ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gl/8gld | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 8gkdC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 43192.598 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176 (カンピロバクター) 株: 81-176 / 遺伝子: CJJ81176_0638 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0H3PJ52 #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.01 % / 解説: rod-shaped crystal |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 166 mM sodium acetate, 28% (w/v) PEG4000, and 80 mM Tris-HCl pH8.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.98 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年9月1日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection twin | Operator: -h,-k,l / Fraction: 0.38 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 46459 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.148 / Rpim(I) all: 0.067 / Rrim(I) all: 0.163 / Χ2: 1.081 / Net I/σ(I): 5.4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1 / % possible all: 100
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 | |||||||||
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Phasing MR |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→43.7 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 169.8 / 位相誤差: 24.64 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→43.7 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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