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- PDB-8gk8: R21A Staphylococcus aureus pyruvate carboxylase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8gk8
タイトルR21A Staphylococcus aureus pyruvate carboxylase
要素Pyruvate carboxylase
キーワードLIGASE / Biotin dependent ligase
機能・相同性
機能・相同性情報


pyruvate carboxylase / pyruvate carboxylase activity / pyruvate metabolic process / gluconeogenesis / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Pyruvate carboxylase / Carboxylase, conserved domain / Conserved carboxylase domain / Pyruvate carboxyltransferase / HMGL-like / Pyruvate carboxyltransferase domain. / Rossmann fold - #20 / Biotin carboxylase-like, N-terminal domain / Biotin carboxylase, C-terminal / Biotin carboxylation domain ...Pyruvate carboxylase / Carboxylase, conserved domain / Conserved carboxylase domain / Pyruvate carboxyltransferase / HMGL-like / Pyruvate carboxyltransferase domain. / Rossmann fold - #20 / Biotin carboxylase-like, N-terminal domain / Biotin carboxylase, C-terminal / Biotin carboxylation domain / Biotin carboxylase, N-terminal domain / Biotin carboxylase C-terminal domain / Biotin carboxylation domain profile. / Biotin carboxylase C-terminal domain / Carbamoyl-phosphate synthase subdomain signature 1. / Carbamoyl-phosphate synthetase large subunit-like, ATP-binding domain / Carbamoyl-phosphate synthase L chain, ATP binding domain / ATP-grasp fold, A domain / Biotin-requiring enzyme / Rudiment single hybrid motif / Biotinyl/lipoyl domain profile. / Biotin/lipoyl attachment / Single hybrid motif / Pre-ATP-grasp domain superfamily / ATP-grasp fold, B domain / ATP-grasp fold / ATP-grasp fold profile. / D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 1 / Dna Ligase; domain 1 / Carbamoyl-phosphate synthase subdomain signature 2. / Aldolase-type TIM barrel / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETYL COENZYME *A / Chem-BTI / COENZYME A / : / Pyruvate carboxylase
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.68 Å
データ登録者Laseke, A.J. / St.Maurice, M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/Eunice Kennedy Shriver National Institute of Child Health & Human Development (NIH/NICHD) 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2023
タイトル: Allosteric Site at the Biotin Carboxylase Dimer Interface Mediates Activation and Inhibition in Staphylococcus aureus Pyruvate Carboxylase.
著者: Laseke, A.J. / Boram, T.J. / Schneider, N.O. / Lohman, J.R. / St Maurice, M.
履歴
登録2023年3月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年8月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Pyruvate carboxylase
B: Pyruvate carboxylase
D: Pyruvate carboxylase
A: Pyruvate carboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)517,60414
ポリマ－514,8944
非ポリマー2,71010
水5,008278
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: assay for oligomerization
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area21180 Å2
ΔGint-65 kcal/mol
Surface area147880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.976, 253.668, 125.657
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 110.99, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 CBDA

#1: タンパク質
Pyruvate carboxylase


分子量: 128723.461 Da / 分子数: 4 / 変異: R21A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: G6Y24_05790 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A3A5LTU8, pyruvate carboxylase

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非ポリマー , 5種, 288分子

#2: 化合物
ChemComp-BTI / 5-(HEXAHYDRO-2-OXO-1H-THIENO[3,4-D]IMIDAZOL-6-YL)PENTANAL


分子量: 228.311 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: C10H16N2O2S
#3: 化合物 ChemComp-COA / COENZYME A / CoA


分子量: 767.534 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H36N7O16P3S
#4: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#5: 化合物 ChemComp-ACO / ACETYL COENZYME *A / アデノシン3′-りん酸5′-[二りん酸P2-[(R)-3-ヒドロキシ-2,2-ジメチル-3-[[(以下略)


分子量: 809.571 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H38N7O17P3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 278 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.76 % / 解説: cube-like
結晶化温度: 295 K / 手法: batch mode / pH: 7
詳細: 13.3% MEPEG 2K, 133 mM KNO3-, 50 mM MOPS pH 7.0, 1.5% v/v 2-propanol, 0.625 mM acetyl CoA, 1.25 mM adenosine triphosphate (ATP)
PH範囲: 7

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2022年4月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.676→126.83 Å / Num. obs: 108946 / % possible obs: 70.71 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 50.4 Å2 / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.166 / Rpim(I) all: 0.1 / Rrim(I) all: 0.194 / Net I/av σ(I): 7.1 / Net I/σ(I): 7.1
反射 シェル解像度: 2.68→2.932 Å / Num. unique obs: 108939 / CC1/2: 0.561

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20.1_4487: ???)精密化
Aimlessv0.7.7データスケーリング
XDSV10.Jan2022データ削減
PHASERv.1.20.1位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.68→60.62 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 36.44 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3011 5560 5.1 %
Rwork0.2485 --
obs0.2512 108946 70.71 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.68→60.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数30599 0 163 278 31040
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00431366
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.71442619
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.5414378
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0454875
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0065556
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.68-2.710.422780.3707219X-RAY DIFFRACTION4
2.71-2.740.4655130.3279329X-RAY DIFFRACTION7
2.74-2.770.3611230.3501402X-RAY DIFFRACTION8
2.77-2.810.4039280.3307603X-RAY DIFFRACTION12
2.81-2.840.48440.338808X-RAY DIFFRACTION17
2.84-2.880.4167580.34971064X-RAY DIFFRACTION22
2.88-2.920.427690.35721439X-RAY DIFFRACTION29
2.92-2.970.3792840.33641803X-RAY DIFFRACTION37
2.97-3.010.38231100.33732193X-RAY DIFFRACTION45
3.01-3.060.36521490.3222597X-RAY DIFFRACTION54
3.06-3.120.36141480.31783044X-RAY DIFFRACTION62
3.12-3.170.37381850.31363494X-RAY DIFFRACTION72
3.17-3.230.31682130.31183789X-RAY DIFFRACTION78
3.23-3.30.34632510.30544187X-RAY DIFFRACTION87
3.3-3.370.3722400.30144559X-RAY DIFFRACTION93
3.37-3.450.34512430.28464778X-RAY DIFFRACTION98
3.45-3.540.32422550.28194856X-RAY DIFFRACTION100
3.54-3.630.34182750.27754910X-RAY DIFFRACTION100
3.63-3.740.32722660.26194828X-RAY DIFFRACTION100
3.74-3.860.31822750.254835X-RAY DIFFRACTION100
3.86-40.3132820.24654848X-RAY DIFFRACTION100
4-4.160.27842530.23134874X-RAY DIFFRACTION100
4.16-4.350.27592360.2274877X-RAY DIFFRACTION99
4.35-4.570.28842900.20884814X-RAY DIFFRACTION100
4.57-4.860.26172380.19974878X-RAY DIFFRACTION100
4.86-5.240.24732750.20724879X-RAY DIFFRACTION100
5.24-5.760.2972790.23124833X-RAY DIFFRACTION100
5.76-6.60.31892630.25274886X-RAY DIFFRACTION100
6.6-8.310.27532680.22464853X-RAY DIFFRACTION99
8.31-60.620.22652390.21824907X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -14.7259 Å / Origin y: -21.909 Å / Origin z: 85.4572 Å
111213212223313233
T0.0944 Å20.009 Å2-0.0387 Å2-0.194 Å20.0043 Å2--0.1284 Å2
L0.0917 °2-0.0557 °2-0.0299 °2-0.4447 °2-0.0391 °2--0.0834 °2
S0.0084 Å °-0.0344 Å °-0.0089 Å °0.0715 Å °0.0004 Å °-0.0065 Å °-0.0045 Å °0.0264 Å °-0.0133 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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