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- PDB-8gk5: EGFR(T790M/V948R) kinase in complex with osimertinib and benzimid... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8gk5
タイトルEGFR(T790M/V948R) kinase in complex with osimertinib and benzimidazole allosteric inhibitor
要素Epidermal growth factor receptor
キーワードTRANSFERASE/INHIBITOR / EGFR / kinase / covalent / inhibitor / allosteric / cancer / TRANSFERASE / TRANSFERASE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


response to hydroxyisoflavone / multivesicular body, internal vesicle lumen / positive regulation of prolactin secretion / negative regulation of cardiocyte differentiation / positive regulation of protein kinase C activity / diterpenoid metabolic process / Shc-EGFR complex / ovulation cycle / Inhibition of Signaling by Overexpressed EGFR / epidermal growth factor receptor activity ...response to hydroxyisoflavone / multivesicular body, internal vesicle lumen / positive regulation of prolactin secretion / negative regulation of cardiocyte differentiation / positive regulation of protein kinase C activity / diterpenoid metabolic process / Shc-EGFR complex / ovulation cycle / Inhibition of Signaling by Overexpressed EGFR / epidermal growth factor receptor activity / EGFR interacts with phospholipase C-gamma / positive regulation of mucus secretion / response to UV-A / epidermal growth factor binding / PLCG1 events in ERBB2 signaling / tongue development / midgut development / ERBB2-EGFR signaling pathway / hydrogen peroxide metabolic process / PTK6 promotes HIF1A stabilization / digestive tract morphogenesis / morphogenesis of an epithelial fold / ERBB2 Activates PTK6 Signaling / intracellular vesicle / Signaling by EGFR / response to cobalamin / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activator activity / protein tyrosine kinase activator activity / negative regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / Signaling by ERBB4 / eyelid development in camera-type eye / regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / protein insertion into membrane / cerebral cortex cell migration / ERBB2 Regulates Cell Motility / Respiratory syncytial virus (RSV) attachment and entry / regulation of JNK cascade / : / PI3K events in ERBB2 signaling / positive regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / negative regulation of mitotic cell cycle / hair follicle development / Estrogen-dependent nuclear events downstream of ESR-membrane signaling / MAP kinase kinase kinase activity / embryonic placenta development / positive regulation of bone resorption / positive regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / GAB1 signalosome / salivary gland morphogenesis / peptidyl-tyrosine autophosphorylation / regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / positive regulation of phosphorylation / positive regulation of glial cell proliferation / positive regulation of vasoconstriction / Signaling by ERBB2 / cellular response to epidermal growth factor stimulus / GRB2 events in EGFR signaling / SHC1 events in EGFR signaling / cellular response to cadmium ion / EGFR Transactivation by Gastrin / positive regulation of DNA repair / GRB2 events in ERBB2 signaling / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of growth factors and their receptors / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / SHC1 events in ERBB2 signaling / positive regulation of synaptic transmission, glutamatergic / cellular response to dexamethasone stimulus / ossification / neurogenesis / regulation of ERK1 and ERK2 cascade / basal plasma membrane / neuron projection morphogenesis / positive regulation of superoxide anion generation / positive regulation of DNA replication / epithelial cell proliferation / Signal transduction by L1 / cellular response to estradiol stimulus / positive regulation of epithelial cell proliferation / NOTCH3 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / astrocyte activation / liver regeneration / positive regulation of protein localization to plasma membrane / EGFR downregulation / cellular response to amino acid stimulus / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / Signaling by ERBB2 TMD/JMD mutants / positive regulation of MAP kinase activity / lung development / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / Constitutive Signaling by EGFRvIII / Signaling by ERBB2 ECD mutants / Signaling by ERBB2 KD Mutants / epidermal growth factor receptor signaling pathway / negative regulation of protein catabolic process / receptor protein-tyrosine kinase / Downregulation of ERBB2 signaling / kinase binding / ruffle membrane / positive regulation of miRNA transcription / cell-cell adhesion
類似検索 - 分子機能
: / Epidermal growth factor receptor transmembrane-juxtamembrane segment / Tyrosine protein kinase, EGF/ERB/XmrK receptor / Growth factor receptor domain 4 / Growth factor receptor domain IV / Receptor L-domain / Furin-like cysteine-rich domain / Receptor L-domain superfamily / Furin-like cysteine rich region / Receptor L domain ...: / Epidermal growth factor receptor transmembrane-juxtamembrane segment / Tyrosine protein kinase, EGF/ERB/XmrK receptor / Growth factor receptor domain 4 / Growth factor receptor domain IV / Receptor L-domain / Furin-like cysteine-rich domain / Receptor L-domain superfamily / Furin-like cysteine rich region / Receptor L domain / Furin-like repeat / Furin-like repeats / Growth factor receptor cysteine-rich domain superfamily / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-Q6K / : / Epidermal growth factor receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Beyett, T.S. / Eck, M.J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)5R01CA116020-16 米国
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Development of benzimidazole allosteric EGFR kinase inhibitors
著者: Beyett, T.S. / Eck, M.J.
履歴
登録2023年3月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年6月26日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Epidermal growth factor receptor
B: Epidermal growth factor receptor
C: Epidermal growth factor receptor
D: Epidermal growth factor receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)155,02712
ポリマ－150,8984
非ポリマー4,1298
水2,378132
1
A: Epidermal growth factor receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,7573
ポリマ－37,7251
非ポリマー1,0322
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Epidermal growth factor receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,7573
ポリマ－37,7251
非ポリマー1,0322
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Epidermal growth factor receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,7573
ポリマ－37,7251
非ポリマー1,0322
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Epidermal growth factor receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,7573
ポリマ－37,7251
非ポリマー1,0322
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)170.569, 73.057, 119.105
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 118.84, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質
Epidermal growth factor receptor / Proto-oncogene c-ErbB-1 / Receptor tyrosine-protein kinase erbB-1


分子量: 37724.598 Da / 分子数: 4 / 断片: kinase domain / 変異: T790M, V948R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EGFR, ERBB, ERBB1, HER1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P00533, receptor protein-tyrosine kinase
#2: 化合物
ChemComp-Q6K / ~{N}-[2-[2-(dimethylamino)ethyl-methyl-amino]-4-methoxy-5-[[4-(1-methylindol-3-yl)pyrimidin-2-yl]amino]phenyl]propanamide


分子量: 501.623 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H35N7O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-YW5 / 2-[(R)-(1H-benzimidazol-2-yl)(3-fluorophenyl)methyl]-6-[4-(1-methylpiperidin-4-yl)phenyl]-2,3-dihydro-1H-isoindol-1-one


分子量: 530.635 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H31FN4O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 132 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.9 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.7 / 詳細: 0.1 M Bis-Tris pH 5.7, 30% (w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9789 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9789 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→65.63 Å / Num. obs: 101280 / % possible obs: 96.5 % / 冗長度: 2.9 % / CC1/2: 0.989 / Rmerge(I) obs: 0.111 / Rpim(I) all: 0.077 / Rrim(I) all: 0.135 / Net I/σ(I): 8.2
反射 シェル解像度: 2.3→2.34 Å / % possible obs: 96.7 % / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.76 / Num. measured all: 7846 / Num. unique obs: 2725 / CC1/2: 0.199 / Rpim(I) all: 0.549 / Rrim(I) all: 0.943 / Net I/σ(I) obs: 1.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20.1_4487: ???)精密化
xia2データスケーリング
DIALSデータ削減
PHASER位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→65.63 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 26.51 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2515 5183 5.12 %
Rwork0.2224 --
obs0.2239 101280 90.74 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→65.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9465 0 308 132 9905
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00510035
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7613600
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.9823786
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0521470
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051688
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.330.34392010.3263171X-RAY DIFFRACTION89
2.33-2.360.36361890.31443166X-RAY DIFFRACTION92
2.36-2.380.3341980.3093207X-RAY DIFFRACTION91
2.38-2.410.30831710.31023251X-RAY DIFFRACTION92
2.41-2.450.32051760.29483265X-RAY DIFFRACTION91
2.45-2.480.31881560.28273151X-RAY DIFFRACTION91
2.48-2.520.31731740.29863173X-RAY DIFFRACTION89
2.52-2.550.291370.27892989X-RAY DIFFRACTION86
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2.84-2.90.26221890.24753284X-RAY DIFFRACTION92
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3.22-3.320.29541680.22813356X-RAY DIFFRACTION94
3.32-3.440.27991560.22343292X-RAY DIFFRACTION94
3.44-3.580.22971670.20793319X-RAY DIFFRACTION94
3.58-3.740.22941980.21053228X-RAY DIFFRACTION93
3.74-3.940.19691590.1933233X-RAY DIFFRACTION91
3.94-4.180.22091690.18433045X-RAY DIFFRACTION87
4.18-4.510.21651580.17213341X-RAY DIFFRACTION93
4.51-4.960.22541840.19033263X-RAY DIFFRACTION92
4.96-5.680.24971570.19823201X-RAY DIFFRACTION90
5.68-7.150.20751680.20753139X-RAY DIFFRACTION90
7.15-65.630.1881430.17882965X-RAY DIFFRACTION83
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.6038-0.11070.62554.54610.5513.16020.0292-1.67220.93840.51670.03450.2696-0.32870.0454-0.06050.6962-0.0450.06520.7775-0.28820.54031.364314.446562.4353
24.50040.1651-1.1124.62991.56564.48730.2268-1.2260.06130.9069-0.30120.4025-0.2139-0.07860.09320.5073-0.0440.020.72010.01470.3475-4.75783.520663.1159
35.36510.54060.43682.95520.74037.0844-0.08490.06250.9945-0.1761-0.08180.1909-0.8950.50330.1560.3795-0.04110.04910.2147-0.00850.5243-0.076712.081442.6141
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68.3113-2.21382.49913.51412.12066.04180.3534-0.6284-0.8333-0.4544-0.18640.64460.4922-0.1916-0.56360.4922-0.0333-0.13320.4487-0.00180.719813.37551.4242.1318
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148.8871-0.58561.78849.3938-1.29257.5353-0.3697-0.35620.80640.35610.21670.2012-0.2229-0.64980.11720.38570.13970.04660.43720.03060.47182.484552.082361.6411
152.92630.8781-0.11433.8570.853.20460.11450.23960.40220.27280.03140.1775-0.4518-0.8273-0.07960.32410.18990.01750.57780.12520.4440.159247.516556.8664
163.272-0.092-0.59182.6647-0.09711.64650.10820.9641-0.1137-0.3042-0.10630.3008-0.0022-0.7405-0.00020.37220.082-0.00191.05220.030.4193-11.117637.100240.2116
179.28742.04883.82260.61341.79062.40730.00260.1969-0.5125-0.404-0.03820.0343-0.2889-0.4501-0.02210.66410.11920.0180.7633-0.07620.528610.728938.307735.9193
186.5552-0.8751.08365.93941.00094.8384-0.43761.0680.7321-0.65130.04-0.3802-0.33640.90970.27290.4961-0.2145-0.06340.69650.16640.4381-31.2579-3.1157-10.3765
194.6723-1.11111.25015.2439-1.19473.5765-0.04351.2940.4267-0.7902-0.3165-0.4636-0.1720.97890.31950.5193-0.1477-0.03780.68480.04830.4281-28.222-8.0779-11.5482
205.0063-1.27030.31531.83910.05292.51820.02560.18640.1762-0.017-0.0611-0.112-0.14070.02740.02270.3097-0.0587-0.03260.2864-0.01380.3373-22.7595-12.61037.2632
213.9589-0.611-0.91073.79720.82484.65730.0464-0.50230.11230.38680.0556-0.7302-0.01570.6295-0.09540.2861-0.0245-0.0840.401-0.02840.3413-12.3548-14.507416.5298
225.8147-1.3213-3.22075.72632.94492.23-0.6592-0.2875-0.97320.7473-0.12390.58961.2844-0.14140.61990.4774-0.03750.03290.40530.07860.5819-25.7721-24.712719.1548
237.4718-1.08886.24130.4791-1.99424.93650.266-0.8094-0.27020.2030.1660.2520.17-0.5188-0.40250.5929-0.00730.05330.48750.03270.3949-39.4559-14.275416.6211
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 701 through 752 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 753 through 786 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 787 through 810 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 811 through 919 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 920 through 991 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 992 through 1011 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 700 through 731 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 732 through 786 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 787 through 853 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 854 through 919 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 920 through 977 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 978 through 991 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 992 through 1008 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 700 through 731 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 732 through 810 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 811 through 977 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 978 through 1008 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 700 through 731 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 732 through 790 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 791 through 892 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 893 through 960 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 961 through 977 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 978 through 1008 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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