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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8gjr | ||||||||||||||||||
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タイトル | Crystal Structure of Nanobody VHH114 Bound to Its Antigen PA14 Cif | ||||||||||||||||||
要素 |
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キーワード | IMMUNE SYSTEM / Pseudomonas aeruginosa / nanobody VHH immunoglobulin domain / CFTR inhibitory factor (Cif) | ||||||||||||||||||
機能・相同性 | Alpha/beta hydrolase family / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold / hydrolase activity / CITRATE ANION / CFTR inhibitory factor 機能・相同性情報 | ||||||||||||||||||
生物種 | Pseudomonas aeruginosa PA14 (緑膿菌) Vicugna pacos (アルパカ) | ||||||||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å | ||||||||||||||||||
データ登録者 | Simard, A.R. / Madden, D.R. | ||||||||||||||||||
資金援助 | 米国, 5件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Crystal Structure of Nanobody VHH114 Bound to Its Antigen PA14 Cif 著者: Simard, A.R. / Madden, D.R. #1: ジャーナル: Anal Chim Acta / 年: 2019 タイトル: Nanobody-based binding assay for the discovery of potent inhibitors of CFTR inhibitory factor (Cif). 著者: Vasylieva, N. / Kitamura, S. / Dong, J. / Barnych, B. / Hvorecny, K.L. / Madden, D.R. / Gee, S.J. / Wolan, D.W. / Morisseau, C. / Hammock, B.D. #2: ジャーナル: Acta Crystallogr D Biol Crystallogr / 年: 2012 タイトル: Towards automated crystallographic structure refinement with phenix.refine. 著者: Afonine, P.V. / Grosse-Kunstleve, R.W. / Echols, N. / Headd, J.J. / Moriarty, N.W. / Mustyakimov, M. / Terwilliger, T.C. / Urzhumtsev, A. / Zwart, P.H. / Adams, P.D. | ||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8gjr.cif.gz | 114 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8gjr.ent.gz | 78.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8gjr.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8gjr_validation.pdf.gz | 439 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8gjr_full_validation.pdf.gz | 439 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8gjr_validation.xml.gz | 19.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8gjr_validation.cif.gz | 28.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gj/8gjr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gj/8gjr | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33335.828 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PA14 (緑膿菌) 遺伝子: PA14_26090 / プラスミド: pET16b / 詳細 (発現宿主): N-terminal 10XHis-SUMO fusion / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0M3KL26 | ||||
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#2: 抗体 | 分子量: 13525.262 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vicugna pacos (アルパカ) / プラスミド: pET16b / 詳細 (発現宿主): 10XHis-SUMO fusion / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) | ||||
#3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.21 % / 解説: hexagonal rods |
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結晶化 | 温度: 292.8 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 3.5 詳細: 13.5 % (w/v) PEG6K, 2.5 % (v/v) ethylene glycol, 100 mM sodium citrate pH 3.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-1 / 波長: 0.920112 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年2月12日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.920112 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.85→27.62 Å / Num. obs: 50643 / % possible obs: 99.91 % / 冗長度: 20.2 % / Biso Wilson estimate: 32 Å2 / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.139 / Rpim(I) all: 0.03181 / Rrim(I) all: 0.1427 / Net I/σ(I): 16.31 |
反射 シェル | 解像度: 1.85→1.916 Å / 冗長度: 20.8 % / Rmerge(I) obs: 2.404 / Mean I/σ(I) obs: 1.23 / Num. unique obs: 5007 / CC1/2: 0.618 / CC star: 0.874 / Rpim(I) all: 0.539 / Rrim(I) all: 2.465 / % possible all: 99.96 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.85→27.62 Å / SU ML: 0.2244 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 20.157 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 詳細: Atoms modeled with zero occupancy could not be placed with confidence and were selected for zero-occupancy flagging after manual inspection of the 2Fo-Fc map at a 0.5-sigma cutoff.
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 33.57 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.85→27.62 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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