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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8gjh | ||||||
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タイトル | Salmonella ArnA | ||||||
要素 | Bifunctional polymyxin resistance protein ArnA | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / polymyxin resistance / UDP-glucuronic acid decarboxylase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 UDP-glucuronic acid dehydrogenase activity / UDP-4-amino-4-deoxy-L-arabinose formyltransferase activity / UDP-glucuronic acid dehydrogenase (UDP-4-keto-hexauronic acid decarboxylating) / UDP-4-amino-4-deoxy-L-arabinose formyltransferase / lipopolysaccharide biosynthetic process / carboxy-lyase activity / lipid A biosynthetic process / response to antibiotic 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.6 Å | ||||||
データ登録者 | Sousa, M.C. / Mitchell, M.E. / Gatzeva-Topalova, P.Z. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2023 タイトル: Targeting the Conformational Change in ArnA Dehydrogenase for Selective Inhibition of Polymyxin Resistance. 著者: Mitchell, M.E. / Gatzeva-Topalova, P.Z. / Bargmann, A.D. / Sammakia, T. / Sousa, M.C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8gjh.cif.gz | 907.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8gjh.ent.gz | 609.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8gjh.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8gjh_validation.pdf.gz | 2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8gjh_full_validation.pdf.gz | 2.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8gjh_validation.xml.gz | 137.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8gjh_validation.cif.gz | 181.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gj/8gjh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gj/8gjh | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8ftnC 1z7eS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 73675.836 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌) 遺伝子: arnA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0D6FBV2 #2: 化合物 | ChemComp-UGA / 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.86 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 1.5 to 2.0 M ammonium sulfate and 0.1M MES pH 6.75 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1.078 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.078 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.6→30 Å / Num. obs: 59279 / % possible obs: 95.4 % / 冗長度: 1.5 % / Biso Wilson estimate: 108.62 Å2 / Rpim(I) all: 0.098 / Net I/σ(I): 7 |
反射 シェル | 解像度: 3.6→3.73 Å / 冗長度: 1.5 % / Num. unique obs: 5929 / CC1/2: 0.525 / % possible all: 96 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1Z7E 解像度: 3.6→29.83 Å / SU ML: 0.5561 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 29.3835 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 111.54 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.6→29.83 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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