PDB-8gjd: X-ray crystallographic structure of a beta-hairpin peptide derive...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8gjd

タイトル

X-ray crystallographic structure of a beta-hairpin peptide derived from Abeta 17-36. (ORN)LVFFAED(ORN)AII(N-Me-Gly)LMV

要素

Beta-hairpin peptide derived from Abeta 17-36

キーワード

DE NOVO PROTEIN (De novo) /

oligomer (オリゴマー) / trimer /

amyloid (アミロイド) /

Alzheimer's disease (アルツハイマー病)

機能・相同性

IODIDE ION

機能・相同性情報

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

単波長異常分散 / 解像度: 2.03 Å

データ登録者

Kreutzer, A.G. / Ruttenberg, S.M. / Nowick, J.S. / Truex, N.L.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2024
タイトル: beta-Hairpin Alignment Alters Oligomer Formation in A beta-Derived Peptides.
著者: Ruttenberg, S.M. / Kreutzer, A.G. / Truex, N.L. / Nowick, J.S.

履歴

登録	2023年3月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年1月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8gjd.cif.gz	160.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8gjd.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8gjd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gj/8gjd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gj/8gjd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8gjcC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1) #189 - 2015年9月アミロイド (Amyloids) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Beta-hairpin peptide derived from Abeta 17-36

B: Beta-hairpin peptide derived from Abeta 17-36

C: Beta-hairpin peptide derived from Abeta 17-36

D: Beta-hairpin peptide derived from Abeta 17-36

E: Beta-hairpin peptide derived from Abeta 17-36

F: Beta-hairpin peptide derived from Abeta 17-36

G: Beta-hairpin peptide derived from Abeta 17-36

H: Beta-hairpin peptide derived from Abeta 17-36

I: Beta-hairpin peptide derived from Abeta 17-36

J: Beta-hairpin peptide derived from Abeta 17-36

K: Beta-hairpin peptide derived from Abeta 17-36

L: Beta-hairpin peptide derived from Abeta 17-36

M: Beta-hairpin peptide derived from Abeta 17-36

N: Beta-hairpin peptide derived from Abeta 17-36

O: Beta-hairpin peptide derived from Abeta 17-36

P: Beta-hairpin peptide derived from Abeta 17-36

ヘテロ分子

30.9 kDa, 16 ポリマー
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1

A: Beta-hairpin peptide derived from Abeta 17-36

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C: Beta-hairpin peptide derived from Abeta 17-36

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ヘテロ分子

A: Beta-hairpin peptide derived from Abeta 17-36

B: Beta-hairpin peptide derived from Abeta 17-36

C: Beta-hairpin peptide derived from Abeta 17-36

M: Beta-hairpin peptide derived from Abeta 17-36

ヘテロ分子

A: Beta-hairpin peptide derived from Abeta 17-36

B: Beta-hairpin peptide derived from Abeta 17-36

C: Beta-hairpin peptide derived from Abeta 17-36

M: Beta-hairpin peptide derived from Abeta 17-36

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
22.9 kDa, 12 ポリマー

2

D: Beta-hairpin peptide derived from Abeta 17-36

E: Beta-hairpin peptide derived from Abeta 17-36

F: Beta-hairpin peptide derived from Abeta 17-36

ヘテロ分子

D: Beta-hairpin peptide derived from Abeta 17-36

E: Beta-hairpin peptide derived from Abeta 17-36

F: Beta-hairpin peptide derived from Abeta 17-36

ヘテロ分子

D: Beta-hairpin peptide derived from Abeta 17-36

E: Beta-hairpin peptide derived from Abeta 17-36

F: Beta-hairpin peptide derived from Abeta 17-36

ヘテロ分子

N: Beta-hairpin peptide derived from Abeta 17-36

ヘテロ分子

N: Beta-hairpin peptide derived from Abeta 17-36

ヘテロ分子

N: Beta-hairpin peptide derived from Abeta 17-36

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
23.3 kDa, 12 ポリマー

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1
crystal symmetry operation	2_765	-y+2,x-y+1,z	1
crystal symmetry operation	3_675	-x+y+1,-x+2,z	1
crystal symmetry operation	7_444	x-2/3,y-1/3,z-1/3	1
crystal symmetry operation	8_754	-y+7/3,x-y+2/3,z-1/3	1
crystal symmetry operation	9_674	-x+y+4/3,-x+8/3,z-1/3	1

3

G: Beta-hairpin peptide derived from Abeta 17-36

H: Beta-hairpin peptide derived from Abeta 17-36

I: Beta-hairpin peptide derived from Abeta 17-36

ヘテロ分子

G: Beta-hairpin peptide derived from Abeta 17-36

H: Beta-hairpin peptide derived from Abeta 17-36

I: Beta-hairpin peptide derived from Abeta 17-36

ヘテロ分子

G: Beta-hairpin peptide derived from Abeta 17-36

H: Beta-hairpin peptide derived from Abeta 17-36

I: Beta-hairpin peptide derived from Abeta 17-36

ヘテロ分子

P: Beta-hairpin peptide derived from Abeta 17-36

ヘテロ分子

P: Beta-hairpin peptide derived from Abeta 17-36

ヘテロ分子

P: Beta-hairpin peptide derived from Abeta 17-36

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
23.6 kDa, 12 ポリマー

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1
crystal symmetry operation	2_765	-y+2,x-y+1,z	1
crystal symmetry operation	3_675	-x+y+1,-x+2,z	1
crystal symmetry operation	4_455	x-1/3,y+1/3,z+1/3	1
crystal symmetry operation	5_655	-y+5/3,x-y+1/3,z+1/3	1
crystal symmetry operation	6_675	-x+y+5/3,-x+7/3,z+1/3	1

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J: Beta-hairpin peptide derived from Abeta 17-36

K: Beta-hairpin peptide derived from Abeta 17-36

L: Beta-hairpin peptide derived from Abeta 17-36

O: Beta-hairpin peptide derived from Abeta 17-36

ヘテロ分子

J: Beta-hairpin peptide derived from Abeta 17-36

K: Beta-hairpin peptide derived from Abeta 17-36

L: Beta-hairpin peptide derived from Abeta 17-36

O: Beta-hairpin peptide derived from Abeta 17-36

ヘテロ分子

J: Beta-hairpin peptide derived from Abeta 17-36

K: Beta-hairpin peptide derived from Abeta 17-36

L: Beta-hairpin peptide derived from Abeta 17-36

O: Beta-hairpin peptide derived from Abeta 17-36

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
22.9 kDa, 12 ポリマー

単位格子

Length a, b, c (Å)	68.185, 68.185, 168.564
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	C-216- HOH
2	1	H-214- HOH

#1: タンパク質・ペプチド	Beta-hairpin peptide derived from Abeta 17-36 / (ORN)LVFFAED(ORN)AII(N-Me-Gly)LMV 分子量: 1780.178 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 化合物	ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド / ヨウ化物分子量: 126.904 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 177 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.65 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.54 %
結晶化	温度: 298.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: HEPES Buffer, Jeffamine M-600

-
データ収集

回折	平均測定温度: 108.15 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU HyPix-6000HE / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年2月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.03→34.3 Å / Num. obs: 37469 / % possible obs: 99.49 % / 冗長度: 21.2 % / CC_1/2: 0.981 / Net I/σ(I): 35.86
反射シェル	解像度: 2.03→2.103 Å / Num. unique obs: 1806 / CC_1/2: 0.899

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.03→34.3 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 35.29 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2935	3732	9.96 %
R_work	0.2387	-	-
obs	0.2442	37469	98.93 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.03→34.3 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1984	0	19	177	2180

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.711
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	37.158	560
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.048	336
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	320

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.03-2.05	0.3111	130	0.3235	1009	X-RAY DIFFRACTION	79
2.05-2.08	0.3349	130	0.2879	1268	X-RAY DIFFRACTION	100
2.08-2.11	0.3413	156	0.2386	1246	X-RAY DIFFRACTION	100
2.11-2.14	0.2816	140	0.2618	1262	X-RAY DIFFRACTION	100
2.14-2.17	0.2797	142	0.2365	1222	X-RAY DIFFRACTION	100
2.17-2.21	0.2627	124	0.2497	1302	X-RAY DIFFRACTION	100
2.21-2.24	0.3319	152	0.3272	1214	X-RAY DIFFRACTION	99
2.24-2.28	0.4229	152	0.3276	1258	X-RAY DIFFRACTION	98
2.28-2.32	0.2886	138	0.2742	1231	X-RAY DIFFRACTION	100
2.32-2.37	0.2837	126	0.263	1310	X-RAY DIFFRACTION	100
2.37-2.42	0.2409	136	0.2753	1242	X-RAY DIFFRACTION	100
2.42-2.47	0.298	128	0.2593	1268	X-RAY DIFFRACTION	100
2.47-2.53	0.2496	144	0.2729	1268	X-RAY DIFFRACTION	100
2.53-2.59	0.4085	164	0.2443	1210	X-RAY DIFFRACTION	100
2.59-2.66	0.282	140	0.2772	1232	X-RAY DIFFRACTION	99
2.66-2.74	0.4189	162	0.2569	1308	X-RAY DIFFRACTION	100
2.74-2.82	0.2626	134	0.3026	1246	X-RAY DIFFRACTION	100
2.83-2.93	0.2979	144	0.2424	1234	X-RAY DIFFRACTION	100
2.93-3.04	0.2986	114	0.2286	1272	X-RAY DIFFRACTION	100
3.04-3.18	0.4348	148	0.2253	1264	X-RAY DIFFRACTION	100
3.18-3.35	0.3042	140	0.2312	1258	X-RAY DIFFRACTION	100
3.35-3.56	0.3229	124	0.2124	1304	X-RAY DIFFRACTION	100
3.56-3.83	0.3606	134	0.2113	1268	X-RAY DIFFRACTION	100
3.83-4.22	0.2085	152	0.19	1254	X-RAY DIFFRACTION	100
4.22-4.83	0.1999	108	0.1646	1276	X-RAY DIFFRACTION	100
4.83-6.05	0.2387	116	0.2238	1270	X-RAY DIFFRACTION	100
6.09-34.3	0.3195	154	0.293	1241	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.9405	0.2999	0.1598	4.114	3.6236	6.1269	-0.0015	0.3134	-0.5927	0.025	0.3678	-0.6745	0.6133	-0.3057	0.1076	0.1762	-0.0564	0.0361	0.2064	-0.0911	0.3218	59.793	66.084	4.551
2	4.7726	1.8932	-2.2245	7.0357	-4.1753	5.9085	-0.0208	-0.1679	0.6544	0.0696	0.1186	0.0674	-0.2153	0.034	-0.0782	0.1632	-0.035	-0.0535	0.2014	0.0475	0.1934	52.976	76.155	7.135
3	2.9141	-3.9061	1.02	6.8373	-0.2832	4.7851	0.1516	1.2264	-0.0733	-0.5889	-0.4267	0.4306	-0.5898	0.1192	0.2846	0.3086	-0.046	-0.13	0.3089	-0.0028	0.313	58.255	74.877	-3.954
4	5.3435	-0.4409	2.9648	6.9313	-4.2537	4.2867	-0.0364	0.7115	-0.4532	-0.1164	-0.1734	-0.1138	-0.1353	0.7863	0.0715	0.13	-0.0268	-0.006	0.2631	-0.015	0.2083	49.199	59.831	-4.219
5	3.1679	-0.2885	-1.7753	6.2708	0.0495	3.469	-0.038	-0.6095	0.1842	0.3497	-0.3432	-0.2832	-0.0848	0.1776	-0.0509	0.1861	-0.0289	-0.0637	0.1538	-0.026	0.1832	42.359	65.787	3.925
6	2.8873	-1.4663	-3.8743	6.4027	1.3307	7.7829	0.3398	0.5897	0.2647	-0.4693	0.0288	-0.3104	-0.3051	0.0897	-0.3464	0.2107	-0.0351	-0.0167	0.2539	-0.0238	0.1536	44.096	70.677	-7.069
7	4.7945	0.1601	-2.7602	4.3262	-1.1705	5.8829	0.2315	-0.4189	0.5071	-0.1204	-0.1403	-0.1289	-0.0666	0.992	-0.0386	0.1495	0.0609	0.0321	0.2843	0.0036	0.2246	49.207	58.277	25.468
8	6.4113	2.456	-0.5927	2.1799	1.2208	5.8771	-0.0125	0.2563	-0.1657	-0.1101	-0.2492	-0.0202	0.3131	-0.243	0.3217	0.2124	0.0622	0.0141	0.2137	-0.0104	0.1595	42.287	52.315	17.232
9	3.1308	2.6309	3.6844	5.9871	2.2616	8.1487	0.2837	-0.2619	-0.5441	0.63	0.0069	-0.2094	0.1072	0.3111	-0.308	0.2242	0.0523	0.0281	0.2404	0.0138	0.2179	44.115	47.456	28.279
10	3.4302	-1.2589	0.9584	2.9487	0.477	8.1	-0.1042	-0.4149	0.5151	-0.026	0.1441	-0.2642	-0.8403	0.0211	0.0546	0.1807	0.0525	-0.0226	0.2443	-0.0699	0.2654	59.779	52.032	16.732
11	5.6146	4.2896	0.8165	6.9745	0.2364	5.2755	-0.0596	-1.6027	0.508	0.0773	-0.3593	0.5262	0.7098	0.0986	0.2717	0.3081	0.0859	0.0875	0.3575	-0.0117	0.2414	58.211	43.224	25.148
12	5.7843	-3.6349	2.9521	8.8043	-5.1058	8.0894	0.0019	0.0972	-0.6313	0.0441	0.0597	-0.0516	0.3945	0.009	-0.0339	0.174	0.0161	0.0417	0.1951	0.0125	0.2093	52.982	41.951	14.121
13	4.6488	0.7963	-3.4715	3.4887	-0.0881	5.3104	-0.3747	-0.8843	-0.3053	-0.1273	0.0148	0.1641	0.5945	0.1825	0.0749	0.1652	-0.0339	-0.0023	0.2243	-0.0168	0.1148	66.594	71.803	20.808
14	8.8511	-3.7702	-2.3887	8.7142	2.9897	8.5568	-0.1157	-0.028	-0.6175	0.3474	-0.2594	0.478	0.6952	-0.1631	0.2666	0.2751	-0.0262	-0.0195	0.1927	-0.0036	0.1103	62.888	73.911	35.632
15	5.4626	-2.8944	-0.949	9.3638	2.1718	5.2016	0.4104	-0.0398	0.1546	-0.5115	-0.3853	-0.1401	0.475	-0.0321	0.0836	0.2702	0.019	-0.015	0.2188	0.0096	0.151	62.959	34.505	0.441
16	2.5222	0.2853	-3.3782	3.8253	-0.1013	7.7086	-0.4695	-0.2399	-0.0771	0.0229	0.1034	0.154	0.6348	-0.4878	0.3899	0.2575	-0.0174	-0.0291	0.3099	0.0242	0.1912	66.672	32.413	-14.353

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 1:16 )	A	1 - 16
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN B AND RESID 1:16 )	B	1 - 16
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN C AND RESID 1:16 )	C	1 - 16
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN D AND RESID 1:16 )	D	1 - 16
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN E AND RESID 1:16 )	E	1 - 16
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN F AND RESID 1:16 )	F	1 - 16
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN G AND RESID 1:16 )	G	1 - 16
8	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN H AND RESID 1:16 )	H	1 - 16
9	X-RAY DIFFRACTION	9	( CHAIN I AND RESID 1:16 )	I	1 - 16
10	X-RAY DIFFRACTION	10	( CHAIN J AND RESID 1:16 )	J	1 - 16
11	X-RAY DIFFRACTION	11	( CHAIN K AND RESID 1:16 )	K	1 - 16
12	X-RAY DIFFRACTION	12	( CHAIN L AND RESID 1:16 )	L	1 - 16
13	X-RAY DIFFRACTION	13	( CHAIN M AND RESID 1:16 )	M	1 - 16
14	X-RAY DIFFRACTION	14	( CHAIN N AND RESID 1:16 )	N	1 - 16
15	X-RAY DIFFRACTION	15	( CHAIN O AND RESID 1:16 )	O	1 - 16
16	X-RAY DIFFRACTION	16	( CHAIN N AND RESID 102:102 )	N	102

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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