PDB-8gj8: RAD51C C-terminal domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8gj8

タイトル

RAD51C C-terminal domain

要素

RAD51C

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / DNA-binding DNA damage DNA repair ATP binding

機能・相同性

ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

機能・相同性情報

生物種

Alvinella pompejana (無脊椎動物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Arvai, A.S. / Tainer, J.A. / Williams, G.

資金援助

米国, 2件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: RAD51C-XRCC3 structure and cancer patient mutations define DNA replication roles.
著者: Longo, M.A. / Roy, S. / Chen, Y. / Tomaszowski, K.H. / Arvai, A.S. / Pepper, J.T. / Boisvert, R.A. / Kunnimalaiyaan, S. / Keshvani, C. / Schild, D. / Bacolla, A. / Williams, G.J. / Tainer, J.A. / Schlacher, K.

履歴

登録	2023年3月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年8月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8gj8.cif.gz	122.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8gj8.ent.gz	92.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8gj8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8gj8_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8gj8_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	8gj8_validation.xml.gz	12.5 KB	表示
CIF形式データ	8gj8_validation.cif.gz	16.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gj/8gj8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gj/8gj8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8gj9C 8gjaC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: RAD51C

ヘテロ分子

32.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	96.032, 96.032, 55.683
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-519- HOH
2	1	A-537- HOH

#1: タンパク質	RAD51C 分子量: 32111.686 Da / 分子数: 1 / 断片: C-terminal domain / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Alvinella pompejana (無脊椎動物) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP 分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 44 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.71 %
結晶化	温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: (25 mg/mL protein) crystallized in 1:1 protein:crystallization reagent (0.1 M Bis-TRIS pH 5.5, 0.3 M Na formate), with best diffraction achieved after additive screen optimization with 4% 1,3- ...詳細: (25 mg/mL protein) crystallized in 1:1 protein:crystallization reagent (0.1 M Bis-TRIS pH 5.5, 0.3 M Na formate), with best diffraction achieved after additive screen optimization with 4% 1,3-propanediol and 10 days of growth.

結晶

マシュー密度: 2.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.71 %

結晶化

温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: (25 mg/mL protein) crystallized in 1:1 protein:crystallization reagent (0.1 M Bis-TRIS pH 5.5, 0.3 M Na formate), with best diffraction achieved after additive screen optimization with 4% 1,3- ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.11587 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.11587 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→36.36 Å / Num. obs: 13402 / % possible obs: 99.69 % / 冗長度: 2 % / R_sym value: 0.022 / Net I/σ(I): 15.3
反射シェル	解像度: 2.3→2.38 Å / Num. unique obs: 1314 / R_sym value: 0.323

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.7.0029	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.3→36.36 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.962 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.943 / SU B: 13.916 / SU ML: 0.169 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.304 / ESU R Free: 0.225 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23745	641	4.8 %	RANDOM
R_work	0.18764	-	-	-
obs	0.19015	12763	99.72 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 57.916 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.43 Å²	-0.43 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.43 Å²	-0 Å²
3-	-	-	1.38 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.3→36.36 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2013	0	28	44	2085

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.019	2095
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2025
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.856	1.973	2851
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.876	3	4658
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.673	5	259
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.467	24.318	88
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.298	15	364
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.796	15	10
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.109	0.2	338
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	2322
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	475
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.395	47	-
R_work	0.271	922	-
obs	-	-	99.38 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	9.1824	9.7869	-2.9937	17.9473	-8.5414	4.7861	-0.1733	-0.4984	0.4831	0.88	-0.0506	-0.0208	-0.7131	-0.177	0.2239	0.2982	0.113	-0.0818	0.2142	-0.0403	0.1733	61.0297	33.9278	22.2225
2	2.5814	-0.426	-0.0416	3.9587	-0.2005	3.0554	-0.0422	0.3293	-0.042	-0.2005	-0.0572	-0.3215	0.1988	0.2423	0.0994	0.1582	-0.0285	0.009	0.2254	0.0272	0.0352	52.4495	44.1464	0.8517
3	4.1837	-1.1191	0.3847	5.7864	-0.5126	3.8639	-0.0571	-0.0522	-0.207	0.2571	0.0086	0.1071	0.3099	-0.1382	0.0485	0.1526	-0.0379	0.0067	0.2129	0.0088	0.0126	44.8017	41.2916	9.0196
4	3.8696	-3.2352	0.0033	7.7761	3.8268	5.8758	-0.7096	-0.699	0.7423	0.7464	0.5089	-0.1618	-0.7307	-0.5158	0.2006	0.4484	0.1257	-0.1074	0.4264	-0.0715	0.2007	43.8147	57.0754	16.8427
5	13.5894	-3.3731	-1.2565	5.5103	0.7099	0.1531	0.3062	0.3604	1.1215	-0.6548	-0.2136	0.079	-0.1026	-0.076	-0.0926	0.7054	0.098	0.0487	0.5348	0.0641	0.6355	47.7341	65.5357	5.5312
6	5.2453	0.8333	2.3618	5.0779	-1.217	13.6198	0.0525	0.2776	0.3882	0.0501	-0.1122	-0.2491	-0.7479	0.151	0.0597	0.144	0.004	0.0286	0.0902	0.0468	0.2192	54.6313	60.394	-1.3446
7	9.1135	6.6764	-0.1796	15.251	2.7665	2.6785	0.1121	0.444	0.2021	-0.0905	0.0526	-0.6748	-0.056	0.3128	-0.1647	0.1914	0.0337	0.0345	0.217	0.0837	0.0929	56.8384	53.9076	-6.7932

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	74 - 85
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	86 - 178
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	179 - 240
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	241 - 276
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	277 - 302
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	303 - 326
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	327 - 345

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関連情報:EMDBヘッダ

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