+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8gja | |||||||||
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Title | RAD51C-XRCC3 structure | |||||||||
Components |
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Keywords | DNA BINDING PROTEIN / DNA-binding DNA damage DNA repair ATP binding | |||||||||
Function / homology | ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION Function and homology information | |||||||||
Biological species | Alvinella pompejana (invertebrata) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.6 Å | |||||||||
Authors | Arvai, A.S. / Tainer, J.A. / Williams, G. / Longo, M.A. | |||||||||
Funding support | United States, 2items
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Citation | Journal: Nat Commun / Year: 2023 Title: RAD51C-XRCC3 structure and cancer patient mutations define DNA replication roles. Authors: Longo, M.A. / Roy, S. / Chen, Y. / Tomaszowski, K.H. / Arvai, A.S. / Pepper, J.T. / Boisvert, R.A. / Kunnimalaiyaan, S. / Keshvani, C. / Schild, D. / Bacolla, A. / Williams, G.J. / Tainer, J.A. / Schlacher, K. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8gja.cif.gz | 733.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8gja.ent.gz | 610.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8gja.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 8gja_validation.pdf.gz | 3.3 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 8gja_full_validation.pdf.gz | 3.3 MB | Display | |
Data in XML | 8gja_validation.xml.gz | 67.7 KB | Display | |
Data in CIF | 8gja_validation.cif.gz | 89.8 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gj/8gja ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gj/8gja | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 8gj8C 8gj9C C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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3 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 32077.500 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Alvinella pompejana (invertebrata) / Production host: Escherichia coli (E. coli) #2: Protein | Mass: 39028.309 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Alvinella pompejana (invertebrata) / Production host: Escherichia coli (E. coli) #3: Chemical | ChemComp-ADP / #4: Chemical | ChemComp-BEF / #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.34 Å3/Da / Density % sol: 47.49 % |
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Crystal grow | Temperature: 288 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: (25 mg/mL protein)+ 2.5 mM ADP601 BeF + 5mM MgCl2, grew with a 1:2 protein:crystallization reagent (1 M HEPES pH 7.5, 20% PEG 3,350, 2% Tacsimate pH 7.0,) ratio and reached maximum growth after 15 days. |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALS / Beamline: 8.3.1 / Wavelength: 1.11583 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Mar 9, 2018 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.11583 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.6→38.33 Å / Num. obs: 60211 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 26.4 % / Biso Wilson estimate: 55.55 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 15.5 |
Reflection shell | Resolution: 2.6→2.67 Å / Num. unique obs: 4378 / CC1/2: 0.444 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.6→38.33 Å / SU ML: 0.35 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / Phase error: 24.38 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.6→38.33 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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