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万見
- PDB-8gir: Structure of Ternary Complex of mouse cGAS with dsDNA and Bound A... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8gir
タイトルStructure of Ternary Complex of mouse cGAS with dsDNA and Bound ATP: with 10mM Mg2+ and 0.2mM Mn2+
要素
  • Cyclic GMP-AMP synthase
  • Palindromic DNA18
キーワードIMMUNE SYSTEM / TRANSFERASE/DNA / Transferase-DNA complex / cGAS / ATP and divalent metal ion
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of type I interferon production / cyclic GMP-AMP synthase / 2',3'-cyclic GMP-AMP synthase activity / paracrine signaling / poly-ADP-D-ribose modification-dependent protein binding / negative regulation of DNA repair / regulation of immunoglobulin production / cGAS/STING signaling pathway / regulation of T cell activation / negative regulation of cGAS/STING signaling pathway ...regulation of type I interferon production / cyclic GMP-AMP synthase / 2',3'-cyclic GMP-AMP synthase activity / paracrine signaling / poly-ADP-D-ribose modification-dependent protein binding / negative regulation of DNA repair / regulation of immunoglobulin production / cGAS/STING signaling pathway / regulation of T cell activation / negative regulation of cGAS/STING signaling pathway / cGMP-mediated signaling / cellular response to exogenous dsRNA / regulation of immune response / positive regulation of type I interferon production / negative regulation of double-strand break repair via homologous recombination / nucleosome binding / positive regulation of defense response to virus by host / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / activation of innate immune response / cAMP-mediated signaling / molecular condensate scaffold activity / determination of adult lifespan / positive regulation of cellular senescence / site of double-strand break / double-stranded DNA binding / defense response to virus / nuclear body / DNA repair / innate immune response / DNA damage response / chromatin binding / GTP binding / protein homodimerization activity / DNA binding / ATP binding / nucleus / metal ion binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Mab-21-like, nucleotidyltransferase domain / Mab-21-like, HhH/H2TH-like domain / Mab-21 protein HhH/H2TH-like domain / Mab-21 protein nucleotidyltransferase domain / Mab-21-like / Mab-21
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / : / DNA / DNA (> 10) / Cyclic GMP-AMP synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Wu, S. / Sohn, J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: The structural basis for 2'-5'/3'-5'-cGAMP synthesis by cGAS.
著者: Wu, S. / Gabelli, S.B. / Sohn, J.
履歴
登録2023年3月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年4月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年5月29日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cyclic GMP-AMP synthase
C: Cyclic GMP-AMP synthase
E: Palindromic DNA18
F: Palindromic DNA18
I: Palindromic DNA18
J: Palindromic DNA18
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,70414
ポリマ－107,3396
非ポリマー1,3658
水1,49583
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: isothermal titration calorimetry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)77.545, 98.506, 142.009
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 / DNA鎖 , 2種, 6分子 ACEFIJ

#1: タンパク質 Cyclic GMP-AMP synthase / cGAMP synthase / cGAS / m-cGAS / 2'3'-cGAMP synthase / Mab-21 domain-containing protein 1


分子量: 42640.254 Da / 分子数: 2 / 断片: catalytic domain, residues 147-507 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Mouse Cyclic GMP-AMP synthase catalytic domain 147-507; three extra residues at the N terminus (G from TEV site, TG from AgeI site). Flexible residues in the coordinate were deleted.
由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Cgas, Mb21d1 / プラスミド: nHMT mCAT WT
詳細 (発現宿主): His*6-MBP-Tev-AgeI-mcGAS CAT, Kanamycin resistance
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8C6L5, cyclic GMP-AMP synthase
#2: DNA鎖
Palindromic DNA18


分子量: 5514.603 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: custom synthesized by IDT / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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非ポリマー , 4種, 91分子

#3: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 83 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.32 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2 M ammonium acetate, 32% MPD, with 0.1 M Bis-Tris pH 6.5
PH範囲: 6.0-7.0 / Temp details: 4-degree Celsius in cold room

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: nitrogen gas stream / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-2 / 波長: 1.891 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年3月30日
放射モノクロメーター: nitrogen gas stream / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.891 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→29.8 Å / Num. obs: 38237 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 6.5 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.093 / Rpim(I) all: 0.039 / Rrim(I) all: 0.101 / Χ2: 1.04 / Net I/σ(I): 11.8 / Num. measured all: 247600
反射 シェル解像度: 2.5→2.6 Å / % possible obs: 95.4 % / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.642 / Num. measured all: 24108 / Num. unique obs: 4060 / CC1/2: 0.802 / Rpim(I) all: 0.283 / Rrim(I) all: 0.703 / Χ2: 1.07 / Net I/σ(I) obs: 2.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDS20210205データ削減
Aimless0.7.7データスケーリング
MOLREP11.7.03位相決定
Coot0.9.6モデル構築
PHENIX1.20.1_4487精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→29.79 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.83 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.229 3627 5.03 %
Rwork0.1909 --
obs0.1927 38237 99.21 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→29.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5830 1464 68 83 7445
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.06
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d23.7691470
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0521151
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.011084
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5-2.530.36151160.29262185X-RAY DIFFRACTION83
2.53-2.570.33011320.28792653X-RAY DIFFRACTION100
2.57-2.60.27081650.28042628X-RAY DIFFRACTION100
2.6-2.640.29941460.25752639X-RAY DIFFRACTION100
2.64-2.680.39491300.26082686X-RAY DIFFRACTION100
2.68-2.730.29591280.25142654X-RAY DIFFRACTION100
2.73-2.770.30441450.25412695X-RAY DIFFRACTION100
2.77-2.820.30911360.26032629X-RAY DIFFRACTION100
2.82-2.880.30051380.24882684X-RAY DIFFRACTION100
2.88-2.940.2661270.24642649X-RAY DIFFRACTION100
2.94-30.32781440.23612670X-RAY DIFFRACTION100
3-3.070.27541610.22862612X-RAY DIFFRACTION100
3.07-3.150.23561320.22312666X-RAY DIFFRACTION100
3.15-3.230.27311330.21872679X-RAY DIFFRACTION100
3.23-3.330.22141220.20762638X-RAY DIFFRACTION100
3.33-3.430.24511380.20152637X-RAY DIFFRACTION100
3.44-3.560.21741580.18622670X-RAY DIFFRACTION100
3.56-3.70.23781510.18692664X-RAY DIFFRACTION100
3.7-3.870.25451480.18462650X-RAY DIFFRACTION100
3.87-4.070.22591480.16922643X-RAY DIFFRACTION100
4.07-4.330.1741550.15882655X-RAY DIFFRACTION100
4.33-4.660.18331570.14522617X-RAY DIFFRACTION100
4.66-5.120.18461170.15762678X-RAY DIFFRACTION100
5.13-5.860.16671450.16492637X-RAY DIFFRACTION100
5.86-7.360.24121390.19092661X-RAY DIFFRACTION100
7.37-29.790.1481160.1352666X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.758-0.17990.43422.09360.0271.45520.034-0.0674-0.18510.03850.0311-0.17810.13680.1108-0.05140.25160.02670.01750.25090.01880.2875-4.909-26.81720.294
22.015-1.2855-0.39663.07080.57031.0678-0.1714-0.22050.05060.08110.14160.4066-0.0755-0.12780.02520.32090.0496-0.0480.3922-0.02790.3785-33.6098.22318.721
32.5507-0.9669-0.92092.0012-1.42432.26140.2206-0.9885-0.02730.60730.0246-0.0464-0.0244-0.3402-0.33010.4655-0.1871-0.08210.7518-0.02950.4764-28.792-23.03231.562
42.1455-0.8785-0.61552.7386-0.32441.87910.2844-0.79520.1510.5312-0.0846-0.1033-0.4543-0.7452-0.23010.5652-0.07950.02080.7403-0.00130.3919-29.475-23.62132.448
52.7656-1.02960.60332.5120.32311.63040.27330.1040.399-0.15120.072-0.1469-0.13420.5339-0.32790.4793-0.0571-0.00480.4655-0.04610.4965-8.1198.61817.814
63.5998-0.4175-0.22563.16350.09020.87560.24580.32540.2765-0.25240.1377-0.22140.29720.3086-0.32870.51210.0098-0.09190.5993-0.18250.4206-8.5246.60618.624
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 148:506 OR RESID 602:602 ) )A148 - 506
2X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 148:506 OR RESID 602:602 ) )A602
3X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN C AND ( RESID 148:506 OR RESID 602:602 ) )C148 - 506
4X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN C AND ( RESID 148:506 OR RESID 602:602 ) )C602
5X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN E AND RESID 1:18 )E1 - 18
6X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN F AND RESID 1:18 )F1 - 18
7X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN I AND RESID 1:18 )I1 - 18
8X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN J AND RESID 1:18 )J1 - 18

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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