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- PDB-8gid: Crystal structure of a strain-transcending single-component Plasm... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8gid
タイトルCrystal structure of a strain-transcending single-component Plasmodium falciparum AMA1-RON2L structure-based design immunogen 1 (SBD1)
要素Apical membrane antigen 1, rhoptry neck protein 2 chimera
キーワードCELL INVASION / Single component immunogens / Malaria vaccines
機能・相同性
機能・相同性情報


rhoptry neck / apical complex / microneme / host cell surface binding / symbiont entry into host / membrane
類似検索 - 分子機能
Apical membrane antigen 1 domain superfamily / Apical membrane antigen 1 / Apical membrane antigen 1 / Apical membrane antigen 1
類似検索 - ドメイン・相同性
Apical membrane antigen 1 / Apical membrane antigen 1 / Rhoptry neck protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Patel, P.N. / Tolia, N.H.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)1ZIAAI001253 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Structure-based design of a strain transcending AMA1-RON2L malaria vaccine.
著者: Patel, P.N. / Dickey, T.H. / Diouf, A. / Salinas, N.D. / McAleese, H. / Ouahes, T. / Long, C.A. / Miura, K. / Lambert, L.E. / Tolia, N.H.
履歴
登録2023年3月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年8月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Apical membrane antigen 1, rhoptry neck protein 2 chimera


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,7291
ポリマ－41,7291
非ポリマー00
水2,954164
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)131.620, 38.340, 71.970
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 95.140, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-407-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Apical membrane antigen 1, rhoptry neck protein 2 chimera / Merozoite surface antigen


分子量: 41729.453 Da / 分子数: 1 / 変異: T137A,T261A,S41A,S42A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
遺伝子: ama1, PF3D7_1133400, PF3D7_1452000 / プラスミド: pHL-sec / Cell (発現宿主): 293 derived Cells / 細胞株 (発現宿主): Expi293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: D9MXR5, UniProt: Q7KQK5, UniProt: Q8IKV6
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 164 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.81 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2 M Ammonium sulfate, 20% (w/v) PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年4月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→19.81 Å / Num. obs: 32748 / % possible obs: 97.05 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 27.8 Å2 / CC1/2: 0.998 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.0701 / Rpim(I) all: 0.0447 / Rrim(I) all: 0.0834 / Net I/σ(I): 12.22
反射 シェル解像度: 1.8→1.864 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.7521 / Mean I/σ(I) obs: 2.02 / Num. unique obs: 3112 / CC1/2: 0.663 / CC star: 0.893 / Rpim(I) all: 0.4763 / Rrim(I) all: 0.8935 / % possible all: 96.48

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SERGUIデータ収集
XDSv Feb 5, 2021データ削減
XSCALEv Feb 5, 2021データスケーリング
PHENIXv1.20.1-4487位相決定
Cootv0.9モデル構築
PHENIX1.20.1_4487精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→19.81 Å / SU ML: 0.2176 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 22.1616
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2092 1637 5 %
Rwork0.1785 31111 -
obs0.18 32748 97.05 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 35.87 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→19.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2692 0 0 164 2856
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00582759
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.78813742
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0505393
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0064497
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.87961026
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8-1.850.35391280.33992436X-RAY DIFFRACTION91.64
1.85-1.910.28111370.23652604X-RAY DIFFRACTION98.53
1.91-1.980.25111370.21752600X-RAY DIFFRACTION98.88
1.98-2.060.25671380.19432615X-RAY DIFFRACTION98.64
2.06-2.150.2351370.17852619X-RAY DIFFRACTION98.11
2.15-2.260.22721330.17872532X-RAY DIFFRACTION95.55
2.26-2.410.21421390.16752637X-RAY DIFFRACTION99
2.41-2.590.22161370.17812616X-RAY DIFFRACTION98.71
2.59-2.850.21171370.19012603X-RAY DIFFRACTION97.79
2.85-3.260.22671350.18642551X-RAY DIFFRACTION94.28
3.26-4.10.16651370.16112619X-RAY DIFFRACTION97.52
4.1-19.810.18891420.16122679X-RAY DIFFRACTION96.12
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 20.0874617637 Å / Origin y: 1.07071813671 Å / Origin z: 19.411366733 Å
111213212223313233
T0.250948932769 Å20.0131482240338 Å2-0.0108758329581 Å2-0.165614105397 Å20.00481007791871 Å2--0.19126366366 Å2
L1.52079907877 °20.287317326498 °2-0.625200508306 °2-0.819039114691 °2-0.113257887869 °2--1.86628233491 °2
S-0.00876807381729 Å °-0.0224156917938 Å °-0.0130002483084 Å °-0.0160372100475 Å °0.00836531756747 Å °0.0880073792291 Å °0.0217853249241 Å °-0.114409693469 Å °0.00120347235058 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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