+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8gi4 | ||||||||||||
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Title | Crystal structure of human LIMK2 PDZ domain | ||||||||||||
Components | LIM domain kinase 2 | ||||||||||||
Keywords | SIGNALING PROTEIN / PDZ domain / protein kinase / autoregulation / cofilin | ||||||||||||
Function / homology | Function and homology information cornea development in camera-type eye / establishment of vesicle localization / head development / astral microtubule organization / negative regulation of cilium assembly / cis-Golgi network / RHO GTPases Activate ROCKs / Sema4D induced cell migration and growth-cone collapse / phosphorylation / EPHB-mediated forward signaling ...cornea development in camera-type eye / establishment of vesicle localization / head development / astral microtubule organization / negative regulation of cilium assembly / cis-Golgi network / RHO GTPases Activate ROCKs / Sema4D induced cell migration and growth-cone collapse / phosphorylation / EPHB-mediated forward signaling / mitotic spindle / positive regulation of protein localization to nucleus / actin cytoskeleton organization / spermatogenesis / non-specific serine/threonine protein kinase / positive regulation of protein phosphorylation / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / centrosome / perinuclear region of cytoplasm / ATP binding / nucleus / metal ion binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.06 Å | ||||||||||||
Authors | Casanova Sepulveda, G. / Boggon, T.J. | ||||||||||||
Funding support | United States, 3items
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Citation | Journal: Nat Commun / Year: 2023 Title: Autoregulation of the LIM kinases by their PDZ domain. Authors: Casanova-Sepulveda, G. / Sexton, J.A. / Turk, B.E. / Boggon, T.J. | ||||||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8gi4.cif.gz | 317.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8gi4.ent.gz | 261.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8gi4.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 8gi4_validation.pdf.gz | 457.8 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 8gi4_full_validation.pdf.gz | 458.7 KB | Display | |
Data in XML | 8gi4_validation.xml.gz | 26.1 KB | Display | |
Data in CIF | 8gi4_validation.cif.gz | 38.6 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gi/8gi4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gi/8gi4 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
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-Links
-Assembly
-Components
#1: Protein | Mass: 13729.308 Da / Num. of mol.: 8 / Fragment: PDZ domain (UNP residues 130-250) / Mutation: C173S Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: LIMK2 / Plasmid: pET / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) References: UniProt: P53671, non-specific serine/threonine protein kinase #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.57 Å3/Da / Density % sol: 52.2 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 / Details: 0.1 M HEPES, pH 7.5, 10% 2-propanol, 20% PEG4000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 24-ID-E / Wavelength: 0.9792 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M-F / Detector: PIXEL / Date: Oct 5, 2021 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9792 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.05→83.13 Å / Num. obs: 68051 / % possible obs: 98.3 % / Redundancy: 19.5 % / CC1/2: 0.996 / Rpim(I) all: 0.033 / Rrim(I) all: 0.146 / Net I/σ(I): 23.1 / Num. measured all: 1329519 |
Reflection shell | Resolution: 2.05→2.16 Å / % possible obs: 88.5 % / Redundancy: 14.4 % / Num. measured all: 127846 / Num. unique obs: 8868 / CC1/2: 0.517 / Rpim(I) all: 0.44 / Rrim(I) all: 1.706 / Net I/σ(I) obs: 1.9 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.06→80.42 Å / SU ML: 0.29 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 29.8 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.06→80.42 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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