PDB-8gi4: Crystal structure of human LIMK2 PDZ domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8gi4

タイトル

Crystal structure of human LIMK2 PDZ domain

要素

LIM domain kinase 2

キーワード

SIGNALING PROTEIN /

PDZ domain (PDZドメイン) /

protein kinase (プロテインキナーゼ) / autoregulation /

cofilin (コフィリン)

機能・相同性

機能・相同性情報

cornea development in camera-type eye / head development / establishment of vesicle localization / astral microtubule organization / negative regulation of cilium assembly / cis-Golgi network / RHO GTPases Activate ROCKs / Sema4D induced cell migration and growth-cone collapse / EPHB-mediated forward signaling /

紡錘体 ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.06 Å

データ登録者

Casanova Sepulveda, G. / Boggon, T.J.

資金援助

米国, 3件

組織	認可番号	国
American Heart Association	835293	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM102262	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM138411	米国

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Autoregulation of the LIM kinases by their PDZ domain.
著者: Casanova-Sepulveda, G. / Sexton, J.A. / Turk, B.E. / Boggon, T.J.

履歴

登録	2023年3月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年12月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年12月27日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年5月1日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8gi4.cif.gz	317.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8gi4.ent.gz	261.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8gi4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gi/8gi4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gi/8gi4	HTTPS FTP

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関連構造データ

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#126 - 2010年6月上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor) 類似性 (1) #148 - 2012年4月 Rasタンパク質 (Ras Protein) 類似性 (1) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1) #195 - 2016年3月 RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases) 類似性 (1) #43 - 2003年7月 Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1)

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PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#126 - 2010年6月
上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor)
類似性 (1)
#148 - 2012年4月
Rasタンパク質 (Ras Protein)
類似性 (1)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (1)
#195 - 2016年3月
RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases)
類似性 (1)
#43 - 2003年7月
Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase)
類似性 (1)
#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (1)

登録構造単位

A: LIM domain kinase 2

B: LIM domain kinase 2

C: LIM domain kinase 2

D: LIM domain kinase 2

E: LIM domain kinase 2

F: LIM domain kinase 2

G: LIM domain kinase 2

H: LIM domain kinase 2

110 kDa, 8 ポリマー
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1

A: LIM domain kinase 2

登録者が定義した集合体
13.7 kDa, 1 ポリマー
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2

B: LIM domain kinase 2

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3

C: LIM domain kinase 2

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4

D: LIM domain kinase 2

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5

E: LIM domain kinase 2

登録者が定義した集合体
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6

F: LIM domain kinase 2

登録者が定義した集合体
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7

G: LIM domain kinase 2

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8

H: LIM domain kinase 2

登録者が定義した集合体
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単位格子

Length a, b, c (Å)	80.950, 83.028, 83.080
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 96.58, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	LIM domain kinase 2 / LIMK-2 分子量: 13729.308 Da / 分子数: 8 / 断片: PDZ domain (UNP residues 130-250) / 変異: C173S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LIMK2 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: P53671, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 229 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

LIM domain kinase 2 / LIMK-2

分子量: 13729.308 Da / 分子数: 8 / 断片: PDZ domain (UNP residues 130-250) / 変異: C173S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LIMK2 / プラスミド: pET / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: P53671,

non-specific serine/threonine protein kinase

#2: 水

ChemComp-HOH / water /

水

分子量: 18.015 Da / 分子数: 229 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.57 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.2 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M HEPES, pH 7.5, 10% 2-propanol, 20% PEG4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.05→83.13 Å / Num. obs: 68051 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 19.5 % / CC_1/2: 0.996 / R_pim(I) all: 0.033 / R_rim(I) all: 0.146 / Net I/σ(I): 23.1 / Num. measured all: 1329519
反射シェル	解像度: 2.05→2.16 Å / % possible obs: 88.5 % / 冗長度: 14.4 % / Num. measured all: 127846 / Num. unique obs: 8868 / CC_1/2: 0.517 / R_pim(I) all: 0.44 / R_rim(I) all: 1.706 / Net I/σ(I) obs: 1.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	v2.8.3	精密化
SCALA		データスケーリング
PHASER	v2.8.3	位相決定
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.06→80.42 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.8 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2338	3197	4.73 %
R_work	0.209	-	-
obs	0.2102	67544	99.8 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.06→80.42 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5822	0	0	229	6051

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	5950
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.45	8102
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.534	2250
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.044	978
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	1070

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.06-2.09	0.3593	130	0.3728	2682	X-RAY DIFFRACTION	96
2.09-2.12	0.3826	110	0.3532	2826	X-RAY DIFFRACTION	100
2.12-2.16	0.3494	115	0.3379	2778	X-RAY DIFFRACTION	100
2.16-2.2	0.3157	131	0.2958	2817	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2-2.24	0.3535	116	0.2809	2814	X-RAY DIFFRACTION	100
2.24-2.28	0.3413	127	0.2858	2779	X-RAY DIFFRACTION	100
2.28-2.32	0.2761	144	0.2652	2805	X-RAY DIFFRACTION	100
2.32-2.38	0.2788	131	0.2628	2812	X-RAY DIFFRACTION	100
2.38-2.43	0.2919	144	0.2528	2756	X-RAY DIFFRACTION	100
2.43-2.49	0.2923	150	0.2674	2768	X-RAY DIFFRACTION	100
2.49-2.56	0.2992	153	0.256	2775	X-RAY DIFFRACTION	100
2.56-2.63	0.2772	144	0.2576	2794	X-RAY DIFFRACTION	100
2.63-2.72	0.298	133	0.2662	2823	X-RAY DIFFRACTION	100
2.72-2.82	0.2777	164	0.2549	2758	X-RAY DIFFRACTION	100
2.82-2.93	0.3045	153	0.2477	2779	X-RAY DIFFRACTION	100
2.93-3.06	0.2795	157	0.2407	2799	X-RAY DIFFRACTION	100
3.06-3.22	0.2565	127	0.2246	2831	X-RAY DIFFRACTION	100
3.22-3.43	0.2714	127	0.2314	2806	X-RAY DIFFRACTION	100
3.43-3.69	0.2169	147	0.2012	2814	X-RAY DIFFRACTION	100
3.69-4.06	0.2001	139	0.173	2807	X-RAY DIFFRACTION	100
4.06-4.65	0.173	122	0.1475	2847	X-RAY DIFFRACTION	100
4.65-5.86	0.2227	133	0.1732	2843	X-RAY DIFFRACTION	100
5.86-80.42	0.1847	200	0.1754	2834	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.2426	3.0644	-2.1443	8.3563	-1.9335	5.1162	-0.3587	0.3888	-0.8005	-0.5669	-0.1672	-0.5662	0.5381	-0.1705	0.4527	0.6503	-0.0146	0.0466	0.377	0.0158	0.3564	-0.4386	9.502	-27.3352
2	6.8037	2.8497	-0.9453	8.4216	1.8243	4.3519	-0.0869	0.4712	-0.7007	-0.0891	0.0515	-0.6832	0.6295	0.4478	-0.0527	0.5357	0.023	0.1147	0.339	0.0188	0.4504	3.6231	5.6042	-23.8602
3	5.4534	5.9223	5.3681	7.0066	4.7333	7.0816	0.6914	-1.058	-0.7314	1.0877	-0.6098	-0.0161	0.9229	-0.8565	-0.0804	0.7289	-0.084	0.1079	0.4407	0.019	0.4143	-1.4711	8.2012	-14.0224
4	3.3503	5.6119	-1.9323	9.7447	-2.6928	10.2279	-0.1598	0.2964	-1.2482	-0.6315	-0.4667	-1.1589	0.5733	0.8081	0.6586	0.6664	-0.0081	0.0706	0.4778	0.0122	0.502	5.1718	12.3168	-26.846
5	1.9385	-0.5939	-2.0188	5.7628	3.0324	4.5951	-0.2485	-0.1265	-0.3508	0.3486	0.1151	0.0991	0.1578	0.0753	0.0215	0.569	-0.0057	0.0153	0.4169	-0.0126	0.4179	-31.1996	15.5553	-13.9695
6	3.2486	-0.5068	1.2723	2.3202	0.9677	2.2221	0.3194	0.2126	-0.4597	-1.2991	0.542	1.5464	0.7532	-1.067	-0.7324	0.9115	-0.0312	-0.0454	0.5691	0.0652	0.6685	-38.1684	18.4231	-30.4795
7	3.9444	-3.6653	2.4213	4.8373	-0.3598	4.0876	-0.136	-0.2255	-0.9215	-1.4128	0.9221	1.7656	2.3309	-1.3132	-0.8173	0.5667	-0.0864	0.0192	0.4655	0.0556	0.5002	-37.4334	11.7311	-21.9993
8	7.797	-6.887	3.6465	9.0165	-4.3839	8.5865	-0.8166	-1.4086	-0.3955	1.4874	0.9005	0.3503	-0.4241	-0.3977	0.0851	0.745	0.0734	0.0814	0.6282	0.0733	0.4919	-32.3693	9.7025	-10.728
9	7.141	6.5929	-5.4388	6.2591	-4.5251	8.9625	-0.9051	-0.68	1.8325	-1.1175	0.361	1.3841	-1.5644	-0.4936	0.3876	0.9085	0.0608	0.0297	0.3938	-0.0845	0.5781	-34.0114	21.77	-20.8605
10	9.8838	3.4437	0.655	7.349	5.0228	3.8456	0.6424	-0.6109	-0.1015	-0.1353	-0.0358	-0.6914	-0.8515	0.1197	-0.5932	0.6208	-0.0041	0.0105	0.3246	0.0055	0.4204	-29.6614	24.5903	-27.3063
11	8.0174	-4.3347	3.6299	5.7456	-5.4016	6.1446	0.4111	0.8412	-0.2518	-1.694	-0.2762	-1.3362	1.4229	1.967	-0.3411	0.8277	0.0447	0.016	0.4221	-0.1099	0.5995	-26.807	14.9267	-28.9979
12	6.5226	4.1474	5.5934	5.3449	5.3578	5.9867	0.8647	2.0761	2.9676	-2.0362	-0.5518	-2.4228	-1.1843	0.9826	-0.2185	0.7067	0.1319	0.1859	0.5791	-0.0142	1.0738	-18.7378	13.0835	-20.8676
13	5.7917	-3.8737	-3.6756	7.4686	1.1969	4.0807	-0.2362	-1.5986	0.3436	1.4009	0.1834	0.0451	-1.0695	-0.6151	0.1983	0.7736	0.1431	-0.0062	0.4377	-0.0176	0.4664	-32.6254	20.1408	-15.9844
14	3.671	-3.3365	5.6978	4.0551	-5.6626	9.6488	-0.8022	-1.0637	0.2416	1	0.7803	0.4101	-0.9396	-1.281	-0.0433	0.6736	0.0518	0.0162	0.4928	0.0787	0.5405	-38.0603	3.0309	-47.8496
15	4.1635	-3.6947	-1.8769	7.5209	0.1923	3.8412	-0.7648	-1.7902	1.1203	1.2877	0.4583	-0.6588	-0.6774	0.388	0.1477	0.641	0.0738	-0.1366	0.4697	-0.0724	0.4014	-26.216	-3.9929	-32.3935
16	8.3691	0.0526	3.7659	9.5232	4.3665	3.9409	0.9186	-0.3645	-1.126	0.5634	-0.764	1.704	2.0966	-1.5369	-0.3844	0.9971	-0.1041	0.0488	0.8901	0.2503	0.774	-44.4195	-14.7868	-38.6062
17	7.6827	2.2882	5.477	8.8887	2.8222	8.3423	-0.3224	-1.312	1.3304	1.1202	-0.1802	0.1033	-0.4611	-0.1586	0.3945	0.6641	0.1573	-0.0307	0.4098	-0.0044	0.5773	-32.6982	1.801	-35.029
18	9.0121	-0.2782	1.4611	2.5617	1.2616	7.8164	-0.549	0.4032	0.5467	0.7382	0.2721	-0.1632	-1.1225	-0.4663	0.2617	0.7478	0.1355	-0.069	0.388	-0.006	0.642	-35.2642	4.9469	-38.5326
19	7.1682	4.0489	-1.3046	8.117	0.5203	6.1622	0.1536	-0.2258	-0.5427	0.3499	0.226	-0.8355	0.5863	-0.1457	-0.283	0.5871	-0.0025	-0.0543	0.2663	0.0616	0.4343	-37.4018	-11.3739	-45.0735
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9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 203 through 207 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 208 through 216 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 217 through 225 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 226 through 230 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 231 through 237 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 145 through 155 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 156 through 166 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 167 through 178 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 179 through 194 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 195 through 202 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 203 through 216 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 217 through 225 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'C' and (resid 226 through 230 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'C' and (resid 231 through 239 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resid 145 through 155 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'D' and (resid 156 through 166 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'D' and (resid 167 through 194 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'D' and (resid 195 through 202 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'D' and (resid 203 through 207 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'D' and (resid 208 through 230 )
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'D' and (resid 231 through 237 )
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'E' and (resid 145 through 155 )
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'E' and (resid 156 through 164 )
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'E' and (resid 165 through 185 )
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'E' and (resid 186 through 194 )
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'E' and (resid 195 through 202 )
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'E' and (resid 203 through 207 )
36	X-RAY DIFFRACTION	36	chain 'E' and (resid 208 through 216 )
37	X-RAY DIFFRACTION	37	chain 'E' and (resid 217 through 225 )
38	X-RAY DIFFRACTION	38	chain 'E' and (resid 226 through 230 )
39	X-RAY DIFFRACTION	39	chain 'E' and (resid 231 through 238 )
40	X-RAY DIFFRACTION	40	chain 'F' and (resid 145 through 155 )
41	X-RAY DIFFRACTION	41	chain 'F' and (resid 156 through 164 )
42	X-RAY DIFFRACTION	42	chain 'F' and (resid 165 through 170 )
43	X-RAY DIFFRACTION	43	chain 'F' and (resid 171 through 185 )
44	X-RAY DIFFRACTION	44	chain 'F' and (resid 186 through 194 )
45	X-RAY DIFFRACTION	45	chain 'F' and (resid 195 through 202 )
46	X-RAY DIFFRACTION	46	chain 'F' and (resid 203 through 207 )
47	X-RAY DIFFRACTION	47	chain 'F' and (resid 208 through 216 )
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49	X-RAY DIFFRACTION	49	chain 'F' and (resid 226 through 237 )
50	X-RAY DIFFRACTION	50	chain 'G' and (resid 145 through 164 )
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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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