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万見
- PDB-8gi0: Structure of Trypanosoma docking complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8gi0
タイトルStructure of Trypanosoma docking complex
要素
  • Peroxisomal membrane protein PEX14
  • Peroxisome targeting signal 1 receptor
  • malate dehydrogenase
キーワードPROTEIN TRANSPORT / Peroxisomal transport / Import / PEX / TRANSPORT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


intracellular organelle lumen / peroxisome matrix targeting signal-1 binding / peroxisomal importomer complex / protein import into peroxisome matrix, docking / (S)-malate dehydrogenase (NAD+, oxaloacetate-forming) / L-malate dehydrogenase (NAD+) activity / carboxylic acid metabolic process / peroxisomal membrane / tricarboxylic acid cycle / signaling receptor binding ...intracellular organelle lumen / peroxisome matrix targeting signal-1 binding / peroxisomal importomer complex / protein import into peroxisome matrix, docking / (S)-malate dehydrogenase (NAD+, oxaloacetate-forming) / L-malate dehydrogenase (NAD+) activity / carboxylic acid metabolic process / peroxisomal membrane / tricarboxylic acid cycle / signaling receptor binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Peroxisome membrane anchor protein Pex14p, N-terminal / Peroxisomal membrane protein 14 / Pex14 N-terminal domain / PEX5/PEX5L / Malate dehydrogenase, type 1 / Tetratricopeptide repeat / L-lactate/malate dehydrogenase / Lactate/malate dehydrogenase, N-terminal / Lactate/malate dehydrogenase, C-terminal / lactate/malate dehydrogenase, NAD binding domain ...Peroxisome membrane anchor protein Pex14p, N-terminal / Peroxisomal membrane protein 14 / Pex14 N-terminal domain / PEX5/PEX5L / Malate dehydrogenase, type 1 / Tetratricopeptide repeat / L-lactate/malate dehydrogenase / Lactate/malate dehydrogenase, N-terminal / Lactate/malate dehydrogenase, C-terminal / lactate/malate dehydrogenase, NAD binding domain / lactate/malate dehydrogenase, alpha/beta C-terminal domain / Lactate dehydrogenase/glycoside hydrolase, family 4, C-terminal / TPR repeat region circular profile. / TPR repeat profile. / Tetratricopeptide repeats / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / NAD(P)-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Peroxisomal membrane protein PEX14 / malate dehydrogenase / Peroxisome targeting signal 1 receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)
Trypanosoma cruzi strain CL Brener (トリパノソーマ)
Trypanosoma cruzi cruzi (クルーズトリパノソーマ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Sonani, R.R. / Artur, B. / Jemiola-Rzeminska, M. / Lipinski, O. / Patel, S.N. / Sood, T. / Dubin, G.
資金援助 ポーランド, 2件
組織認可番号国
Polish National Science Centre2020/39/B/NZ1/01551 ポーランド
Foundation for Polish ScienceTEAM TECH CORE FACILITY/2017-4/6 ポーランド
引用ジャーナル: Biorxiv / 年: 2023
タイトル: Noncanonical interactions and conformational dynamics in cargo-Pex5-Pex14 ternary complex for peroxisomal import
著者: Sonani, R.R. / Blat, A. / Jemiola-Rzeminska, M. / Lipinski, O. / Patel, S.N. / Sood, T. / Dubin, G.
履歴
登録2023年3月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年3月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年3月27日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
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改定 1.02024年3月27日Data content type: Additional map / Part number: 2 / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
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改定 1.02024年3月27日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年3月27日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月9日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / em_admin / pdbx_entry_details
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update
改定 1.22025年4月2日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: em_admin / pdbx_audit_support
Item: _em_admin.last_update / _pdbx_audit_support.grant_number
改定 1.12025年4月2日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Group: Experimental summary / Data content type: EM metadata / カテゴリ: em_admin / Data content type: EM metadata / Item: _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
F: Peroxisomal membrane protein PEX14
A: malate dehydrogenase
B: malate dehydrogenase
C: malate dehydrogenase
D: malate dehydrogenase
E: Peroxisome targeting signal 1 receptor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)251,2036
ポリマ－251,2036
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Peroxisomal membrane protein PEX14 / Peroxin-14


分子量: 40507.551 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)
遺伝子: C3747_80g13 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2V2WKZ5
#2: タンパク質
malate dehydrogenase


分子量: 34106.832 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma cruzi strain CL Brener (トリパノソーマ)
遺伝子: Tc00.1047053506503.69 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q4DRD8
#3: タンパク質 Peroxisome targeting signal 1 receptor


分子量: 74268.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma cruzi cruzi (クルーズトリパノソーマ)
遺伝子: TCDM_08436 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: V5B7T1
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Docking complex (MDH)4-(Pex5)1-(Pex14)1 of Trypanosoma Pex import
タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 900 nm
撮影電子線照射量: 42.25 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 482240 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0042917
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.7953956
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d7.732394
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.046429
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.006528

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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