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- PDB-8ghx: Crystal Structure of CelD Cellulase from the Anaerobic Fungus Pir... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ghx
タイトルCrystal Structure of CelD Cellulase from the Anaerobic Fungus Piromyces finnis
要素Cellulase CelD
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / Celluase / CAZymes (CAZy) / glycoside hydrolase (GH) family 5 / dockerin domain
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能
Fungal dockerin domain superfamily / Cellulose or protein binding domain / CBM10/dockerin domain / CBM10 (carbohydrate-binding type-10) domain profile. / Glycoside hydrolase, family 5, conserved site / Glycosyl hydrolases family 5 signature. / Glycoside hydrolase, family 5 / Cellulase (glycosyl hydrolase family 5) / Glycoside hydrolase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Piromyces finnis (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.46 Å
データ登録者Dementieve, A. / Kim, Y. / Jedrzejczak, R. / Michalska, K. / Joachimiak, A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
引用ジャーナル: Appl.Microbiol.Biotechnol. / 年: 2023
タイトル: Structure and enzymatic characterization of CelD endoglucanase from the anaerobic fungus Piromyces finnis.
著者: Dementiev, A. / Lillington, S.P. / Jin, S. / Kim, Y. / Jedrzejczak, R. / Michalska, K. / Joachimiak, A. / O'Malley, M.A.
履歴
登録2023年3月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年5月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年8月30日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年9月20日Group: Database references / Refinement description
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_initial_refinement_model
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _pdbx_initial_refinement_model.source_name / _pdbx_initial_refinement_model.type

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cellulase CelD
B: Cellulase CelD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,14812
ポリマ－83,5272
非ポリマー62110
水1,69394
1
A: Cellulase CelD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,1988
ポリマ－41,7641
非ポリマー4347
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Cellulase CelD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,9504
ポリマ－41,7641
非ポリマー1863
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.726, 81.850, 133.259
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Cellulase CelD


分子量: 41763.504 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Piromyces finnis (菌類) / 遺伝子: BCR36DRAFT_398243 / プラスミド: pMCSG68 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Gold / 参照: UniProt: A0A1Y1V643
#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 94 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.96 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.7
詳細: 0.1 M Tris-HCl buffer, pH 8.7, 0.5 M LiCl2 and 28% PEG 6,000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→50 Å / Num. obs: 28052 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 10.6 % / Biso Wilson estimate: 35.24 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.044 / Net I/σ(I): 14.5
反射 シェル解像度: 2.45→2.49 Å / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 1.74 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 1348 / % possible all: 98.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000位相決定
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.46→48.17 Å / SU ML: 0.232 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.8244
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2295 1388 4.96 %
Rwork0.1881 26587 -
obs0.1902 27975 98.54 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 44.31 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.46→48.17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5754 0 40 94 5888
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00185965
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.41288071
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0419821
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00361068
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.62412154
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.46-2.550.28231290.23482428X-RAY DIFFRACTION91.45
2.55-2.650.28941190.24362653X-RAY DIFFRACTION99.46
2.65-2.770.27971380.22682652X-RAY DIFFRACTION99.57
2.77-2.920.23861350.21072658X-RAY DIFFRACTION99.4
2.92-3.10.25471480.20832609X-RAY DIFFRACTION99.1
3.1-3.340.23711330.20312683X-RAY DIFFRACTION99.51
3.34-3.670.22521450.18062691X-RAY DIFFRACTION99.86
3.68-4.210.20431400.1642647X-RAY DIFFRACTION98.52
4.21-5.30.18811490.15772734X-RAY DIFFRACTION99.86
5.3-48.170.2381520.18192832X-RAY DIFFRACTION98.64
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.159761426440.172160319640.3393262898621.564074117450.1748155733112.38598168060.0838694335121-0.470747707243-0.1541363006860.2239464152270.03077705692910.07642128814250.267898960365-0.0112728582534-0.1128475449750.199515850002-0.00561299616645-0.004292348213350.2963574671630.02590857935640.194392797525-5.30741061881-25.955178635624.1581577023
23.85259523311.671222863281.056674968023.589503079810.2206774060373.873018442980.0755074432245-0.301245917290.3785913099310.234773474131-0.0395589674839-0.059040020177-0.4525890217270.234332573127-0.03124440845290.2412209711090.02537638357340.01549847434710.318240848491-0.024776727610.2366924831668.15699320087-17.448604356422.8356195528
32.792821534860.318363607710.1489305189552.33293744489-0.09418571802942.169103783810.06226342913960.1750927016170.3641557163570.01811803569350.02693116534790.141484797203-0.189055646167-0.170515965731-0.08559324157250.1871756487040.0367157299740.02564793208160.2586530735980.05135069765050.20054265174-9.40057681077-13.32964503117.60560219796
41.867669560770.277654897123-0.02786792669081.54912778684-0.1096486512462.892168812970.07656493369020.257983347088-0.0319468976474-0.377856728983-0.013614953221-0.1551790474750.1961527971660.443965131112-0.07080537652470.3378251076910.08370973558150.05202468553890.2942039020610.04585842132020.299551291654-25.3270379524-51.884249130710.6747738104
53.521540793921.80992463704-0.4504323954644.169721444010.3688014262684.16842056159-0.1072201825410.345691266674-0.425283969386-0.5052994818570.08524559540320.5088289208260.606416782235-0.4538102926630.005601996714680.5215823631790.0763850757818-0.04958258211390.356008070027-0.0041589304280.464905592175-33.0427430151-66.200145976712.4659743664
63.889781488050.487044835758-0.3045986350091.73546273382-0.7734575095042.803745424140.238643323368-0.2539375418610.3693720564430.0645806053510.03618908254370.362377694239-0.193233092656-0.260880830441-0.223437233940.3121063377480.05906316436040.1034261446340.2270163376520.04260868345120.32257231411-39.5767392961-48.383498488325.8814144461
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid -1 through 99 )AA-1 - 991 - 101
22chain 'A' and (resid 100 through 223 )AA100 - 223102 - 225
33chain 'A' and (resid 224 through 360 )AA224 - 360226 - 362
44chain 'B' and (resid -2 through 101 )BI-2 - 1011 - 104
55chain 'B' and (resid 102 through 223 )BI102 - 223105 - 221
66chain 'B' and (resid 224 through 357 )BI224 - 357222 - 355

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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