PDB-8ghy: Crystal Structure of the E154D mutant CelD Cellulase from the Ana...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8ghy

タイトル

Crystal Structure of the E154D mutant CelD Cellulase from the Anaerobic Fungus Piromyces finnis in the complex with cellotriose.

要素

Cellulase CelD

キーワード

HYDROLASE / Celluase / CAZymes / glycoside hydrolase (GH) family 5 / dockerin domain

機能・相同性

機能・相同性情報

glucan catabolic process / beta-glucosidase activity / cell surface / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Piromyces finnis (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Dementieve, A. / Kim, Y. / Jedrzejczak, R. / Michalska, K. / Joachimiak, A.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Appl.Microbiol.Biotechnol. / 年: 2023
タイトル: Structure and enzymatic characterization of CelD endoglucanase from the anaerobic fungus Piromyces finnis.
著者: Dementiev, A. / Lillington, S.P. / Jin, S. / Kim, Y. / Jedrzejczak, R. / Michalska, K. / Joachimiak, A. / O'Malley, M.A.

履歴

登録	2023年3月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年5月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年9月20日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8ghy.cif.gz	373.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8ghy.ent.gz	252.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8ghy.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gh/8ghy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gh/8ghy	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8ghxC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Cellulase CelD

B: Cellulase CelD

ヘテロ分子

84.4 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Cellulase CelD

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
42.2 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Cellulase CelD

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
42.2 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	69.495, 81.007, 131.922
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質

Cellulase CelD

分子量: 41705.469 Da / 分子数: 2 / 変異: E154D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Piromyces finnis (菌類) / 遺伝子: BCR36DRAFT_398243 / プラスミド: pMCSG68 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Gold / 参照: UniProt: A0A1Y1V643

#2: 多糖

beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 代謝 / 分子量: 504.438 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: beta-cellotriose

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpb1-4DGlcpb1-4DGlcpb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,3,2/[a2122h-1b_1-5]/1-1-1/a4-b1_b4-c1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 489 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.74 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M sodium acetate, 1.2 M LiCl2 and 24% PEG 6,000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.9792 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2019年4月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 69108 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 6.1 % / B_iso Wilson estimate: 25.89 Å² / R_merge(I) obs: 0.01 / Net I/σ(I): 21.2
反射シェル	解像度: 1.8→1.83 Å / 冗長度: 5.9 % / R_merge(I) obs: 1.58 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 3429 / CC_1/2: 0.579 / % possible all: 99.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.8→33.78 Å / SU ML: 0.2021 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.0144
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2046	3395	4.92 %
R_work	0.1764	65645	-
obs	0.1778	69040	98.8 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 34.15 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→33.78 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5816	0	68	489	6373

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0041	6060
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.6578	8231
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0506	863
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0058	1074
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.8949	2223

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8-1.82	0.3526	134	0.3117	2651	X-RAY DIFFRACTION	97.14
1.82-1.85	0.3107	157	0.2822	2692	X-RAY DIFFRACTION	99.23
1.85-1.88	0.2926	138	0.2661	2745	X-RAY DIFFRACTION	99.55
1.88-1.91	0.2767	145	0.2528	2722	X-RAY DIFFRACTION	99.65
1.91-1.94	0.2762	139	0.2229	2711	X-RAY DIFFRACTION	99.41
1.94-1.98	0.269	137	0.2264	2742	X-RAY DIFFRACTION	99.86
1.98-2.02	0.245	128	0.2076	2737	X-RAY DIFFRACTION	99.76
2.02-2.06	0.2413	118	0.2035	2761	X-RAY DIFFRACTION	99.76
2.06-2.1	0.2341	153	0.2107	2711	X-RAY DIFFRACTION	99.76
2.1-2.15	0.2233	150	0.1834	2720	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.15-2.21	0.2048	153	0.1759	2729	X-RAY DIFFRACTION	99.72
2.21-2.27	0.2274	159	0.1788	2732	X-RAY DIFFRACTION	99.55
2.27-2.33	0.2145	127	0.1846	2748	X-RAY DIFFRACTION	99.58
2.33-2.41	0.2385	126	0.1788	2750	X-RAY DIFFRACTION	99.48
2.41-2.49	0.1881	157	0.1724	2735	X-RAY DIFFRACTION	99.31
2.49-2.59	0.1847	132	0.1725	2757	X-RAY DIFFRACTION	99.35
2.59-2.71	0.2462	152	0.1857	2726	X-RAY DIFFRACTION	99.17
2.71-2.85	0.2019	142	0.17	2730	X-RAY DIFFRACTION	98.97
2.85-3.03	0.2054	157	0.1753	2736	X-RAY DIFFRACTION	98.3
3.03-3.27	0.2019	122	0.1779	2761	X-RAY DIFFRACTION	98.63
3.27-3.6	0.1991	141	0.1631	2754	X-RAY DIFFRACTION	98.1
3.6-4.12	0.1806	142	0.1432	2738	X-RAY DIFFRACTION	97.1
4.12-5.18	0.1497	151	0.1422	2746	X-RAY DIFFRACTION	96.7
5.18-33.78	0.1839	135	0.1749	2811	X-RAY DIFFRACTION	93.94

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.6897436575	0.255910292372	-0.290866958036	0.226971251424	0.0848161438646	0.582116997586	0.115523973281	-0.204315780784	0.155920371831	0.0373615557104	-0.012823725179	-0.0140612449745	-0.110072302117	0.108586945795	0.000279224742123	0.166338828787	-0.0179737611459	0.00562655244808	0.180138565939	-0.0180615671698	0.153362853898	6.3317139417	24.757435377	21.989269566
2	0.481921217017	-0.268772284884	-0.0185787032605	0.215766839581	0.123798287379	0.141346062785	0.2183508581	-0.4257094195	0.443304008769	0.0367105444793	0.00174011871295	0.113075861657	-0.123468248815	-0.147890839535	0.0724475185431	0.219380555048	-0.0715860586984	0.0398392719601	0.323354347327	-0.0906385170387	0.224820137563	2.26521996066	29.2962084829	31.0167728684
3	1.84734540465	0.283957782082	0.251294102902	0.107133957967	0.330755228628	0.929960476262	0.212914399321	-0.360494370681	-0.214573761035	0.0910074841252	-0.112518879474	0.0235858888825	0.164900666689	-0.134025380929	0.00278292626319	0.224218569937	-0.0403899291897	0.00115614635775	0.228305225907	0.0313738485029	0.224204258043	-4.68374545232	17.9572352892	25.7839904828
4	1.14199604179	0.529862938522	0.0987228621928	0.33929399736	-0.219236127991	0.942924357301	0.114583483772	0.00951654808616	-0.137665188157	-0.0680789224744	-0.0483515030225	0.164745221854	0.190417850006	-0.273992417782	1.88583078295E-5	0.196691822689	-0.01322351314	-0.00109938007435	0.247835820554	0.0243793584673	0.249900075566	-12.3394508891	16.4044391311	18.8407727488
5	0.996204218727	0.104196961241	-0.0934764155279	0.89720034071	0.16030912657	1.24165908931	0.0706409325116	0.12140852713	-0.195554369952	-0.0218469461202	0.0522307300909	-0.0475630295849	0.113314888986	0.104889935634	0.00218618317525	0.160028497569	0.0227089326696	-0.0506021615253	0.178064688573	-0.0465906556156	0.176532243315	7.63411700442	11.4757687436	8.58813273921
6	0.136079627258	0.0660824821655	-0.118499805652	0.0760469995095	0.0213619928397	0.165196957256	0.0782619810812	0.315074270882	0.175812287016	-0.151266215834	0.0287056676015	-0.157730893536	0.0551009537424	0.223447298719	-8.83385132073E-6	0.203058504078	-0.0239359305993	0.0197385958209	0.334306644452	-0.0228078982242	0.197368162014	17.1686511866	23.2289010422	2.471940969
7	0.928736390528	-0.0863897818588	-0.0254833796269	1.26798840543	0.474629805994	1.08220414228	0.0391321159414	0.128751281955	0.0878125813668	-0.291562908334	0.022201884972	-0.0343912787458	-0.233911670537	-0.250193062489	0.00138846081301	0.328822661498	0.0701219754145	-0.0221021083847	0.224627766886	-0.0360365272514	0.217877744828	26.7040567706	54.7662135752	8.98634926595
8	0.483594987239	0.417082841627	0.0403528101958	0.993567637883	0.229691642792	1.42725605507	-0.0685103227221	-0.141435775364	0.202313005944	-0.34376418053	0.143033477716	-0.350617425352	-0.427986951855	0.204748841789	0.00639875262556	0.451102095612	0.0501297902635	0.0636835369537	0.237739327648	-0.0621571080165	0.431575416157	34.0996472589	66.6818762344	15.0638816503
9	2.01089452508	0.227253762493	0.239580723551	1.21057007131	0.430178376384	1.13865578368	0.090475246999	-0.19211253818	-0.138580940989	0.0198933470247	0.0498335983866	-0.239088544828	0.0579303411885	0.101592541964	0.0505917165963	0.226709426902	0.0514462366994	-0.0666534491625	0.166744978322	-0.0770555620472	0.25389799101	38.7594779481	47.5326237085	25.6394292361

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid -2 through 77 )	A	A	-2 - 77	1 - 80
2	2	chain 'A' and (resid 78 through 99 )	A	A	78 - 99	81 - 102
3	3	chain 'A' and (resid 100 through 168 )	A	A	100 - 168	103 - 171
4	4	chain 'A' and (resid 169 through 223 )	A	A	169 - 223	172 - 226
5	5	chain 'A' and (resid 224 through 335 )	A	A	224 - 335	227 - 338
6	6	chain 'A' and (resid 336 through 359 )	A	A	336 - 359	339 - 362
7	7	chain 'B' and (resid -2 through 139 )	B	C	-2 - 139	1 - 142
8	8	chain 'B' and (resid 140 through 223 )	B	C	140 - 223	143 - 226
9	9	chain 'B' and (resid 224 through 359 )	B	C	224 - 359	227 - 362

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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