PDB-8ght: Cryo-electron microscopy structure of the zinc transporter from B...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8ght

タイトル

Cryo-electron microscopy structure of the zinc transporter from Bordetella bronchiseptica

要素

Putative membrane protein

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / zinc transporter / dimer / complex / metal binding / inward-open inhibited conformation

機能・相同性

Zinc/iron permease / ZIP Zinc transporter / zinc ion transmembrane transporter activity / plasma membrane / : / PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / Zinc transporter ZIPB

機能・相同性情報

生物種

Bordetella bronchiseptica (気管支敗血症菌)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.05 Å

データ登録者

Liu, Q. / Chai, J. / Pang, C.X. / Shanklin, J.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Structural mechanism of intracellular autoregulation of zinc uptake in ZIP transporters.
著者: Changxu Pang / Jin Chai / Ping Zhu / John Shanklin / Qun Liu /

要旨: Zinc is an essential micronutrient that supports all living organisms through regulating numerous biological processes. However, the mechanism of uptake regulation by intracellular Zn status remains ...

履歴

登録	2023年3月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年6月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年6月19日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8ght.cif.gz	126.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8ght.ent.gz	81.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8ght.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8ght_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8ght_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	8ght_validation.xml.gz	28.5 KB	表示
CIF形式データ	8ght_validation.cif.gz	39 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gh/8ght ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gh/8ght	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	40050MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Putative membrane protein

B: Putative membrane protein

ヘテロ分子

64.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法

#1: タンパク質	Putative membrane protein 分子量: 31291.566 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bordetella bronchiseptica (気管支敗血症菌) 遺伝子: BB2405 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0H3LM39
#2: 化合物	ChemComp-CD / CADMIUM ION 分子量: 112.411 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-PTY / PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE 分子量: 734.039 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄₀H₈₀NO₈P / コメント: リン脂質*YM
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

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実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素	名称: Zinc transporter dimer from Bordetella bronchiseptica タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量	実験値: NO
由来(天然)	生物種: Bordetella bronchiseptica (気管支敗血症菌)
由来(組換発現)	生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液	pH: 7.5
試料	濃度: 4 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結	凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 2400 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 700 nm
撮影	電子線照射量: 64 e/Å² フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類	NB
phenix.real_space_refine	1.18.2_3874	精密化
PHENIX	1.18.2_3874	精密化

CTF補正

タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION

対称性

点対称性: C₂ (2回回転対称)

3次元再構成

解像度: 3.05 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 37954 / 対称性のタイプ: POINT

精密化

交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

原子変位パラメータ

B_iso mean: 90.93 Å²

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
ELECTRON MICROSCOPY	f_bond_d	0.0035	4436
ELECTRON MICROSCOPY	f_angle_d	0.6413	6034
ELECTRON MICROSCOPY	f_chiral_restr	0.038	738
ELECTRON MICROSCOPY	f_plane_restr	0.0056	764
ELECTRON MICROSCOPY	f_dihedral_angle_d	13.2795	712

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