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万見
- PDB-8ghp: GUCY2C-ECD bound to anti-GUCY2C-scFv antibody -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ghp
タイトルGUCY2C-ECD bound to anti-GUCY2C-scFv antibody
要素
  • Guanylyl cyclase C
  • anti-GUCY2C-scFv antibody heavy chain
  • anti-GUCY2C-scFv antibody light chain
キーワードPROTEIN BINDING / bi-specific antibody GUCY2C antigen
機能・相同性
機能・相同性情報


Intestinal infectious diseases / Digestion / receptor guanylyl cyclase signaling pathway / peptide receptor activity / guanylate cyclase / cGMP biosynthetic process / guanylate cyclase activity / toxic substance binding / response to toxic substance / regulation of cell population proliferation ...Intestinal infectious diseases / Digestion / receptor guanylyl cyclase signaling pathway / peptide receptor activity / guanylate cyclase / cGMP biosynthetic process / guanylate cyclase activity / toxic substance binding / response to toxic substance / regulation of cell population proliferation / protein kinase activity / intracellular signal transduction / endoplasmic reticulum membrane / GTP binding / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Membrane Guanylate Cyclase receptor GC-C, pseudokinase domain / : / Adenylyl cyclase class-4/guanylyl cyclase, conserved site / Guanylate cyclase signature. / Adenylyl- / guanylyl cyclase, catalytic domain / Adenylate and Guanylate cyclase catalytic domain / Adenylyl cyclase class-3/4/guanylyl cyclase / Guanylate cyclase domain profile. / Nucleotide cyclase / Periplasmic binding protein-like I ...Membrane Guanylate Cyclase receptor GC-C, pseudokinase domain / : / Adenylyl cyclase class-4/guanylyl cyclase, conserved site / Guanylate cyclase signature. / Adenylyl- / guanylyl cyclase, catalytic domain / Adenylate and Guanylate cyclase catalytic domain / Adenylyl cyclase class-3/4/guanylyl cyclase / Guanylate cyclase domain profile. / Nucleotide cyclase / Periplasmic binding protein-like I / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Immunoglobulins / Protein kinase-like domain superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Guanylyl cyclase C
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.52 Å
データ登録者Mosyak, L.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2023
タイトル: Molecular insights into recognition of GUCY2C by T-cell engaging bispecific antibody anti-GUCY2CxCD3.
著者: Rampuria, P. / Mosyak, L. / Root, A.R. / Svenson, K. / Agostino, M.J. / LaVallie, E.R.
履歴
登録2023年3月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年8月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Guanylyl cyclase C
H: anti-GUCY2C-scFv antibody heavy chain
L: anti-GUCY2C-scFv antibody light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,6594
ポリマ－74,0313
非ポリマー6281
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)199.629, 199.629, 123.267
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

#1: タンパク質 Guanylyl cyclase C / GC-C / Heat-stable enterotoxin receptor / STA receptor / hSTAR / Intestinal guanylate cyclase


分子量: 47410.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GUCY2C, GUC2C, STAR
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: P25092, guanylate cyclase
#2: 抗体 anti-GUCY2C-scFv antibody heavy chain


分子量: 13637.258 Da / 分子数: 1 / Fragment: VH domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#3: 抗体 anti-GUCY2C-scFv antibody light chain


分子量: 12983.392 Da / 分子数: 1 / Fragment: VL domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#4: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 627.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1-1/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 6.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 80.74 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 2M ammonium H2-PO4, 100mM Tris hydrochloride at pH 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 300K / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年9月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.52→60 Å / Num. obs: 17636 / % possible obs: 91.8 % / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 8.3
反射 シェル解像度: 3.52→3.77 Å / Rmerge(I) obs: 0.9 / Num. unique obs: 881

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解析

ソフトウェア
名称分類
BUSTER精密化
autoPROCデータ削減
STARANISOデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.52→34.21 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.785 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.782 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.549
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.282 763 4.33 %RANDOM
Rwork0.274 ---
obs0.275 17612 77.8 %-
原子変位パラメータBiso mean: 105.43 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.0668 Å20 Å20 Å2
2--2.0668 Å20 Å2
3----4.1337 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.88 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3.52→34.21 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5060 0 42 0 5102
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0085228HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.17097HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1789SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes876HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it5228HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.53
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.54
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion684SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact5695SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 3.52→3.74 Å / Total num. of bins used: 9
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2269 -5.34 %
Rwork0.2211 620 -
all0.2214 655 -
obs--17.84 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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