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万見
- PDB-8gh6: Bombyx mori R2 retrotransposon initiating target-primed reverse t... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8gh6
タイトルBombyx mori R2 retrotransposon initiating target-primed reverse transcription
要素
  • (28S DNA bottom strand, ...) x 2
  • 28S DNA top strand
  • R2Bm 3'UTR RNA
  • Reverse transcriptase-like protein
キーワードRNA BINDING PROTEIN/RNA/DNA / retrotransposon / LINE / reverse transcriptase / endonuclease / RNA BINDING PROTEIN / RNA BINDING PROTEIN-RNA-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA-directed DNA polymerase activity
類似検索 - 分子機能
Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Zinc finger C2H2-type / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / DNA/RNA polymerase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / DNA / DNA (> 10) / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / Reverse transcriptase-like protein
類似検索 - 構成要素
生物種Bombyx mori (カイコ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.08 Å
データ登録者Wilkinson, M.E. / Zhang, F.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)R01HG009761 米国
引用ジャーナル: Science / 年: 2023
タイトル: Structure of the R2 non-LTR retrotransposon initiating target-primed reverse transcription.
著者: Max E Wilkinson / Chris J Frangieh / Rhiannon K Macrae / Feng Zhang /
要旨: Non-long terminal repeat (non-LTR) retrotransposons, or long interspersed nuclear elements (LINEs), are an abundant class of eukaryotic transposons that insert into genomes by target-primed reverse ...Non-long terminal repeat (non-LTR) retrotransposons, or long interspersed nuclear elements (LINEs), are an abundant class of eukaryotic transposons that insert into genomes by target-primed reverse transcription (TPRT). During TPRT, a target DNA sequence is nicked and primes reverse transcription of the retrotransposon RNA. Here, we report the cryo-electron microscopy structure of the R2 non-LTR retrotransposon initiating TPRT at its ribosomal DNA target. The target DNA sequence is unwound at the insertion site and recognized by an upstream motif. An extension of the reverse transcriptase (RT) domain recognizes the retrotransposon RNA and guides the 3' end into the RT active site to template reverse transcription. We used Cas9 to retarget R2 in vitro to non-native sequences, suggesting future use as a reprogrammable RNA-based gene-insertion tool.
履歴
登録2023年3月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年4月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年4月12日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.year
改定 1.22023年4月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.32023年5月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.42023年8月16日Group: Data collection / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_database_status
Item: _pdbx_database_status.pdb_format_compatible

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Reverse transcriptase-like protein
B: 28S DNA bottom strand, 3' side
P: 28S DNA bottom strand, 5' side (priming strand)
R: R2Bm 3'UTR RNA
T: 28S DNA top strand
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)255,8129
ポリマ－255,1755
非ポリマー6374
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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28S DNA bottom strand, ... , 2種, 2分子 BP

#2: DNA鎖 28S DNA bottom strand, 3' side


分子量: 21507.758 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Bombyx mori (カイコ)
#3: DNA鎖 28S DNA bottom strand, 5' side (priming strand)


分子量: 7439.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Bombyx mori (カイコ)

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タンパク質 / RNA鎖 / DNA鎖 , 3種, 3分子 ART

#1: タンパク質 Reverse transcriptase-like protein


分子量: 123358.352 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bombyx mori (カイコ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: V9H052
#4: RNA鎖 R2Bm 3'UTR RNA


分子量: 81213.930 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Bombyx mori (カイコ)
#5: DNA鎖 28S DNA top strand


分子量: 21654.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Bombyx mori (カイコ)

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非ポリマー , 3種, 4分子

#6: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 化合物 ChemComp-TTP / THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / dTTP


分子量: 482.168 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N2O14P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Bombyx mori R2 retrotransposon initiating target-primed reverse transcription
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#5 / 由来: MULTIPLE SOURCES
分子量値: 0.23 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Bombyx mori (カイコ)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.9
詳細: 20 mM HEPES-KOH pH 7.9, 500 mM potassium acetate, 5 mM magnesium acetate, 1 mM TCEP
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: A260 = 3
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 285 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 130000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1500 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 0.69 sec. / 電子線照射量: 42.2 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 16551
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
phenix.real_space_refine1.20.1_4487精密化
PHENIX1.20.1_4487精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1Topaz粒子像選択
2EPU画像取得
4CTFFIND4.1CTF補正
7ISOLDEモデルフィッティング
8Cootモデルフィッティング
11RELION4最終オイラー角割当
12RELION4分類
13RELION4３次元再構成
14PHENIXモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 1085471
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.08 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 39616 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: AB INITIO MODEL
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 103.35 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.005711366
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.081816139
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.05751814
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.01021449
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d24.63592851

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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