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万見
- PDB-8gh4: Complex of Adam 10 disentegrin cysteine rich domains with human m... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8gh4
タイトルComplex of Adam 10 disentegrin cysteine rich domains with human monoclonal antibody
要素
  • Antibody heavy chain
  • Antibody light chain
  • Disintegrin and metalloproteinase domain-containing protein 10
キーワードIMMUNE SYSTEM / colorectal cancer / adam 10 / human monoclonal antibody
機能・相同性
機能・相同性情報


Degradation of the extracellular matrix / ADAM10 endopeptidase / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / Post-translational protein phosphorylation / metalloendopeptidase activity involved in amyloid precursor protein catabolic process / negative regulation of cell adhesion / clathrin-coated vesicle / Neutrophil degranulation / Golgi-associated vesicle / amyloid precursor protein catabolic process ...Degradation of the extracellular matrix / ADAM10 endopeptidase / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / Post-translational protein phosphorylation / metalloendopeptidase activity involved in amyloid precursor protein catabolic process / negative regulation of cell adhesion / clathrin-coated vesicle / Neutrophil degranulation / Golgi-associated vesicle / amyloid precursor protein catabolic process / membrane protein ectodomain proteolysis / Notch signaling pathway / synaptic membrane / adherens junction / protein processing / metalloendopeptidase activity / SH3 domain binding / metallopeptidase activity / endopeptidase activity / in utero embryonic development / protein phosphorylation / Golgi membrane / axon / dendrite / protein kinase binding / cell surface / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / nucleus / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / ADAM10, cysteine-rich domain / ADAM10/ADAM17 catalytic domain / : / Metallo-peptidase family M12B Reprolysin-like / Disintegrin / Disintegrin domain profile. / Homologues of snake disintegrins / Disintegrin domain / Disintegrin domain superfamily ...: / ADAM10, cysteine-rich domain / ADAM10/ADAM17 catalytic domain / : / Metallo-peptidase family M12B Reprolysin-like / Disintegrin / Disintegrin domain profile. / Homologues of snake disintegrins / Disintegrin domain / Disintegrin domain superfamily / Peptidase M12B, ADAM/reprolysin / ADAM type metalloprotease domain profile. / Metallopeptidase, catalytic domain superfamily / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
Disintegrin and metalloproteinase domain-containing protein 10
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Nikolov, D.B. / Saha, N. / Xu, K. / Goldgur, Y.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute on Aging (NIH/NIA)R21AG08068501 米国
引用ジャーナル: Biomed Pharmacother / 年: 2023
タイトル: Fully human monoclonal antibody targeting activated ADAM10 on colorectal cancer cells.
著者: Saha, N. / Baek, D.S. / Mendoza, R.P. / Robev, D. / Xu, Y. / Goldgur, Y. / De La Cruz, M.J. / de Stanchina, E. / Janes, P.W. / Xu, K. / Dimitrov, D.S. / Nikolov, D.B.
履歴
登録2023年3月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年8月30日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: Antibody heavy chain
L: Antibody light chain
E: Disintegrin and metalloproteinase domain-containing protein 10
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,9064
ポリマ－68,4823
非ポリマー4241
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)78.578, 85.690, 129.934
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21221

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要素

#1: 抗体 Antibody heavy chain


分子量: 24089.965 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 Antibody light chain


分子量: 23218.910 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質 Disintegrin and metalloproteinase domain-containing protein 10 / ADAM 10 / Kuzbanian protein homolog / Mammalian disintegrin-metalloprotease / Myelin-associated ...ADAM 10 / Kuzbanian protein homolog / Mammalian disintegrin-metalloprotease / Myelin-associated metalloproteinase


分子量: 21172.953 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: ADAM10, MADM / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q10741, ADAM10 endopeptidase
#4: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.7 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.1 M bycine, 20% PEG 10K / Temp details: ambient

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 S 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.8→50 Å / Num. obs: 7903 / % possible obs: 86.9 % / 冗長度: 2.7 % / CC1/2: 0.988 / Rpim(I) all: 0.121 / Net I/σ(I): 7.67
反射 シェル解像度: 3.8→3.87 Å / 冗長度: 2.4 % / Num. unique obs: 305 / CC1/2: 0.724 / Rpim(I) all: 0.451 / % possible all: 67.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.8→40.69 Å / SU ML: 0.48 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 35.31 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3115 382 4.85 %
Rwork0.2878 --
obs0.2889 7875 86.74 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.8→40.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4752 0 28 0 4780
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0034880
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6516605
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.1841788
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.042732
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007855
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.8-4.350.34791180.34812168X-RAY DIFFRACTION77
4.35-5.480.33121190.32538X-RAY DIFFRACTION89
5.48-40.690.28331450.25612787X-RAY DIFFRACTION93

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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