[日本語] English
万見
- PDB-8gf2: Crystal structure of SARS-CoV-2 receptor binding domain in comple... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8gf2
タイトルCrystal structure of SARS-CoV-2 receptor binding domain in complex with antibodies eCR3022.20 and CC12.3
要素
  • (eCR3022.20 Fab ...) x 2
  • CC12.3 Fab heavy chain
  • CC12.3 Fab light chain
  • Spike protein S1
キーワードIMMUNE SYSTEM/VIRAL PROTEIN / Antibody / SARS-CoV-2 / SARS-CoV / Coronavirus / Spike / IMMUNE SYSTEM / IMMUNE SYSTEM-VIRAL PROTEIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / membrane fusion / Attachment and Entry / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like ...Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2 / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
Spike glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.851 Å
データ登録者Yuan, M. / Zhu, X. / Wilson, I.A.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI132317 米国
Bill & Melinda Gates FoundationOPP1170236 米国
Bill & Melinda Gates FoundationINV-004923 米国
引用ジャーナル: Sci.Signal. / 年: 2023
タイトル: Broadening a SARS-CoV-1-neutralizing antibody for potent SARS-CoV-2 neutralization through directed evolution.
著者: Zhao, F. / Yuan, M. / Keating, C. / Shaabani, N. / Limbo, O. / Joyce, C. / Woehl, J. / Barman, S. / Burns, A. / Tran, Q. / Zhu, X. / Ricciardi, M. / Peng, L. / Smith, J. / Huang, D. / Briney, ...著者: Zhao, F. / Yuan, M. / Keating, C. / Shaabani, N. / Limbo, O. / Joyce, C. / Woehl, J. / Barman, S. / Burns, A. / Tran, Q. / Zhu, X. / Ricciardi, M. / Peng, L. / Smith, J. / Huang, D. / Briney, B. / Sok, D. / Nemazee, D. / Teijaro, J.R. / Wilson, I.A. / Burton, D.R. / Jardine, J.G.
履歴
登録2023年3月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年8月23日Provider: repository / タイプ: Initial release

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Spike protein S1
C: CC12.3 Fab heavy chain
D: CC12.3 Fab light chain
H: eCR3022.20 Fab heavy chain
L: eCR3022.20 Fab light chain
B: Spike protein S1
E: CC12.3 Fab heavy chain
F: CC12.3 Fab light chain
X: eCR3022.20 Fab heavy chain
Y: eCR3022.20 Fab light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)242,18012
ポリマ－241,53410
非ポリマー6462
水00
1
A: Spike protein S1
C: CC12.3 Fab heavy chain
D: CC12.3 Fab light chain
H: eCR3022.20 Fab heavy chain
L: eCR3022.20 Fab light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)120,9886
ポリマ－120,7675
非ポリマー2211
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10840 Å2
ΔGint-56 kcal/mol
Surface area45740 Å2
手法PISA
2
B: Spike protein S1
E: CC12.3 Fab heavy chain
F: CC12.3 Fab light chain
X: eCR3022.20 Fab heavy chain
Y: eCR3022.20 Fab light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)121,1916
ポリマ－120,7675
非ポリマー4241
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11450 Å2
ΔGint-55 kcal/mol
Surface area46310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)157.570, 161.220, 230.117
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21(chain B and (resid 334 through 445 or resid 449 through 528 or resid 529))
12chain C
22(chain E and (resid 1 through 128 or resid 134 through 214))
13(chain D and (resid 2 or resid 4 through 8...
23(chain F and (resid 2 or resid 4 through 8...
33(chain L and (resid 2 or resid 4 through 8...
43(chain Y and (resid 2 or resid 4 through 8...
14(chain H and (resid 1 through 129 or resid 135 through 215))
24(chain X and resid 1 through 215)

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111chain AA334 - 528
211(chain B and (resid 334 through 445 or resid 449 through 528 or resid 529))B334 - 445
221(chain B and (resid 334 through 445 or resid 449 through 528 or resid 529))B449 - 528
231(chain B and (resid 334 through 445 or resid 449 through 528 or resid 529))B529
112chain CC1 - 214
212(chain E and (resid 1 through 128 or resid 134 through 214))E1 - 128
222(chain E and (resid 1 through 128 or resid 134 through 214))E134 - 214
113(chain D and (resid 2 or resid 4 through 8...D2
123(chain D and (resid 2 or resid 4 through 8...D4 - 8
133(chain D and (resid 2 or resid 4 through 8...D11
143(chain D and (resid 2 or resid 4 through 8...D14
153(chain D and (resid 2 or resid 4 through 8...D16 - 20
163(chain D and (resid 2 or resid 4 through 8...D1 - 211
173(chain D and (resid 2 or resid 4 through 8...D26 - 42
183(chain D and (resid 2 or resid 4 through 8...D1 - 211
193(chain D and (resid 2 or resid 4 through 8...D5
1103(chain D and (resid 2 or resid 4 through 8...D78
1113(chain D and (resid 2 or resid 4 through 8...D81 - 82
1123(chain D and (resid 2 or resid 4 through 8...D84 - 9
1133(chain D and (resid 2 or resid 4 through 8...D1 - 211
1143(chain D and (resid 2 or resid 4 through 8...D97 - 103
1153(chain D and (resid 2 or resid 4 through 8...D105 - 211
213(chain F and (resid 2 or resid 4 through 8...F2
223(chain F and (resid 2 or resid 4 through 8...F4 - 8
233(chain F and (resid 2 or resid 4 through 8...F11
243(chain F and (resid 2 or resid 4 through 8...F14
253(chain F and (resid 2 or resid 4 through 8...F16 - 20
263(chain F and (resid 2 or resid 4 through 8...F1 - 213
273(chain F and (resid 2 or resid 4 through 8...F26 - 42
283(chain F and (resid 2 or resid 4 through 8...F1 - 213
293(chain F and (resid 2 or resid 4 through 8...F5
2103(chain F and (resid 2 or resid 4 through 8...F78
2113(chain F and (resid 2 or resid 4 through 8...F81 - 82
2123(chain F and (resid 2 or resid 4 through 8...F84 - 9
2133(chain F and (resid 2 or resid 4 through 8...F1 - 213
2143(chain F and (resid 2 or resid 4 through 8...F97 - 103
2153(chain F and (resid 2 or resid 4 through 8...F105 - 211
313(chain L and (resid 2 or resid 4 through 8...L2
323(chain L and (resid 2 or resid 4 through 8...L4 - 8
333(chain L and (resid 2 or resid 4 through 8...L11
343(chain L and (resid 2 or resid 4 through 8...L1
353(chain L and (resid 2 or resid 4 through 8...L26 - 27
363(chain L and (resid 2 or resid 4 through 8...L1 - 215
373(chain L and (resid 2 or resid 4 through 8...L27
383(chain L and (resid 2 or resid 4 through 8...L1 - 215
393(chain L and (resid 2 or resid 4 through 8...L44 - 42
3103(chain L and (resid 2 or resid 4 through 8...L51 - 52
3113(chain L and (resid 2 or resid 4 through 8...L57
3123(chain L and (resid 2 or resid 4 through 8...L76
3133(chain L and (resid 2 or resid 4 through 8...L81 - 82
3143(chain L and (resid 2 or resid 4 through 8...L1 - 215
3153(chain L and (resid 2 or resid 4 through 8...L84 - 91
3163(chain L and (resid 2 or resid 4 through 8...L95
3173(chain L and (resid 2 or resid 4 through 8...L97 - 10
3183(chain L and (resid 2 or resid 4 through 8...L105 - 211
413(chain Y and (resid 2 or resid 4 through 8...Y2
423(chain Y and (resid 2 or resid 4 through 8...Y4 - 8
433(chain Y and (resid 2 or resid 4 through 8...Y11
443(chain Y and (resid 2 or resid 4 through 8...Y1
453(chain Y and (resid 2 or resid 4 through 8...Y26 - 27
463(chain Y and (resid 2 or resid 4 through 8...Y1 - 214
473(chain Y and (resid 2 or resid 4 through 8...Y27
483(chain Y and (resid 2 or resid 4 through 8...Y1 - 214
493(chain Y and (resid 2 or resid 4 through 8...Y44 - 42
4103(chain Y and (resid 2 or resid 4 through 8...Y51 - 52
4113(chain Y and (resid 2 or resid 4 through 8...Y57
4123(chain Y and (resid 2 or resid 4 through 8...Y76
4133(chain Y and (resid 2 or resid 4 through 8...Y81 - 82
4143(chain Y and (resid 2 or resid 4 through 8...Y1 - 214
4153(chain Y and (resid 2 or resid 4 through 8...Y84 - 91
4163(chain Y and (resid 2 or resid 4 through 8...Y95
4173(chain Y and (resid 2 or resid 4 through 8...Y97 - 10
4183(chain Y and (resid 2 or resid 4 through 8...Y105 - 211
114(chain H and (resid 1 through 129 or resid 135 through 215))H1 - 129
124(chain H and (resid 1 through 129 or resid 135 through 215))H135 - 215
214(chain X and resid 1 through 215)X1 - 215

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Spike protein S1


分子量: 26095.348 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
遺伝子: S, 2 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P0DTC2

-
抗体 , 4種, 8分子 CEDFHXLY

#2: 抗体 CC12.3 Fab heavy chain


分子量: 23377.150 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: 抗体 CC12.3 Fab light chain


分子量: 23431.963 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
#4: 抗体 eCR3022.20 Fab heavy chain


分子量: 23480.477 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#5: 抗体 eCR3022.20 Fab light chain


分子量: 24382.021 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
糖 , 2種, 2分子

#6: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#7: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.34 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M sodium citrate - citric acid buffer pH 5.0, 15% (v/v) ethylene glycol, 1 M lithium chloride, and 10% (w/v) polyethylene glycol 6000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-1 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年6月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.85→50 Å / Num. obs: 67940 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.145 / Rpim(I) all: 0.062 / Rrim(I) all: 0.158 / Χ2: 0.791 / Net I/σ(I): 4.7 / Num. measured all: 434051
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.85-2.96.41.06134180.660.4521.1550.38499.9
2.9-2.956.70.88133650.7240.3670.9560.39699.9
2.95-3.016.80.77333650.8020.3180.8370.402100
3.01-3.076.90.64633720.8550.2640.6980.41699.9
3.07-3.1470.52434050.8930.2130.5660.426100
3.14-3.216.80.43633660.9240.1790.4720.44399.9
3.21-3.296.70.36334050.9380.150.3930.46499.8
3.29-3.386.60.29233660.9520.1230.3170.51899.9
3.38-3.485.30.26833470.9280.1280.2980.74498.8
3.48-3.595.80.18933960.9770.0840.2070.63599.5
3.59-3.724.90.18833040.9540.0930.2110.87997.3
3.72-3.876.70.15833820.9840.0650.1710.71899.2
3.87-4.045.90.1432450.9640.0630.1541.02194.9
4.04-4.266.80.11134020.9910.0460.120.96699.8
4.26-4.526.60.09734210.9920.0410.1051.16499.8
4.52-4.876.40.08734240.9930.0380.0951.299.9
4.87-5.365.70.0834320.9940.0360.0881.1699.4
5.36-6.146.80.08334180.9940.0340.091.08599.8
6.14-7.736.90.07635020.9950.0310.0831.17399.9
7.73-5060.05836050.9970.0250.0631.80399.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.16_3549精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6xc7

6xc7


解像度: 2.851→46.827 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.32 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2518 3440 5.07 %
Rwork0.209 64412 -
obs0.2111 67852 99.14 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 170.73 Å2 / Biso mean: 59.969 Å2 / Biso min: 26.06 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.851→46.827 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16244 0 42 0 16286
Biso mean--84.76 --
残基数----2118
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1170X-RAY DIFFRACTION6.794TORSIONAL
12B1170X-RAY DIFFRACTION6.794TORSIONAL
21C1278X-RAY DIFFRACTION6.794TORSIONAL
22E1278X-RAY DIFFRACTION6.794TORSIONAL
31D1988X-RAY DIFFRACTION6.794TORSIONAL
32F1988X-RAY DIFFRACTION6.794TORSIONAL
33L1988X-RAY DIFFRACTION6.794TORSIONAL
34Y1988X-RAY DIFFRACTION6.794TORSIONAL
41H1288X-RAY DIFFRACTION6.794TORSIONAL
42X1288X-RAY DIFFRACTION6.794TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.851-2.88970.36691340.3157250496
2.8897-2.93090.32271540.2962532100
2.9309-2.97470.30311360.28442586100
2.9747-3.02110.33531390.28152552100
3.0211-3.07070.41521200.2932578100
3.0707-3.12360.36861200.29432626100
3.1236-3.18040.33561560.27632511100
3.1804-3.24150.3291490.2722587100
3.2415-3.30770.3011440.25952561100
3.3077-3.37960.29291380.25132567100
3.3796-3.45820.3131210.2619255799
3.4582-3.54460.28111440.2462256699
3.5446-3.64040.29671270.2314258999
3.6404-3.74750.27721400.2296251997
3.7475-3.86840.27281320.2276255699
3.8684-4.00660.25781140.2154241993
4.0066-4.16690.28461280.19422628100
4.1669-4.35650.22491450.17522583100
4.3565-4.5860.20341460.1542565100
4.586-4.8730.19111370.14222627100
4.873-5.24880.20411490.1457257499
5.2488-5.77610.1761470.16412619100
5.7761-6.610.21771080.18032668100
6.61-8.32020.21341520.18852649100
8.3202-46.8270.2091600.1985268998
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 6.171 Å / Origin y: -50.4832 Å / Origin z: -28.0993 Å
111213212223313233
T0.3585 Å20.0286 Å20.0056 Å2-0.3499 Å20.0194 Å2--0.2736 Å2
L0.1429 °20.1109 °2-0.0559 °2-0.1815 °2-0.0819 °2--0.0814 °2
S-0.0036 Å °0.0158 Å °0.0165 Å °-0.0382 Å °0.0201 Å °-0.0162 Å °0.0333 Å °0.0097 Å °-0.0006 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA334 - 528
2X-RAY DIFFRACTION1allA529
3X-RAY DIFFRACTION1allC1 - 214
4X-RAY DIFFRACTION1allD1 - 211
5X-RAY DIFFRACTION1allH1 - 215
6X-RAY DIFFRACTION1allL1 - 215
7X-RAY DIFFRACTION1allB334 - 528
8X-RAY DIFFRACTION1allB529 - 530
9X-RAY DIFFRACTION1allE1 - 216
10X-RAY DIFFRACTION1allF1 - 213
11X-RAY DIFFRACTION1allX1 - 216
12X-RAY DIFFRACTION1allY1 - 214

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る