+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8ges | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | R. hominis 2 beta-glucuronidase bound to UNC10201652-glucuronide | ||||||
![]() | beta-galactosidase![]() | ||||||
![]() | ![]() ![]() ![]() | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Simpson, J.B. / Redinbo, M.R. | ||||||
資金援助 | ![]()
| ||||||
![]() | ![]() タイトル: Diverse Human Therapeutics Impact Hormone and Neurotransmitter Homeostasis by Inhibiting Gut Microbial Enzymes 著者: Simpson, J.B. / Redinbo, M.R. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 532.5 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 428.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8genC ![]() 8geqC C: 同じ文献を引用 ( |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||||||
2 | ![]()
| ||||||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | ![]() 分子量: 85878.945 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ![]() #3: 化合物 | ChemComp-GOL / ![]() #4: 化合物 | ChemComp-I9G / #5: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.96 % |
---|---|
結晶化![]() | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 0.17 M Ammonium Acetate, 0.085M Sodium Citrate:HCl, pH 5.6 and 25.5 % (w/v) PEG 4000, 15 % (v/v) glycerol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年12月12日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 2.7→49.96 Å / Num. obs: 113475 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 56.08 Å2 / CC1/2: 0.994 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.07723 / Rpim(I) all: 0.07723 / Rrim(I) all: 0.1092 / Net I/σ(I): 7.37 |
反射 シェル | 解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.7643 / Mean I/σ(I) obs: 1.13 / Num. unique obs: 11246 / CC1/2: 0.559 / CC star: 0.847 / Rpim(I) all: 0.7643 / Rrim(I) all: 1.081 / % possible all: 99.5 |
-
解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 64.83 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.7→49.96 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
|