PDB-8gdw: Crystal structure of Domain Related to Iron (DRI) from cyanobacteria

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8gdw

タイトル

Crystal structure of Domain Related to Iron (DRI) from cyanobacteria

要素

Ssr1698 protein

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / Heme binding protein / DUF2470 / heme homeostasis / succinate dehydrogenase / zinc and heme binding sites

機能・相同性

Domain of unknown function DUF2470 / Domain of unknown function (DUF2470) / Haem oxygenase HugZ-like superfamily / metal ion binding / Ssr1698 protein

機能・相同性情報

生物種

Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.35 Å

データ登録者

Kumaran, D. / Grosjean, N. / Blaby, E.C.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: A hemoprotein with a zinc-mirror heme site ties heme availability to carbon metabolism in cyanobacteria.
著者: Grosjean, N. / Yee, E.F. / Kumaran, D. / Chopra, K. / Abernathy, M. / Biswas, S. / Byrnes, J. / Kreitler, D.F. / Cheng, J.F. / Ghosh, A. / Almo, S.C. / Iwai, M. / Niyogi, K.K. / Pakrasi, H.B. ...

履歴

登録	2023年3月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年3月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年4月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8gdw.cif.gz	93.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8gdw.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8gdw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8gdw_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8gdw_full_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示
XML形式データ	8gdw_validation.xml.gz	15.6 KB	表示
CIF形式データ	8gdw_validation.cif.gz	21.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gd/8gdw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gd/8gdw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8fm6C 8gbkC 8gf4C 5bncS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

AAA: Ssr1698 protein

BBB: Ssr1698 protein

CCC: Ssr1698 protein

DDD: Ssr1698 protein

ヘテロ分子

45.5 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	51.716, 87.230, 57.241
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 94.981, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Ssr1698 protein / Domain Related to Iron / DRI 分子量: 11306.716 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア) 株: PCC 6803 / Kazusa / 遺伝子: ssr1698 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P73129
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 34 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.84 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.75 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 25% PEG3350, 100 mM Bis-Tris, pH 5.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-2 / 波長: 0.9793 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年9月15日
放射	モノクロメーター: Si(111) double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.35→29.5 Å / Num. obs: 20972 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 5.3 % / B_iso Wilson estimate: 56.6 Å² / CC_1/2: 0.99 / R_merge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 15
反射シェル	解像度: 2.35→2.41 Å / 冗長度: 5 % / R_merge(I) obs: 0.736 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 1362 / CC_1/2: 0.76 / % possible all: 87.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
autoPROC		データ削減
autoPROC		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 5BNC

5bnc

解像度: 2.35→29.5 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.962 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.945 / SU B: 8.899 / SU ML: 0.203 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.308 / ESU R Free: 0.235

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2474	1027	4.901 %
R_work	0.197	19927	-
all	0.199	-	-
obs	-	20954	98.989 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 61.989 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.376 Å²	0 Å²	2.54 Å²
2-	-	-3.183 Å²	-0 Å²
3-	-	-	3.069 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.35→29.5 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3096	0	4	34	3134

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.013	3140
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.016	2952
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.545	1.638	4240
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.341	1.584	6824
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.696	5	400
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.667	25.122	164
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	21.944	15	560
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.056	15	12
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.059	0.2	432
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	3624
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	656
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.21	0.2	686
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.203	0.2	2654
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.161	0.2	1524
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.089	0.2	1564
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.138	0.2	59
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.113	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.085	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.224	0.2	31
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.24	0.2	85
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.148	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined	0.011	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	5.425	6.375	1612
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	5.427	6.374	1611
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	8.181	9.556	2008
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	8.178	9.556	2009
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.644	6.855	1528
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.642	6.855	1529
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	8.698	10.028	2232
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	8.696	10.028	2233
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	12.529	75.701	3332
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	12.529	75.687	3331

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.35-2.41	0.323	75	0.299	1281	X-RAY DIFFRACTION	87.7
2.411-2.477	0.292	80	0.272	1474	X-RAY DIFFRACTION	100
2.477-2.549	0.319	72	0.251	1371	X-RAY DIFFRACTION	100
2.549-2.627		71		1352	X-RAY DIFFRACTION	99.8596
2.627-2.713	0.325	81	0.244	1333	X-RAY DIFFRACTION	100
2.713-2.808	0.338	80	0.234	1243	X-RAY DIFFRACTION	100
2.808-2.914	0.291	65	0.224	1245	X-RAY DIFFRACTION	100
2.914-3.033	0.282	64	0.225	1173	X-RAY DIFFRACTION	100
3.033-3.167	0.335	67	0.225	1147	X-RAY DIFFRACTION	100
3.167-3.321	0.261	47	0.222	1077	X-RAY DIFFRACTION	99.9111
3.321-3.5	0.275	55	0.216	1064	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5-3.712	0.28	46	0.205	978	X-RAY DIFFRACTION	99.7079
3.712-3.967	0.243	44	0.192	924	X-RAY DIFFRACTION	100
3.967-4.283	0.252	45	0.167	856	X-RAY DIFFRACTION	100
4.283-4.689	0.179	36	0.151	815	X-RAY DIFFRACTION	100
4.689-5.238	0.254	22	0.171	731	X-RAY DIFFRACTION	100
5.238-6.04	0.2	30	0.195	634	X-RAY DIFFRACTION	100
6.04-7.377	0.165	25		558	X-RAY DIFFRACTION	99.4881
7.377-10		14		430	X-RAY DIFFRACTION	99.3289

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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