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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8gd8 | ||||||
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タイトル | Porous framework formed by assembly of a bipyridyl-conjugated helical peptide | ||||||
要素 | NIO-LEU-AIB-ALA-CYS-LEU-AIB-GLN-AIB-LEU-BPH | ||||||
キーワード | DE NOVO PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | Chem-I77 / NICOTINIC ACID 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.04 Å | ||||||
データ登録者 | Hess, S.S. / Nguyen, A.I. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2023 タイトル: Noncovalent Peptide Assembly Enables Crystalline, Permutable, and Reactive Thiol Frameworks. 著者: Hess, S.S. / Coppola, F. / Dang, V.T. / Tran, P.N. / Mickel, P.J. / Oktawiec, J. / Ren, Z. / Kral, P. / Nguyen, A.I. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr. 年: 2012 タイトル: Towards automated crystallographic structure refinement with phenix.refine. 著者: Afonine, P.V. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8gd8.cif.gz | 45.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8gd8.ent.gz | 28.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8gd8.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8gd8_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8gd8_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8gd8_validation.xml.gz | 4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8gd8_validation.cif.gz | 4.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gd/8gd8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gd/8gd8 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8gb9C 8gbaC 8gbhC 8gbiC 8gbmC 8gboC 8gd6C 8givC 8gj7C 8gk1C 8gk2C 8gk9C 8gkbC 8gkxC 8gl0C 8gl4C 8gl5C 8sw2C 8sy4C C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1891.446 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) #2: 化合物 | ChemComp-NIO / #3: 化合物 | ChemComp-I77 / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶化 | 温度: 298 K / 手法: slow cooling / 詳細: Water/Acetonitrile |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.61992 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年4月29日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.61992 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.04→16.59 Å / Num. obs: 22123 / % possible obs: 88.81 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 5.04 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.04922 / Net I/σ(I): 12.47 |
反射 シェル | 解像度: 1.04→1.077 Å / Rmerge(I) obs: 0.06539 / Num. unique obs: 1210 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.04→16.59 Å / SU ML: 0.1049 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2.04 / 位相誤差: 28.7979 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 8.33 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.04→16.59 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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