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- PDB-8gc0: Crystal structure of PC39-50L, an anti-HIV broadly neutralizing a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8gc0
タイトルCrystal structure of PC39-50L, an anti-HIV broadly neutralizing antibody
要素
  • PC39-50L Fab heavy chain
  • PC39-50L Fab light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / Antibody / Broadly Neutralizing / HIV-1 / V3 Glycan
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.43 Å
データ登録者Murrell, S. / Omorodion, O. / Wilson, I.A.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)UM1 AI144462 米国
Bill & Melinda Gates FoundationOPP119635 米国
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2023
タイトル: Antigen pressure from two founder viruses induces multiple insertions at a single antibody position to generate broadly neutralizing HIV antibodies.
著者: Joyce, C. / Murrell, S. / Murrell, B. / Omorodion, O. / Ver, L.S. / Carrico, N. / Bastidas, R. / Nedellec, R. / Bick, M. / Woehl, J. / Zhao, F. / Burns, A. / Barman, S. / Appel, M. / Ramos, A. ...著者: Joyce, C. / Murrell, S. / Murrell, B. / Omorodion, O. / Ver, L.S. / Carrico, N. / Bastidas, R. / Nedellec, R. / Bick, M. / Woehl, J. / Zhao, F. / Burns, A. / Barman, S. / Appel, M. / Ramos, A. / Wickramasinghe, L. / Eren, K. / Vollbrecht, T. / Smith, D.M. / Kosakovsky Pond, S.L. / McBride, R. / Worth, C. / Batista, F. / Sok, D. / Poignard, P. / Briney, B. / Wilson, I.A. / Landais, E. / Burton, D.R.
履歴
登録2023年2月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年6月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年7月12日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年10月16日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: PC39-50L Fab heavy chain
L: PC39-50L Fab light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,3183
ポリマ－49,0972
非ポリマー2211
水1,47782
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4300 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area20140 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.810, 69.219, 81.643
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 94.276, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: 抗体 PC39-50L Fab heavy chain


分子量: 25602.635 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 PC39-50L Fab light chain


分子量: 23493.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 82 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.17 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 0.085 M sodium acetate pH 4.6, 0.17 M ammonium acetate, 15% glycerol, 25.5% PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年7月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.43→50 Å / Num. obs: 16654 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 5.1 % / Biso Wilson estimate: 34.23 Å2 / CC1/2: 0.88 / Rpim(I) all: 0.08 / Rsym value: 0.17 / Net I/σ(I): 11.2
反射 シェル解像度: 2.43→2.47 Å / 冗長度: 3.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 761 / CC1/2: 0.75 / Rpim(I) all: 0.32 / Rsym value: 0.61 / % possible all: 90.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.6.1位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.43→40.71 Å / SU ML: 0.3503 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.3469
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2519 808 4.9 %
Rwork0.2114 15667 -
obs0.2133 16475 98.02 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 38.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.43→40.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3440 0 14 82 3536
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00223541
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.53814828
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0435539
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0046621
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.1461269
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.43-2.580.35331350.30752411X-RAY DIFFRACTION91.71
2.58-2.780.32211300.28272606X-RAY DIFFRACTION98.45
2.78-3.060.30941650.25812627X-RAY DIFFRACTION99.22
3.06-3.50.24641120.21492648X-RAY DIFFRACTION99.32
3.5-4.410.21311380.1782665X-RAY DIFFRACTION99.61
4.41-40.710.20551280.17522710X-RAY DIFFRACTION99.72
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.706590687690.148020419913-0.7343817668663.85238167860.4315433949563.30151065104-0.196290919731-0.0512172225343-0.1725646983120.02430818431470.133836132520.00301305241163-0.17105743887-0.1192110187250.07889842609110.3435509418850.0210182108384-0.05300810577890.2324849821630.02324777703610.26296308708216.1524127863-24.11587959328.2717517171
22.01275925683-1.97153789831-1.108258511744.262599003311.734053632373.8321880143-0.0250597959072-0.114094499383-0.186648024468-0.0251422741463-0.0760824336779-0.0587111274336-0.394308664103-0.06070939648350.0766545191060.33477046001-0.00498032474051-0.05492092520860.2081108452580.04057600689940.34067944481718.244895813-26.188334161726.0809808009
31.79113035059-1.609333275111.55373503723.55240683363-0.1360079483233.0465999356-0.0841652115124-0.0213684325234-0.1353712049750.6017401163690.01953463295510.0903935305241-0.08538448213540.310765787430.06576899204510.175262467871-0.005297658623190.05701380362240.2178928550680.02053157282470.2784615776570.4062592621334.5344180079227.3459902831
42.40374064517-0.07674150697220.07490715925474.7378594705-1.047614192962.970349635060.0831626835137-0.0368160442645-0.2673804648710.202817973635-0.05630993978120.2496802728870.03982166793870.06065194255380.007159505297390.161141664038-0.0160961582684-0.01215782876980.1819369571620.02415156343640.225837732695-3.486810097374.8764252505922.3588238522
54.94056174207-1.895660775581.704337857135.67939006705-2.127188093554.2555900559-0.113740972946-0.49993967556-0.1926294714390.4320825895390.3623136224371.10288764109-0.298389818791-0.303171990082-0.2051527726870.2100060342940.02739727989870.08042777630740.2496970684240.007705213850170.403871564518-11.28481946278.0719677284126.353872492
63.8685620518-1.326732575912.983380162436.26998651472-2.411314662414.649390937950.1027156780610.320759152284-0.0862746393777-0.468576122127-0.442004068275-0.2493867727980.06588048792550.49638006190.3899744349080.359687973765-0.03007145331290.04542856966010.2459186948220.03026947259530.31003141304318.6038703056-9.021612878893.76489749213
75.07355172401-1.901941569393.852421418056.43157656999-2.577328006853.968337953980.348021391920.6221173938950.629934459176-0.129065334443-0.511796976966-1.30706226279-0.3671205451690.7680942435830.7635436716750.4277706499990.02688430287770.2168068921840.3654122434480.1080900144180.61520176104528.8266029295-14.52792007017.42747359058
81.57818163208-1.587694292180.7431621773565.11103220467-2.443562873591.954517430280.1778664815640.191544538977-0.290299004004-0.571612812942-0.2204939827440.00538106344110.1254342663810.1916803404470.05672900275220.345060833680.04318670193860.01986406721430.260941356747-0.01012700799130.2284558158616.886446707-16.74927495447.55339042714
90.4194195514070.5729903745991.250641779073.619901823171.784497095017.543672462760.0667874188971-0.00412522278420.04582812887640.2079442870420.0720927643509-0.1719194465450.32760978381-0.057977842879-0.1226622932020.193359904431-0.00317377371435-0.01431172973940.16566352962-0.006966600353390.2885999139915.5156318893712.901208486620.1307863332
102.3159027809-0.0661334047369-0.2059157490646.859674260141.752599048562.120284582280.0691001954595-0.3890295405020.2386309764580.505427443997-0.254775260475-0.1664367616730.0782097366397-0.1337233803630.1514737400170.2109143756050.00571193002183-0.01893552762740.3052414606410.009477116512870.3093440835914.375170831612.760622259223.6329950256
111.650695575681.268811814722.177753675784.130591448093.593266004616.368754650320.1214158526520.00368009219306-0.1706123821790.06295869983240.187509147229-0.2699230606540.17865183677-0.00237434050937-0.2614929541170.181509390974-0.00427358084974-0.01565381554790.179288299950.03267310516030.3053872914057.2549732368911.938829774119.5531273802
121.779279483471.772706555122.00776305975.516952033575.0337586199.92995852788-0.625981661723-0.433931594449-0.0694620723657-1.29314388750.1928215606460.12706307545-1.26447234077-0.5837345377920.08461726654280.459381669646-0.08981175972180.07759197035240.04744071647010.002022806689470.5085914240947.6711514728421.798503012415.3722557948
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'H' and (resid 1 through 63 )HA1 - 631 - 67
22chain 'H' and (resid 64 through 104 )HA64 - 10468 - 123
33chain 'H' and (resid 105 through 134 )HA105 - 134124 - 153
44chain 'H' and (resid 135 through 190 )HA135 - 190154 - 209
55chain 'H' and (resid 191 through 216 )HA191 - 216210 - 235
66chain 'L' and (resid 2 through 18 )LC2 - 181 - 17
77chain 'L' and (resid 19 through 29 )LC19 - 2918 - 29
88chain 'L' and (resid 30 through 113 )LC30 - 11330 - 114
99chain 'L' and (resid 114 through 150 )LC114 - 150115 - 151
1010chain 'L' and (resid 151 through 163 )LC151 - 163152 - 164
1111chain 'L' and (resid 164 through 198 )LC164 - 198165 - 199
1212chain 'L' and (resid 199 through 214 )LC199 - 214200 - 215

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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