[日本語] English
万見
- PDB-8gby: Crystal structure of PC39-50E, an anti-HIV broadly neutralizing a... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8gby
タイトルCrystal structure of PC39-50E, an anti-HIV broadly neutralizing antibody
要素
  • PC39-50E Fab heavy chain
  • PC39-50E Fab light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / Antibody / Broadly Neutralizing / HIV-1 / V3 Glycan
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Murrell, S. / Omorodion, O. / Wilson, I.A.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)UM1 AI144462 米国
Bill & Melinda Gates FoundationOPP119635 米国
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2023
タイトル: Antigen pressure from two founder viruses induces multiple insertions at a single antibody position to generate broadly neutralizing HIV antibodies.
著者: Joyce, C. / Murrell, S. / Murrell, B. / Omorodion, O. / Ver, L.S. / Carrico, N. / Bastidas, R. / Nedellec, R. / Bick, M. / Woehl, J. / Zhao, F. / Burns, A. / Barman, S. / Appel, M. / Ramos, A. ...著者: Joyce, C. / Murrell, S. / Murrell, B. / Omorodion, O. / Ver, L.S. / Carrico, N. / Bastidas, R. / Nedellec, R. / Bick, M. / Woehl, J. / Zhao, F. / Burns, A. / Barman, S. / Appel, M. / Ramos, A. / Wickramasinghe, L. / Eren, K. / Vollbrecht, T. / Smith, D.M. / Kosakovsky Pond, S.L. / McBride, R. / Worth, C. / Batista, F. / Sok, D. / Poignard, P. / Briney, B. / Wilson, I.A. / Landais, E. / Burton, D.R.
履歴
登録2023年2月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年6月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年7月12日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年11月20日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
H: PC39-50E Fab heavy chain
L: PC39-50E Fab light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,2683
ポリマ－49,1762
非ポリマー921
水1448
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3930 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area20120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.067, 68.107, 128.808
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

-
要素

#1: 抗体 PC39-50E Fab heavy chain


分子量: 25424.508 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 PC39-50E Fab light chain


分子量: 23751.426 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: N-terminal residue pair "VH" originates from the signal peptide
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.03 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M sodium formate, 20% PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年1月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→50 Å / Num. obs: 20042 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 5.6 % / Biso Wilson estimate: 45.28 Å2 / CC1/2: 1 / Rpim(I) all: 0.05 / Rsym value: 0.13 / Net I/σ(I): 8.2
反射 シェル解像度: 2.35→2.49 Å / 冗長度: 5.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 3125 / CC1/2: 0.74 / Rpim(I) all: 0.52 / Rsym value: 1.09 / % possible all: 98.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER2.5.7位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.35→49.07 Å / SU ML: 0.3672 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 33.1229
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2689 1022 5.12 %
Rwork0.2364 18947 -
obs0.2381 19969 99.41 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 54.11 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→49.07 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3369 0 6 8 3383
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0023458
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.54194706
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.042524
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042599
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.1271234
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.35-2.470.38811390.35892621X-RAY DIFFRACTION98.26
2.48-2.630.35621480.32512674X-RAY DIFFRACTION99.72
2.63-2.830.32841490.29992651X-RAY DIFFRACTION99.68
2.83-3.120.3381320.2832706X-RAY DIFFRACTION99.58
3.12-3.570.28581410.26132703X-RAY DIFFRACTION99.51
3.57-4.50.2571430.19942744X-RAY DIFFRACTION99.72
4.5-49.070.2071700.18762848X-RAY DIFFRACTION99.37
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.40282170448-2.130142952191.647376152582.21606880258-3.590817283544.266777422910.2021589737450.0355073146388-0.239375171468-0.817153602643-0.03058028991550.1785863617340.328308472985-0.124501057202-0.1557740707820.388662799053-0.0765004056357-0.05698165864930.329774420220.0005782233227970.603013313786-29.725-26.46714.412
23.54798246435-1.68081175293-0.1283663101142.11800800702-1.671748825173.864825808-0.119207248453-0.321745830411-0.615860226378-0.5953081705840.11669630842-0.2434283817130.9928457220490.0538951921424-0.06893069260830.585689152643-0.03951298148810.01254881760530.3474776178270.02820222721430.633384259876-25.476-39.95422.351
36.35414835008-0.428631036144-0.6986540437856.53951042373-3.126150815574.904214027080.119530118515-0.4975611677230.208859053022-0.0314969784623-0.08508136519881.060009651690.232470496229-0.314267883487-0.02581979703660.248414734868-0.00527911148288-0.03958958522520.337164932085-0.035915388650.479970510097-29.867-27.90225.856
45.08718750569-2.705457334061.663210073328.61161007685-4.281975510423.42672322264-0.545834565756-0.628687403509-0.3926373993021.359384727140.124086863319-1.0232947259-0.1506183491770.4028962420150.3794394638120.7034221670970.0629515290695-0.1564429943010.4160511833340.002828183702090.795483834869-17.661-35.73530.083
50.9129710627480.464325898195-0.4177239707966.15529471654-3.599890108983.39583673801-0.1835329538930.154480692665-0.10513135794-0.4945886392610.1970428602270.0703065895849-0.103579155853-0.0776455417868-0.03960401801840.445710111853-0.0181141232481-0.04954512808610.275961077079-0.04297145872860.363218519191-23.123-12.7810.058
65.594364309210.263960759039-0.2980813946134.26918034318-0.7123933883612.084339721920.06609285850530.471405759363-0.292788406821-1.25623743844-0.0256464648516-0.0762512876223-0.0697938448762-0.0490827844029-0.0506662982910.719127593426-0.0417509303514-0.003980388745540.287878857588-0.007987212679170.488402772321-15.972-3.1751.306
78.518675489422.822303503450.2867431984549.585976514280.1047627423783.45380857625-0.06339666909231.057658067080.810416042444-1.817378720770.191493383876-0.0268038480559-0.317775926584-0.52431140575-0.1181616641891.19336294022-0.088791384578-0.03634424990670.4772438343580.1112550671090.530932511524-19.2531.195-6.68
82.841047483621.14731124641-3.01666416163.09271451659-2.051901399368.07521499275-0.0180085612559-0.8809089510810.005050588611980.203061283319-0.10564017796-0.339695162909-0.3009677153790.4735276246840.1794775576380.3053580030330.0331717110605-0.1408922488360.4295204631070.006048519392180.577718177955-7.735-18.34435.02
94.33329632072-0.1983656591930.4124156584253.55519954312-0.2328687903511.917534284630.097241031020.0306977894244-0.402170489895-0.2063802805950.00596762147005-0.4488080682930.3385742458820.469447870601-0.08569032221090.2763793360710.02267041157220.01143206509350.3150182949930.01022649766740.476971912186-6.136-26.82728.087
100.401538184846-0.4682396350290.9853988052485.43969291806-1.632480825721.76028386555-0.0742074407045-0.379310708994-0.2720938994160.0545187958055-0.291881657703-0.781519986731-0.1408815886470.3674159709980.06828815358760.2601567113920.02220295103010.01512075980620.265314706391-0.06898272744910.431991322916-9.626-16.41627.25
117.52719984125-2.11559780261.048003524747.83450347946-0.8766337986352.683529749990.0826580398882-0.214873367336-0.0151784563646-0.5233248969260.05245001789630.183042477751-0.0903377488921-0.122314812136-0.1010446877240.319120335071-0.04322649816380.02742569720560.2673228147340.002120329210660.331952904392-15.2337.13713.523
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN H AND RESID 1:17 )H1 - 17
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN H AND RESID 18:31 )H18 - 31
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN H AND RESID 32:87 )H32 - 87
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN H AND RESID 88:100 )H88 - 100
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN H AND RESID 101:134 )H101 - 134
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN H AND RESID 135:203 )H135 - 203
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN H AND RESID 204:214 )H204 - 214
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN L AND RESID -1:29 )L-1 - 29
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN L AND RESID 30:90 )L30 - 90
10X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN L AND RESID 91:113 )L91 - 113
11X-RAY DIFFRACTION11( CHAIN L AND RESID 114:213 )L114 - 213

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る