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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8gbu | ||||||
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タイトル | Hepatitis B capsid Y132A mutant with compound AB-506 | ||||||
要素 | Capsid protein | ||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN / Hepatitis B / Y132A / capsid | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 microtubule-dependent intracellular transport of viral material towards nucleus / T=4 icosahedral viral capsid / viral penetration into host nucleus / host cell / host cell cytoplasm / symbiont entry into host cell / structural molecule activity / DNA binding / RNA binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Hepatitis B virus (B 型肝炎ウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å | ||||||
データ登録者 | Horanyi, P.S. / Mayclin, S.J. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2023 タイトル: Design, synthesis, and structure-activity relationship of a bicyclic HBV capsid assembly modulator chemotype leading to the identification of clinical candidate AB-506. 著者: Cole, A.G. / Kultgen, S.G. / Mani, N. / Quintero, J.G. / Yi Fan, K. / Ardzinski, A. / Stever, K. / Dorsey, B.D. / Phelps, J.R. / Lee, A.C.H. / Thi, E.P. / Chiu, T. / Tang, S. / Horanyi, P.S. ...著者: Cole, A.G. / Kultgen, S.G. / Mani, N. / Quintero, J.G. / Yi Fan, K. / Ardzinski, A. / Stever, K. / Dorsey, B.D. / Phelps, J.R. / Lee, A.C.H. / Thi, E.P. / Chiu, T. / Tang, S. / Horanyi, P.S. / Mayclin, S.J. / Harasym, T.O. / Sofia, M.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8gbu.cif.gz | 186.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8gbu.ent.gz | 147.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8gbu.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8gbu_validation.pdf.gz | 1.8 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8gbu_full_validation.pdf.gz | 1.9 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8gbu_validation.xml.gz | 20.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8gbu_validation.cif.gz | 30.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gb/8gbu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gb/8gbu | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18890.510 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Hepatitis B virus (B 型肝炎ウイルス) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: L7R9I1 #2: 化合物 | ChemComp-YWE / ( #3: 化合物 | ChemComp-EDO / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.29 % / 解説: hexagonal |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 100 mM ammonium citrate/citric acid pH 6.5, 9%(vol/vol) isopropanol, 10%(wt/vol) PEG 3350, 10% (vol/vol) 2-Methyl-2,4-pentanediol, 0.6:0.3ul at a 2:1 volume ratio at 16C. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97895 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月30日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97895 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.5→97.78 Å / Num. obs: 44273 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 3.77 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Rrim(I) all: 0.072 / Net I/σ(I): 12.78 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→97.78 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / SU B: 27.444 / SU ML: 0.478 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.417 / ESU R Free: 0.296 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 77.2 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→97.78 Å
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拘束条件 |
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