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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8gbi | ||||||
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タイトル | Porous framework formed by assembly of a bipyridyl-conjugated helical peptide | ||||||
![]() | LEU-(AIB)-ALA-CYS-LEU-CYS-CYS-(AIB)-LEU | ||||||
![]() | DE NOVO PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | ACETONITRILE / Chem-I77 / NICOTINIC ACID![]() | ||||||
生物種 | synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Hess, S.S. / Nguyen, A.I. | ||||||
資金援助 | 1件
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![]() | ![]() タイトル: Noncovalent Peptide Assembly Enables Crystalline, Permutable, and Reactive Thiol Frameworks. 著者: Hess, S.S. / Coppola, F. / Dang, V.T. / Tran, P.N. / Mickel, P.J. / Oktawiec, J. / Ren, Z. / Kral, P. / Nguyen, A.I. #1: ![]() 年: 2012 タイトル: Towards automated crystallographic structure refinement with phenix.refine. 著者: Afonine, P.V. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 25.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 15.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8gb9C ![]() 8gbaC ![]() 8gbhC ![]() 8gbmC ![]() 8gboC ![]() 8gd6C ![]() 8gd8C ![]() 8givC ![]() 8gj7C ![]() 8gk1C ![]() 8gk2C ![]() 8gk9C ![]() 8gkbC ![]() 8gkxC ![]() 8gl0C ![]() 8gl4C ![]() 8gl5C ![]() 8sw2C ![]() 8sy4C C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 908.204 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.87 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: slow cooling / 詳細: Water/Acetonitrile |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年3月11日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.61992 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 0.95→15.23 Å / Num. obs: 13304 / % possible obs: 88.44 % / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 2.34 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.2721 / Net I/σ(I): 12.37 |
反射 シェル | 解像度: 0.95→0.984 Å / Rmerge(I) obs: 0.2346 / Num. unique obs: 788 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 2.82 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 0.95→15.23 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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