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- PDB-8gab: Crystal structure of CTLA-4 in complex with a high affinity CTLA-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8gab
タイトルCrystal structure of CTLA-4 in complex with a high affinity CTLA-4 binder
要素
  • CTLA-4 binder
  • Cytotoxic T-lymphocyte protein 4
キーワードDE NOVO PROTEIN/Immune System / CTLA-4 / De novo protein design / high affinity binder / IMMUNE SYSTEM / DE NOVO PROTEIN-Immune System complex
機能・相同性
機能・相同性情報


protein complex involved in cell adhesion / negative regulation of regulatory T cell differentiation / RUNX1 and FOXP3 control the development of regulatory T lymphocytes (Tregs) / clathrin-coated endocytic vesicle / Co-stimulation by CD28 / Co-inhibition by CTLA4 / negative regulation of B cell proliferation / negative regulation of T cell proliferation / B cell receptor signaling pathway / T cell receptor signaling pathway ...protein complex involved in cell adhesion / negative regulation of regulatory T cell differentiation / RUNX1 and FOXP3 control the development of regulatory T lymphocytes (Tregs) / clathrin-coated endocytic vesicle / Co-stimulation by CD28 / Co-inhibition by CTLA4 / negative regulation of B cell proliferation / negative regulation of T cell proliferation / B cell receptor signaling pathway / T cell receptor signaling pathway / adaptive immune response / immune response / positive regulation of apoptotic process / external side of plasma membrane / DNA damage response / perinuclear region of cytoplasm / Golgi apparatus / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Cytotoxic T-lymphocyte antigen 4 / Cytotoxic T-lymphocyte protein 4/CD28 / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Cytotoxic T-lymphocyte protein 4
類似検索 - 構成要素
生物種synthetic construct (人工物)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.72 Å
データ登録者Yang, W. / Almo, S.C. / Baker, D. / Ghosh, A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)S10 OD020068 米国
引用ジャーナル: Biorxiv / 年: 2024
タイトル: Design of High Affinity Binders to Convex Protein Target Sites.
著者: Yang, W. / Hicks, D.R. / Ghosh, A. / Schwartze, T.A. / Conventry, B. / Goreshnik, I. / Allen, A. / Halabiya, S.F. / Kim, C.J. / Hinck, C.S. / Lee, D.S. / Bera, A.K. / Li, Z. / Wang, Y. / ...著者: Yang, W. / Hicks, D.R. / Ghosh, A. / Schwartze, T.A. / Conventry, B. / Goreshnik, I. / Allen, A. / Halabiya, S.F. / Kim, C.J. / Hinck, C.S. / Lee, D.S. / Bera, A.K. / Li, Z. / Wang, Y. / Schlichthaerle, T. / Cao, L. / Huang, B. / Garrett, S. / Gerben, S.R. / Rettie, S. / Heine, P. / Murray, A. / Edman, N. / Carter, L. / Stewart, L. / Almo, S. / Hinck, A.P. / Baker, D.
履歴
登録2023年2月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年8月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年8月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: audit_author / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.identifier_ORCID / _audit_author.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CTLA-4 binder
B: Cytotoxic T-lymphocyte protein 4
C: CTLA-4 binder
D: Cytotoxic T-lymphocyte protein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,6475
ポリマ－52,6084
非ポリマー391
水905
1
A: CTLA-4 binder
B: Cytotoxic T-lymphocyte protein 4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,3042
ポリマ－26,3042
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1800 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area10730 Å2
手法PISA
2
C: CTLA-4 binder
D: Cytotoxic T-lymphocyte protein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,3433
ポリマ－26,3042
非ポリマー391
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2250 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area10580 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)175.749, 33.604, 74.474
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.15, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 CTLA-4 binder


分子量: 12793.652 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / プラスミド: pET29 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#2: タンパク質 Cytotoxic T-lymphocyte protein 4 / Cytotoxic T-lymphocyte-associated antigen 4 / CTLA-4


分子量: 13510.340 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CTLA4, CD152 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P16410
#3: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.02 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 22% (w/v) PEG 3350 and 0.2 M KCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-2 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年2月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.72→25 Å / Num. obs: 11876 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.7 % / CC1/2: 0.99 / CC star: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Net I/σ(I): 10.35
反射 シェル解像度: 2.72→2.82 Å / Rmerge(I) obs: 0.89 / Mean I/σ(I) obs: 2.08 / Num. unique obs: 1237 / CC1/2: 0.87 / CC star: 0.88

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimlessデータスケーリング
autoPROCデータ削減
PHASER2.8.3位相決定
PHENIX1.20.1_4487精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.72→24.95 Å / SU ML: 0.48 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 31.66 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.292 548 4.62 %
Rwork0.2471 --
obs0.2496 11862 99.53 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.72→24.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3458 0 1 5 3464
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0063514
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3274764
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.598476
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.055564
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.03610
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.72-2.990.3741480.35392751X-RAY DIFFRACTION99
2.99-3.420.35311260.29652805X-RAY DIFFRACTION100
3.42-4.310.33241150.25062846X-RAY DIFFRACTION100
4.31-24.950.25781590.21422912X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
19.91993.4230.72188.5953-2.12038.4669-0.2906-0.4579-0.33012.41640.90970.4517-0.8975-1.015-0.12840.8592-0.00760.09790.6038-0.02680.7528-31.583-8.9065.424
24.77122.98580.32412.7420.69237.2808-1.05940.20380.0696-3.04980.09121.29520.4037-1.32160.28980.73880.01060.01570.7396-0.05720.7488-29.411-6.284-4.816
34.6836-4.4193-3.63738.2101-3.14867.7111-0.6886-0.0965-0.26250.00430.68570.29390.0366-0.0460.12960.7052-0.0606-0.01230.5724-0.05190.6943-22.336-6.7890.835
43.3284-2.84281.58498.8278-1.37895.6719-1.08291.75080.462-2.55970.7657-1.0364-1.64051.33270.20280.77260.01080.13570.64910.09490.7656-16.455-4.112-7.127
58.03450.10340.90266.5674-1.51337.81180.0449-0.0661-0.4021-1.37780.1215-0.9926-0.10680.7273-0.37520.81790.03270.09920.6488-0.04690.8179-11.178-5.261.574
63.232-2.61133.81652.2754-3.78614.6365-0.253-1.01480.71430.25010.255-0.5072-0.91380.84430.42670.654-0.0591-0.03671.4101-0.31330.7121-3.759-8.96321.578
75.6980.70883.26847.1443-2.26439.74730.0254-1.22990.1040.0719-0.02570.35740.8054-0.2659-0.17890.79770.0176-0.00390.6094-0.13510.529-12.311-11.58312.796
84.8416-0.11934.84735.04811.05224.8163-2.60921.1158-0.57921.78651.4661-0.69731.8853-0.80870.52741.3602-0.02530.25551.23030.45081.3748-11.749-21.58816.421
95.6173-1.4835-0.98123.47990.21074.4009-0.3694-1.26550.37430.08830.2227-0.13020.0320.48940.08120.7073-0.04010.01220.59980.01860.5576-8.53-10.99315.998
1010.17240.637-1.58142.30621.66465.7612-0.15230.9655-0.2463-0.23891.1585-1.8415-0.68730.744-0.78870.87350.00450.03030.58610.02820.4449-39.4231.79213.127
118.86210.02551.98243.1459-0.40997.9040.0280.43280.3874-1.36791.25072.2091-0.3104-0.6582-1.00420.63990.11590.01680.89270.04490.6122-49.824-0.74714.229
129.7022.8685-0.73934.2506-0.5884.69760.2661-0.53050.0255-1.6597-0.1146-1.54510.21440.2344-0.39070.53380.0408-0.00730.49470.00740.3713-44.553-0.84921.659
133.54951.97632.44143.07220.02367.0262-0.2364-1.2737-1.22470.35641.41362.5230.256-1.4009-0.64380.5485-0.040.00111.00270.17050.8853-52.468-4.18826.928
148.3425-2.50021.75535.70036.22269.67850.2291-1.42860.93080.68420.7365-0.2287-0.474-1.1289-1.26230.6429-0.1330.10150.67750.13410.5701-44.194-2.69732.894
158.8363-0.29455.34926.35481.11714.38850.2909-0.47540.24471.4130.1417-1.15330.8321.4192-0.68650.8174-0.0228-0.33130.70190.00921.0246-25.757-0.1441.95
166.46315.4777-4.6599.3096-5.83684.87380.15043.71980.4316-5.32370.48552.11411.34380.74111.15781.4322-0.04980.35961.7934-0.08731.2962-24.9112.46322.294
176.4657-2.66582.97433.0417-1.63942.7845-0.4281-0.43681.1152-1.36074.40074.14871.7967-5.4865-0.5480.7371-0.2323-0.14181.0441-0.12920.7759-37.5970.63637.291
184.03423.7124-0.91484.5887-1.50533.2332-0.032-1.36512.1096-1.03920.47751.95760.10130.13060.00840.9840.02410.11740.74750.09010.9077-35.077.18434.339
196.2279-3.54.92044.6543-1.87623.9545-2.0442-0.54571.4885-1.33751.7861-1.58680.65441.8405-0.25271.5677-0.3694-0.08690.9635-0.16541.0615-31.05613.04534.796
203.6039-2.9681-1.71543.91661.90227.8486-1.17771.4561-1.24230.46270.6081-2.75120.62982.0960.46230.8881-0.35920.10761.1215-0.05871.0768-24.4226.78136.075
214.470.32512.72337.89082.53565.92740.5757-1.0584-0.52551.00730.3636-0.13320.5555-0.7125-1.16090.4594-0.0748-0.0060.83020.10160.6945-33.5831.09434.566
226.2929-0.0764-3.83325.55117.35152.0121-0.10471.296-0.57543.1038-1.6931-0.50233.0149-1.31560.0221.48130.0364-0.421.26350.21331.1286-29.564-2.70750.146
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 2:22 )A2 - 22
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 23:42 )A23 - 42
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 43:65 )A43 - 65
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN A AND RESID 66:85 )A66 - 85
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN A AND RESID 86:105 )A86 - 105
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN B AND RESID 3:24 )B3 - 24
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN B AND RESID 25:55 )B25 - 55
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN B AND RESID 56:67 )B56 - 67
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN B AND RESID 68:117 )B68 - 117
10X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN C AND RESID 2:22 )C2 - 22
11X-RAY DIFFRACTION11( CHAIN C AND RESID 23:42 )C23 - 42
12X-RAY DIFFRACTION12( CHAIN C AND RESID 43:65 )C43 - 65
13X-RAY DIFFRACTION13( CHAIN C AND RESID 66:86 )C66 - 86
14X-RAY DIFFRACTION14( CHAIN C AND RESID 87:104 )C87 - 104
15X-RAY DIFFRACTION15( CHAIN D AND RESID 3:24 )D3 - 24
16X-RAY DIFFRACTION16( CHAIN D AND RESID 25:32 )D25 - 32
17X-RAY DIFFRACTION17( CHAIN D AND RESID 33:45 )D33 - 45
18X-RAY DIFFRACTION18( CHAIN D AND RESID 46:55 )D46 - 55
19X-RAY DIFFRACTION19( CHAIN D AND RESID 56:67 )D56 - 67
20X-RAY DIFFRACTION20( CHAIN D AND RESID 68:81 )D68 - 81
21X-RAY DIFFRACTION21( CHAIN D AND RESID 82:111 )D82 - 111
22X-RAY DIFFRACTION22( CHAIN D AND RESID 112:117 )D112 - 117

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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