PDB-8gab: Crystal structure of CTLA-4 in complex with a high affinity CTLA-...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8gab

タイトル

Crystal structure of CTLA-4 in complex with a high affinity CTLA-4 binder

要素

CTLA-4 binder
Cytotoxic T-lymphocyte protein 4

キーワード

DE NOVO PROTEIN/Immune System / CTLA-4 / De novo protein design / high affinity binder / IMMUNE SYSTEM / DE NOVO PROTEIN-Immune System complex

機能・相同性

機能・相同性情報

protein complex involved in cell adhesion / negative regulation of regulatory T cell differentiation / RUNX1 and FOXP3 control the development of regulatory T lymphocytes (Tregs) / clathrin-coated endocytic vesicle / CTLA4 inhibitory signaling / negative regulation of B cell proliferation / negative regulation of T cell proliferation / B cell receptor signaling pathway / T cell receptor signaling pathway / adaptive immune response ...
類似検索 - 分子機能

生物種

synthetic construct (人工物)

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.72 Å

データ登録者

Yang, W. / Almo, S.C. / Ghosh, A.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of a high affinity CTLA-4 binder
著者: Yang, W. / Almo, S.C. / Ghosh, A. / Baker, D.

履歴

登録	2023年2月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年8月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8gab.cif.gz	190.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8gab.ent.gz	154.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8gab.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ga/8gab ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ga/8gab	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8gacC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#128 - 2010年8月インターフェロン (Interferons) 類似性 (1) #43 - 2003年7月 Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: CTLA-4 binder

B: Cytotoxic T-lymphocyte protein 4

C: CTLA-4 binder

D: Cytotoxic T-lymphocyte protein 4

ヘテロ分子

52.6 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: CTLA-4 binder

B: Cytotoxic T-lymphocyte protein 4

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, Superdex S200
26.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: CTLA-4 binder

D: Cytotoxic T-lymphocyte protein 4

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
26.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	175.749, 33.604, 74.474
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 101.15, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	CTLA-4 binder 分子量: 12793.652 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / プラスミド: pET29 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#2: タンパク質	Cytotoxic T-lymphocyte protein 4 / Cytotoxic T-lymphocyte-associated antigen 4 / CTLA-4 分子量: 13510.340 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CTLA4, CD152 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P16410
#3: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.05 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.02 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 22% (w/v) PEG 3350 and 0.2 M KCl

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-2 / 波長: 0.98 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年2月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.72→25 Å / Num. obs: 11876 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.7 % / CC_1/2: 0.99 / CC star: 0.99 / R_merge(I) obs: 0.087 / Net I/σ(I): 10.35
反射シェル	解像度: 2.72→2.82 Å / R_merge(I) obs: 0.89 / Mean I/σ(I) obs: 2.08 / Num. unique obs: 1237 / CC_1/2: 0.87 / CC star: 0.88

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Aimless		データスケーリング
autoPROC		データ削減
PHASER	2.8.3	位相決定
PHENIX	1.20.1_4487	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.72→24.95 Å / SU ML: 0.48 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 31.66 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.292	548	4.62 %
R_work	0.2471	-	-
obs	0.2496	11862	99.53 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.72→24.95 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3458	0	1	5	3464

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	3514
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.327	4764
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.598	476
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.055	564
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.03	610

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.72-2.99	0.374	148	0.3539	2751	X-RAY DIFFRACTION	99
2.99-3.42	0.3531	126	0.2965	2805	X-RAY DIFFRACTION	100
3.42-4.31	0.3324	115	0.2506	2846	X-RAY DIFFRACTION	100
4.31-24.95	0.2578	159	0.2142	2912	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	9.9199	3.423	0.7218	8.5953	-2.1203	8.4669	-0.2906	-0.4579	-0.3301	2.4164	0.9097	0.4517	-0.8975	-1.015	-0.1284	0.8592	-0.0076	0.0979	0.6038	-0.0268	0.7528	-31.583	-8.906	5.424
2	4.7712	2.9858	0.3241	2.742	0.6923	7.2808	-1.0594	0.2038	0.0696	-3.0498	0.0912	1.2952	0.4037	-1.3216	0.2898	0.7388	0.0106	0.0157	0.7396	-0.0572	0.7488	-29.411	-6.284	-4.816
3	4.6836	-4.4193	-3.6373	8.2101	-3.1486	7.7111	-0.6886	-0.0965	-0.2625	0.0043	0.6857	0.2939	0.0366	-0.046	0.1296	0.7052	-0.0606	-0.0123	0.5724	-0.0519	0.6943	-22.336	-6.789	0.835
4	3.3284	-2.8428	1.5849	8.8278	-1.3789	5.6719	-1.0829	1.7508	0.462	-2.5597	0.7657	-1.0364	-1.6405	1.3327	0.2028	0.7726	0.0108	0.1357	0.6491	0.0949	0.7656	-16.455	-4.112	-7.127
5	8.0345	0.1034	0.9026	6.5674	-1.5133	7.8118	0.0449	-0.0661	-0.4021	-1.3778	0.1215	-0.9926	-0.1068	0.7273	-0.3752	0.8179	0.0327	0.0992	0.6488	-0.0469	0.8179	-11.178	-5.26	1.574
6	3.232	-2.6113	3.8165	2.2754	-3.7861	4.6365	-0.253	-1.0148	0.7143	0.2501	0.255	-0.5072	-0.9138	0.8443	0.4267	0.654	-0.0591	-0.0367	1.4101	-0.3133	0.7121	-3.759	-8.963	21.578
7	5.698	0.7088	3.2684	7.1443	-2.2643	9.7473	0.0254	-1.2299	0.104	0.0719	-0.0257	0.3574	0.8054	-0.2659	-0.1789	0.7977	0.0176	-0.0039	0.6094	-0.1351	0.529	-12.311	-11.583	12.796
8	4.8416	-0.1193	4.8473	5.0481	1.0522	4.8163	-2.6092	1.1158	-0.5792	1.7865	1.4661	-0.6973	1.8853	-0.8087	0.5274	1.3602	-0.0253	0.2555	1.2303	0.4508	1.3748	-11.749	-21.588	16.421
9	5.6173	-1.4835	-0.9812	3.4799	0.2107	4.4009	-0.3694	-1.2655	0.3743	0.0883	0.2227	-0.1302	0.032	0.4894	0.0812	0.7073	-0.0401	0.0122	0.5998	0.0186	0.5576	-8.53	-10.993	15.998
10	10.1724	0.637	-1.5814	2.3062	1.6646	5.7612	-0.1523	0.9655	-0.2463	-0.2389	1.1585	-1.8415	-0.6873	0.744	-0.7887	0.8735	0.0045	0.0303	0.5861	0.0282	0.4449	-39.423	1.792	13.127
11	8.8621	0.0255	1.9824	3.1459	-0.4099	7.904	0.028	0.4328	0.3874	-1.3679	1.2507	2.2091	-0.3104	-0.6582	-1.0042	0.6399	0.1159	0.0168	0.8927	0.0449	0.6122	-49.824	-0.747	14.229
12	9.702	2.8685	-0.7393	4.2506	-0.588	4.6976	0.2661	-0.5305	0.0255	-1.6597	-0.1146	-1.5451	0.2144	0.2344	-0.3907	0.5338	0.0408	-0.0073	0.4947	0.0074	0.3713	-44.553	-0.849	21.659
13	3.5495	1.9763	2.4414	3.0722	0.0236	7.0262	-0.2364	-1.2737	-1.2247	0.3564	1.4136	2.523	0.256	-1.4009	-0.6438	0.5485	-0.04	0.0011	1.0027	0.1705	0.8853	-52.468	-4.188	26.928
14	8.3425	-2.5002	1.7553	5.7003	6.2226	9.6785	0.2291	-1.4286	0.9308	0.6842	0.7365	-0.2287	-0.474	-1.1289	-1.2623	0.6429	-0.133	0.1015	0.6775	0.1341	0.5701	-44.194	-2.697	32.894
15	8.8363	-0.2945	5.3492	6.3548	1.1171	4.3885	0.2909	-0.4754	0.2447	1.413	0.1417	-1.1533	0.832	1.4192	-0.6865	0.8174	-0.0228	-0.3313	0.7019	0.0092	1.0246	-25.757	-0.14	41.95
16	6.4631	5.4777	-4.659	9.3096	-5.8368	4.8738	0.1504	3.7198	0.4316	-5.3237	0.4855	2.1141	1.3438	0.7411	1.1578	1.4322	-0.0498	0.3596	1.7934	-0.0873	1.2962	-24.911	2.463	22.294
17	6.4657	-2.6658	2.9743	3.0417	-1.6394	2.7845	-0.4281	-0.4368	1.1152	-1.3607	4.4007	4.1487	1.7967	-5.4865	-0.548	0.7371	-0.2323	-0.1418	1.0441	-0.1292	0.7759	-37.597	0.636	37.291
18	4.0342	3.7124	-0.9148	4.5887	-1.5053	3.2332	-0.032	-1.3651	2.1096	-1.0392	0.4775	1.9576	0.1013	0.1306	0.0084	0.984	0.0241	0.1174	0.7475	0.0901	0.9077	-35.07	7.184	34.339
19	6.2279	-3.5	4.9204	4.6543	-1.8762	3.9545	-2.0442	-0.5457	1.4885	-1.3375	1.7861	-1.5868	0.6544	1.8405	-0.2527	1.5677	-0.3694	-0.0869	0.9635	-0.1654	1.0615	-31.056	13.045	34.796
20	3.6039	-2.9681	-1.7154	3.9166	1.9022	7.8486	-1.1777	1.4561	-1.2423	0.4627	0.6081	-2.7512	0.6298	2.096	0.4623	0.8881	-0.3592	0.1076	1.1215	-0.0587	1.0768	-24.422	6.781	36.075
21	4.47	0.3251	2.7233	7.8908	2.5356	5.9274	0.5757	-1.0584	-0.5255	1.0073	0.3636	-0.1332	0.5555	-0.7125	-1.1609	0.4594	-0.0748	-0.006	0.8302	0.1016	0.6945	-33.583	1.094	34.566
22	6.2929	-0.0764	-3.8332	5.5511	7.3515	2.0121	-0.1047	1.296	-0.5754	3.1038	-1.6931	-0.5023	3.0149	-1.3156	0.022	1.4813	0.0364	-0.42	1.2635	0.2133	1.1286	-29.564	-2.707	50.146

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 2:22 )	A	2 - 22
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN A AND RESID 23:42 )	A	23 - 42
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND RESID 43:65 )	A	43 - 65
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN A AND RESID 66:85 )	A	66 - 85
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN A AND RESID 86:105 )	A	86 - 105
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN B AND RESID 3:24 )	B	3 - 24
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN B AND RESID 25:55 )	B	25 - 55
8	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN B AND RESID 56:67 )	B	56 - 67
9	X-RAY DIFFRACTION	9	( CHAIN B AND RESID 68:117 )	B	68 - 117
10	X-RAY DIFFRACTION	10	( CHAIN C AND RESID 2:22 )	C	2 - 22
11	X-RAY DIFFRACTION	11	( CHAIN C AND RESID 23:42 )	C	23 - 42
12	X-RAY DIFFRACTION	12	( CHAIN C AND RESID 43:65 )	C	43 - 65
13	X-RAY DIFFRACTION	13	( CHAIN C AND RESID 66:86 )	C	66 - 86
14	X-RAY DIFFRACTION	14	( CHAIN C AND RESID 87:104 )	C	87 - 104
15	X-RAY DIFFRACTION	15	( CHAIN D AND RESID 3:24 )	D	3 - 24
16	X-RAY DIFFRACTION	16	( CHAIN D AND RESID 25:32 )	D	25 - 32
17	X-RAY DIFFRACTION	17	( CHAIN D AND RESID 33:45 )	D	33 - 45
18	X-RAY DIFFRACTION	18	( CHAIN D AND RESID 46:55 )	D	46 - 55
19	X-RAY DIFFRACTION	19	( CHAIN D AND RESID 56:67 )	D	56 - 67
20	X-RAY DIFFRACTION	20	( CHAIN D AND RESID 68:81 )	D	68 - 81
21	X-RAY DIFFRACTION	21	( CHAIN D AND RESID 82:111 )	D	82 - 111
22	X-RAY DIFFRACTION	22	( CHAIN D AND RESID 112:117 )	D	112 - 117

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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