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- PDB-8g9z: High-resolution crystal structure of the human selenomethionine-d... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8g9z
タイトルHigh-resolution crystal structure of the human selenomethionine-derived SepSecS-tRNASec complex
要素
  • O-phosphoseryl-tRNA(Sec) selenium transferase
  • RNA (90-MER)
キーワードTransferase/RNA / Selenocysteine synthesis / tRNA-binding / Protein biosynthesis / TRANSFERASE / Transferase-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


O-phosphoseryl-tRNA(Sec) selenium transferase activity / O-phospho-L-seryl-tRNASec:L-selenocysteinyl-tRNA synthase / conversion of seryl-tRNAsec to selenocys-tRNAsec / selenocysteine incorporation / Selenocysteine synthesis / tRNA binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
O-phosphoseryl-tRNA(Sec) selenium transferase / SepSecS/SepCysS family / O-phosphoseryl-tRNA(Sec) selenium transferase, SepSecS / Peroxidases heam-ligand binding site / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-PLR / : / RNA / RNA (> 10) / O-phosphoseryl-tRNA(Sec) selenium transferase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.07 Å
データ登録者Puppala, A. / Simonovic, M. / Castillo Suchkou, J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM097042 米国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2023
タイトル: Structural basis for the tRNA-dependent activation of the terminal complex of selenocysteine synthesis in humans.
著者: Puppala, A.K. / Castillo Suchkou, J. / French, R.L. / Kiernan, K.A. / Simonovic, M.
履歴
登録2023年2月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年4月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年5月17日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: O-phosphoseryl-tRNA(Sec) selenium transferase
B: O-phosphoseryl-tRNA(Sec) selenium transferase
C: O-phosphoseryl-tRNA(Sec) selenium transferase
D: O-phosphoseryl-tRNA(Sec) selenium transferase
E: RNA (90-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)265,28013
ポリマ－263,8755
非ポリマー1,4058
水23,9781331
1
A: O-phosphoseryl-tRNA(Sec) selenium transferase
B: O-phosphoseryl-tRNA(Sec) selenium transferase
E: RNA (90-MER)
ヘテロ分子

A: O-phosphoseryl-tRNA(Sec) selenium transferase
B: O-phosphoseryl-tRNA(Sec) selenium transferase
E: RNA (90-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)294,18814
ポリマ－292,7836
非ポリマー1,4058
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555-y,-x,-z+2/31
Buried area30610 Å2
ΔGint-224 kcal/mol
Surface area85750 Å2
手法PISA
2
C: O-phosphoseryl-tRNA(Sec) selenium transferase
D: O-phosphoseryl-tRNA(Sec) selenium transferase
E: RNA (90-MER)
ヘテロ分子

C: O-phosphoseryl-tRNA(Sec) selenium transferase
D: O-phosphoseryl-tRNA(Sec) selenium transferase
E: RNA (90-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)294,18814
ポリマ－292,7836
非ポリマー1,4058
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_655-x+y+1,y,-z+1/31
Buried area30230 Å2
ΔGint-220 kcal/mol
Surface area86630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)167.183, 167.183, 239.087
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number151
Space group name H-MP3112
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1280-

HOH

21A-1314-

HOH

31B-1254-

HOH

41B-1325-

HOH

51C-1257-

HOH

61C-1301-

HOH

71D-1266-

HOH

81D-1317-

HOH

-
要素

#1: タンパク質
O-phosphoseryl-tRNA(Sec) selenium transferase / Liver-pancreas antigen / LP / SLA-p35 / SLA/LP autoantigen / Selenocysteine synthase / Sec synthase ...Liver-pancreas antigen / LP / SLA-p35 / SLA/LP autoantigen / Selenocysteine synthase / Sec synthase / Selenocysteinyl-tRNA(Sec) synthase / Sep-tRNA:Sec-tRNA synthase / SepSecS / Soluble liver antigen / SLA / UGA suppressor tRNA-associated protein / tRNA(Ser/Sec)-associated antigenic protein


分子量: 58741.730 Da / 分子数: 4 / 変異: V491A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SEPSECS, TRNP48 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9HD40, O-phospho-L-seryl-tRNASec:L-selenocysteinyl-tRNA synthase
#2: RNA鎖 RNA (90-MER)


分子量: 28908.084 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: GenBank: 436409
#3: 化合物
ChemComp-PLR / (5-HYDROXY-4,6-DIMETHYLPYRIDIN-3-YL)METHYL DIHYDROGEN PHOSPHATE / 4'-DEOXYPYRIDOXINE PHOSPHATE / 5-(ホスホノオキシメチル)-2,4-ジメチル-3-ピリジノ-ル


分子量: 233.158 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H12NO5P
#4: 化合物
ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1331 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.35 %
結晶化温度: 285.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 5.0 mg/mL of human SeMet-SepSecS-tRNASec (with a 2-fold molar excess of SepSecS) was crystallized in in 0.28-0.3 M ammonium acetate, 19.8% (v/v) MPD, and 0.1 M sodium citrate titrated with 0. ...詳細: 5.0 mg/mL of human SeMet-SepSecS-tRNASec (with a 2-fold molar excess of SepSecS) was crystallized in in 0.28-0.3 M ammonium acetate, 19.8% (v/v) MPD, and 0.1 M sodium citrate titrated with 0.057 M HCl to a pH of 5.5.

-
データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.979439 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979439 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.07→50 Å / Num. obs: 456255 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.7 % / CC1/2: 0.996 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.992 / Rrim(I) all: 0.266 / Χ2: 1.783 / Net I/σ(I): 4.3
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2CC starΧ2% possible all
2.07-2.1110.63.3981.07227110.3370.710.953100
2.11-2.1410.72.8711.33228960.4510.7890.956100
2.14-2.1910.72.5411.57227550.530.8330.954100
2.19-2.2310.72.1891.88228970.6470.8860.958100
2.23-2.2810.71.8432.2227570.7170.9140.973100
2.28-2.3310.71.5682.67227600.7880.9390.981100
2.33-2.3910.71.2533.4229410.8560.9611.001100
2.39-2.4510.61.0753.91228130.880.9681100
2.45-2.5310.60.8634.95227280.9240.981.034100
2.53-2.6110.60.6846.3228520.9490.9871.065100
2.61-2.710.40.5388.1228350.9690.9921.12100
2.7-2.819.50.42810.02228000.9750.9941.188100
2.81-2.949.20.30913.7228450.9850.9961.317100
2.94-3.0911.60.23421.51228170.9920.9981.504100
3.09-3.2911.60.18229.44227890.9950.9981.748100
3.29-3.5411.60.13842.96228130.9970.9992.111100
3.54-3.911.40.11254.94228290.9970.9992.521100
3.9-4.4611.20.09267.79227660.9980.9992.824100
4.46-5.629.50.08265.91228750.9980.9992.742100
5.62-5012.20.06785.39227760.99912.64799.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXDEV_3951精密化
HKL-2000データスケーリング
HKL-2000データ削減
SHELX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.07→34.25 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 24.65 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.19 3974 0.87 %
Rwork0.177 --
obs0.177 456076 99.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.07→34.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14222 1820 92 1331 17465
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00219412
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.52827244
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.8837966
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0373240
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052870
LS精密化 シェル解像度: 2.07→2.09 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3959 206 -
Rwork0.357 15502 -
obs--97 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.00610.61040.20581.703-0.14791.8570.05020.38220.3862-0.4937-0.03940.1993-0.3016-0.1988-0.01560.33520.104-0.01140.26180.01230.271611.72963.309663.4004
24.22552.240.29652.99340.00331.2185-0.0270.2919-0.1201-0.35320.0766-0.16860.0152-0.005-0.05510.19330.0631-0.00170.1502-0.03760.2119.0422-6.90869.7385
31.1250.17990.51540.74220.28041.32950.07870.01990.0145-0.02660.0502-0.2806-0.05550.2225-0.13350.2242-0.0405-0.00680.2674-0.08560.423140.4644-3.932984.4042
42.801-1.1292-0.45392.91670.9782.59620.0235-0.524-0.13420.37540.095-0.04520.2894-0.1013-0.09450.336-0.1083-0.11240.4398-0.0670.380537.4493-4.1081106.9461
54.0081-0.48510.70093.8585-2.0745.85160.0388-1.0057-0.20140.57550.10330.3767-0.0287-1.3708-0.25070.3751-0.1117-0.04040.7712-0.16620.52222.83324.0921109.9417
61.5992-0.50410.5253.2940.62031.6730.0072-0.5327-0.19540.30370.0640.11770.2223-0.00510.01220.20470.034-0.02810.41520.01420.2454-5.8345-1.120394.2483
71.4693-0.67180.14171.5346-0.17460.87150.0948-0.23340.37780.01970.0411-0.2239-0.14250.0407-0.12320.22210.01150.03560.257-0.12190.2863-16.220927.6286.7741
84.58110.789-0.57661.5863-0.21620.7950.12940.44290.7072-0.5278-0.0376-0.6056-0.09730.1448-0.07740.53370.00090.26710.3644-0.01430.733-2.687236.371769.1217
92.57720.5371-0.03781.83120.30571.53360.0339-0.43380.0870.37770.03520.0536-0.1718-0.0604-0.0250.29380.0537-0.01420.21140.00370.211976.980935.185953.6663
100.97420.18550.51410.8990.29421.36860.0482-0.021-0.24690.02560.08120.13130.1652-0.178-0.13070.2133-0.0408-0.07330.27020.03810.426266.735411.298435.1638
112.0994-0.42810.84223.7315-0.82032.6843-0.00350.4236-0.1007-0.5770.1042-0.03350.0180.2945-0.09070.3265-0.0924-0.11240.4421-0.06530.366968.341213.839812.4154
124.17590.1486-0.57184.54542.45555.2714-0.12820.80260.27-1.06330.4088-0.4287-1.18810.5912-0.31030.5908-0.2146-0.14090.55780.04370.536568.83330.75319.8462
132.3029-0.60210.74372.68660.42931.723-0.05570.348-0.0809-0.49790.1497-0.24590.0990.1893-0.01290.3873-0.0617-0.0010.2192-0.03720.248887.35852.877625.1839
141.1338-0.464-0.06821.89960.26530.9098-0.0410.0796-0.0362-0.15480.17480.4227-0.0261-0.1482-0.12540.259-0.0102-0.08460.21730.09480.282667.618176.111532.8089
152.68541.081-0.15942.7268-0.13240.5993-0.0822-0.4647-0.22750.58680.18660.89750.0725-0.1574-0.03580.42190.08180.13440.49690.24570.76753.239368.598550.5548
160.00780.0133-0.03740.0129-0.07370.4272-0.1650.252-0.35240.1497-0.404-0.2392-0.731-0.4556-0.41280.84350.03820.28670.87070.14581.205637.679231.204459.7536
170.18440.1314-0.39170.0876-0.23791.34570.35830.1638-0.25230.18990.2711-0.1605-0.3971-0.2576-0.64970.8506-0.02370.14740.84210.06311.297837.160532.145859.7898
181.09530.4842-0.7660.367-0.3631.87290.21750.12750.55150.21170.02750.2817-0.4547-0.3047-0.230.65040.07130.05470.53150.04710.707537.722931.141359.7725
191.54730.4373-1.69640.896-1.04252.2544-0.291-0.10190.4586-0.0363-0.2080.2195-0.1864-0.27130.41140.7542-0.1477-0.10440.838-0.07231.024245.914317.016559.769
208.80324.97835.41372.94983.02263.3382-0.00460.21740.44390.2413-0.31670.1167-0.3844-0.07930.33480.38590.00950.07070.38830.07820.462444.852418.855459.7766
213.82041.82160.96922.02560.61081.21510.2880.52310.27970.4835-0.23150.1273-0.1856-0.074-0.01660.59790.00420.24170.58420.15110.709341.758324.176359.7822
220.36450.3593-0.29020.3381-0.31841.15460.30080.1020.22580.2222-0.04190.1265-0.6169-0.3366-0.17971.01270.36320.38690.53580.21671.275330.836543.233459.8075
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN 'A' AND (RESID 11 THROUGH 75 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN 'A' AND (RESID 76 THROUGH 129 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN 'A' AND (RESID 130 THROUGH 359 )
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN 'A' AND (RESID 360 THROUGH 435 )
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN 'A' AND (RESID 436 THROUGH 491 )
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN 'B' AND (RESID 11 THROUGH 129 )
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN 'B' AND (RESID 130 THROUGH 359 )
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN 'B' AND (RESID 360 THROUGH 466 )
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN 'C' AND (RESID 11 THROUGH 129 )
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN 'C' AND (RESID 130 THROUGH 359 )
11X-RAY DIFFRACTION11CHAIN 'C' AND (RESID 360 THROUGH 435 )
12X-RAY DIFFRACTION12CHAIN 'C' AND (RESID 436 THROUGH 492 )
13X-RAY DIFFRACTION13CHAIN 'D' AND (RESID 11 THROUGH 129 )
14X-RAY DIFFRACTION14CHAIN 'D' AND (RESID 130 THROUGH 359 )
15X-RAY DIFFRACTION15CHAIN 'D' AND (RESID 360 THROUGH 467 )
16X-RAY DIFFRACTION16CHAIN 'E' AND (RESID 1 THROUGH 19 )
17X-RAY DIFFRACTION17CHAIN 'E' AND (RESID 20 THROUGH 28 )
18X-RAY DIFFRACTION18CHAIN 'E' AND (RESID 29 THROUGH 47C)
19X-RAY DIFFRACTION19CHAIN 'E' AND (RESID 47D THROUGH 48 )
20X-RAY DIFFRACTION20CHAIN 'E' AND (RESID 50 THROUGH 54 )
21X-RAY DIFFRACTION21CHAIN 'E' AND (RESID 55 THROUGH 68 )
22X-RAY DIFFRACTION22CHAIN 'E' AND (RESID 69 THROUGH 75 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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