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- PDB-8g9z: High-resolution crystal structure of the human selenomethionine-d... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8g9z | ||||||
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Title | High-resolution crystal structure of the human selenomethionine-derived SepSecS-tRNASec complex | ||||||
![]() |
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![]() | Transferase/RNA / Selenocysteine synthesis / tRNA-binding / Protein biosynthesis / TRANSFERASE / Transferase-RNA complex | ||||||
Function / homology | ![]() O-phosphoseryl-tRNA(Sec) selenium transferase activity / O-phospho-L-seryl-tRNASec:L-selenocysteinyl-tRNA synthase / conversion of seryl-tRNAsec to selenocys-tRNAsec / selenocysteine incorporation / Selenocysteine synthesis / tRNA binding / nucleus / cytoplasm / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Puppala, A. / Simonovic, M. / Castillo Suchkou, J. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Structural basis for the tRNA-dependent activation of the terminal complex of selenocysteine synthesis in humans. Authors: Puppala, A.K. / Castillo Suchkou, J. / French, R.L. / Kiernan, K.A. / Simonovic, M. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 958.3 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 804.9 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 530 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 552.6 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 83.2 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 124.3 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 7l1tC ![]() 7mdlC C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
#1: Protein | Mass: 58741.730 Da / Num. of mol.: 4 / Mutation: V491A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() References: UniProt: Q9HD40, O-phospho-L-seryl-tRNASec:L-selenocysteinyl-tRNA synthase #2: RNA chain | | Mass: 28908.084 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) ![]() #3: Chemical | ChemComp-PLR / ( #4: Chemical | ChemComp-MPD / ( #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.66 Å3/Da / Density % sol: 66.35 % |
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Crystal grow | Temperature: 285.15 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5.5 Details: 5.0 mg/mL of human SeMet-SepSecS-tRNASec (with a 2-fold molar excess of SepSecS) was crystallized in in 0.28-0.3 M ammonium acetate, 19.8% (v/v) MPD, and 0.1 M sodium citrate titrated with 0. ...Details: 5.0 mg/mL of human SeMet-SepSecS-tRNASec (with a 2-fold molar excess of SepSecS) was crystallized in in 0.28-0.3 M ammonium acetate, 19.8% (v/v) MPD, and 0.1 M sodium citrate titrated with 0.057 M HCl to a pH of 5.5. |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 80 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 9M / Detector: PIXEL / Date: Jun 27, 2019 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979439 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.07→50 Å / Num. obs: 456255 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 10.7 % / CC1/2: 0.996 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.992 / Rrim(I) all: 0.266 / Χ2: 1.783 / Net I/σ(I): 4.3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.07→34.25 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.07→2.09 Å
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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