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- PDB-8g9c: Diphosphoinositol polyphosphate phosphohydrolase 1 (DIPP1/NUDT3) ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8g9c
タイトルDiphosphoinositol polyphosphate phosphohydrolase 1 (DIPP1/NUDT3) in complex with 5- difluoromethylenebisphosphonate inositol pentakisphosphate (5-PCF2P-IP5), an analogue of 5-InsP7
要素Diphosphoinositol polyphosphate phosphohydrolase 1
キーワードHYDROLASE / phosphatase / nudix / catalysis mechanism / Substrate Specificity / inositol / inositol pyrophosphate
機能・相同性
機能・相同性情報


inositol diphosphate pentakisphosphate diphosphatase activity / diphosphoinositol polyphosphate catabolic process / inositol diphosphate tetrakisphosphate diphosphatase activity / inositol-3,5-bisdiphosphate-2,3,4,6-tetrakisphosphate 5-diphosphatase activity / endopolyphosphatase / diadenosine polyphosphate catabolic process / 5'-(N7-methyl 5'-triphosphoguanosine)-[mRNA] diphosphatase / inositol-5-diphosphate-1,2,3,4,6-pentakisphosphate diphosphatase activity / bis(5'-adenosyl)-hexaphosphatase activity / diadenosine pentaphosphate catabolic process ...inositol diphosphate pentakisphosphate diphosphatase activity / diphosphoinositol polyphosphate catabolic process / inositol diphosphate tetrakisphosphate diphosphatase activity / inositol-3,5-bisdiphosphate-2,3,4,6-tetrakisphosphate 5-diphosphatase activity / endopolyphosphatase / diadenosine polyphosphate catabolic process / 5'-(N7-methyl 5'-triphosphoguanosine)-[mRNA] diphosphatase / inositol-5-diphosphate-1,2,3,4,6-pentakisphosphate diphosphatase activity / bis(5'-adenosyl)-hexaphosphatase activity / diadenosine pentaphosphate catabolic process / diadenosine hexaphosphate catabolic process / adenosine 5'-(hexahydrogen pentaphosphate) catabolic process / endopolyphosphatase activity / RNA decapping / diphosphoinositol polyphosphate metabolic process / diphosphoinositol-polyphosphate diphosphatase activity / 5'-(N(7)-methyl 5'-triphosphoguanosine)-[mRNA] diphosphatase activity / diadenosine hexaphosphate hydrolase (ATP-forming) / Synthesis of pyrophosphates in the cytosol / bis(5'-adenosyl)-pentaphosphatase activity / diphosphoinositol-polyphosphate diphosphatase / 5'-(N7-methylguanosine 5'-triphospho)-[mRNA] hydrolase / 5'-(N(7)-methylguanosine 5'-triphospho)-[mRNA] hydrolase activity / cell-cell signaling / manganese ion binding / magnesium ion binding / zinc ion binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / NUDIX hydrolase, conserved site / Nudix box signature. / NUDIX domain / Nudix hydrolase domain profile. / NUDIX hydrolase domain / NUDIX hydrolase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
FLUORIDE ION / Chem-YUT / Diphosphoinositol polyphosphate phosphohydrolase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Zong, G. / Wang, H. / Shears, S.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS)1ZIAES080046-31 米国
引用ジャーナル: Chemistry / 年: 2023
タイトル: Fluorination Influences the Bioisostery of Myo-Inositol Pyrophosphate Analogs.
著者: Hostachy, S. / Wang, H. / Zong, G. / Franke, K. / Riley, A.M. / Schmieder, P. / Potter, B.V.L. / Shears, S.B. / Fiedler, D.
履歴
登録2023年2月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年1月3日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Diphosphoinositol polyphosphate phosphohydrolase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,4589
ポリマ－19,4971
非ポリマー9618
水2,000111
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.752, 59.639, 62.409
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Diphosphoinositol polyphosphate phosphohydrolase 1 / DIPP-1 / Diadenosine 5' / 5'''-P1 / P6-hexaphosphate hydrolase 1 / Nucleoside diphosphate-linked ...DIPP-1 / Diadenosine 5' / 5'''-P1 / P6-hexaphosphate hydrolase 1 / Nucleoside diphosphate-linked moiety X motif 3 / Nudix motif 3


分子量: 19496.975 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NUDT3, DIPP, DIPP1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: O95989, diphosphoinositol-polyphosphate diphosphatase, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用

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非ポリマー , 5種, 119分子

#2: 化合物 ChemComp-YUT / {difluoro[(R)-hydroxy{[(1s,2R,3S,4S,5R,6S)-2,3,4,5,6-pentakis(phosphonooxy)cyclohexyl]oxy}phosphoryl]methyl}phosphonic acid


分子量: 774.023 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H19F2O26P7 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-F / FLUORIDE ION / フルオリド


分子量: 18.998 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: F
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 111 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.87 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 10% (w/v) PEG 8000, 10% (v/v) isopropanol, 200 mM Li2SO4, 75 mM NaAc, pH 5.5 and 25 mM HEPES, pH 7.0 and soaking in solution 200mM LiCl, 20% PEG8000, 20% isopropanol, 100mM HEPES 7.0, 20mM ...詳細: 10% (w/v) PEG 8000, 10% (v/v) isopropanol, 200 mM Li2SO4, 75 mM NaAc, pH 5.5 and 25 mM HEPES, pH 7.0 and soaking in solution 200mM LiCl, 20% PEG8000, 20% isopropanol, 100mM HEPES 7.0, 20mM MgCl2, 100mM NaF in the present of 2mM 5-PCF2P-IP7
PH範囲: 4.5-6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→50 Å / Num. obs: 61864 / % possible obs: 92.8 % / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.058 / Χ2: 0.047 / Net I/σ(I): 8.6 / Num. measured all: 448728
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsΧ2Diffraction-ID% possible all
1.4-1.4260.51229920.4189.7
1.42-1.456.30.45929690.415189.9
1.45-1.486.70.41828380.431185.1
1.48-1.517.10.35829110.449187.6
1.51-1.547.40.29131860.455194.8
1.54-1.587.50.2631510.48195
1.58-1.627.50.23331930.497194.9
1.62-1.667.40.18331570.526195.1
1.66-1.717.40.15331700.554195.5
1.71-1.767.30.13331890.585195.2
1.76-1.837.30.10731110.671193.9
1.83-1.97.30.09231040.772193
1.9-1.997.10.07829250.884188.5
1.99-2.097.40.06728940.991186.1
2.09-2.227.60.06132511.161196.8
2.22-2.397.60.05431991.228197.1
2.39-2.637.60.05132321.309197
2.63-3.027.60.04531861.359195.5
3.02-3.87.40.03929291.527187.6
3.8-507.50.03632771.391197.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
REFMACv5.0精密化
DENZOデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 1.4→31.72 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.965 / SU B: 0.85 / SU ML: 0.034 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.056 / ESU R Free: 0.056 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18762 1626 5 %RANDOM
Rwork0.16959 ---
obs0.17046 30984 92.65 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 19.827 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.44 Å20 Å20 Å2
2---0.92 Å20 Å2
3----1.52 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.4→31.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1086 0 49 111 1246
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0131217
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0181104
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.3031.6961672
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.5111.5952570
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.2915151
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg24.47520.98671
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.69715215
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.761512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1540.2159
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.021347
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02269
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.911.724565
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.8991.718564
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.9472.578714
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.9472.584715
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.5882.281652
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.5642.277648
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.5753.287948
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.98322.6561349
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.82721.9811315
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.4→1.435 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.249 117 -
Rwork0.251 2172 -
obs--89.87 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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