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- PDB-8g8p: F420-2/GTP(GDP) complex of F420-gamma glutamyl ligase (CofE) from... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8g8p
タイトルF420-2/GTP(GDP) complex of F420-gamma glutamyl ligase (CofE) from Archaeoglobus fulgidus
要素Coenzyme F420:L-glutamate ligase
キーワードLIGASE / ligase substrate complex
機能・相同性
機能・相同性情報


coenzyme F420-0:L-glutamate ligase / coenzyme F420-1:gamma-L-glutamate ligase / coenzyme F420-0:L-glutamate ligase activity / coenzyme F420-1:gamma-L-glutamate ligase activity / F420-0 metabolic process / GTP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Coenzyme F420:L-glutamate ligase, archaeal / Coenzyme F420:L-glutamate ligase-like domain / Coenzyme F420:L-glutamate ligase / F420-0:Gamma-glutamyl ligase
類似検索 - ドメイン・相同性
COENZYME F420 / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / : / Coenzyme F420:L-glutamate ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Archaeoglobus fulgidus DSM 4304 (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.83 Å
データ登録者Bashiri, G. / Squire, C.J.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Poly-gamma-glutamylation of biomolecules.
著者: Bashiri, G. / Bulloch, E.M.M. / Bramley, W.R. / Davidson, M. / Stuteley, S.M. / Young, P.G. / Harris, P.W.R. / Naqvi, M.S.H. / Middleditch, M.J. / Schmitz, M. / Chang, W.C. / Baker, E.N. / Squire, C.J.
履歴
登録2023年2月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年2月28日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AAA: Coenzyme F420:L-glutamate ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,4479
ポリマ－27,4241
非ポリマー2,0248
水2,270126
1
AAA: Coenzyme F420:L-glutamate ligase
ヘテロ分子

AAA: Coenzyme F420:L-glutamate ligase
ヘテロ分子


  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, gel filtration and prior crystallographic evidence support the dimer.
  • 58.9 kDa, 2 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,89518
ポリマ－54,8472
非ポリマー4,04816
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_557-x,y,-z+21
Buried area14290 Å2
ΔGint-150 kcal/mol
Surface area17710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.238, 68.238, 91.807
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number91
Space group name H-MP4122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11AAA-504-

HOH

21AAA-508-

HOH

31AAA-525-

HOH

41AAA-526-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 AAA

#1: タンパク質 Coenzyme F420:L-glutamate ligase / Coenzyme F420-0:L-glutamate ligase / Coenzyme F420-1:gamma-L-glutamate ligase / F420:glutamyl ligase


分子量: 27423.568 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Archaeoglobus fulgidus DSM 4304 (古細菌)
遺伝子: cofE, AF_2256 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: O28028, coenzyme F420-0:L-glutamate ligase, coenzyme F420-1:gamma-L-glutamate ligase

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非ポリマー , 7種, 134分子

#2: 化合物 ChemComp-F42 / COENZYME F420 / 補酵素F420


分子量: 773.593 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C29H36N5O18P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#6: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 126 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.88 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 0.8 M ammonium sulfate, 0.1 M citrate pH 4.5, 2 mM GTP, 5 mM Mn2+, 1 mM F420-2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.95372 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95372 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.83→48.3 Å / Num. obs: 19796 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.7 % / CC1/2: 0.998 / Rpim(I) all: 0.039 / Net I/σ(I): 13.7
反射 シェル解像度: 1.83→1.88 Å / Num. unique obs: 990 / CC1/2: 0.599 / Rpim(I) all: 0.333 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.83→48.298 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / SU B: 3.397 / SU ML: 0.104 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.172 / ESU R Free: 0.139 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2191 940 4.753 %
Rwork0.197 18835 -
all0.198 --
obs-19775 99.843 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 28.422 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.031 Å20 Å20 Å2
2---0.031 Å2-0 Å2
3---0.061 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.83→48.298 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1849 0 122 126 2097
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0040.0132134
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0152030
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2761.6652889
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1671.5924676
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7765275
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg22.25220105
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.70915358
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.4711522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0480.2277
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.022559
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02464
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1790.2366
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1670.21871
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1450.2982
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.070.2976
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1250.2116
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1910.225
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1860.2110
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.0910.225
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0592.9321046
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.0542.9311045
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.6554.3971324
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.6544.3991325
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.3013.0981086
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.2263.11062
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.9174.5771560
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.9264.5771542
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it3.20134.0462277
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other3.15533.8862256
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.83-1.8770.271820.2691328X-RAY DIFFRACTION98.1894
1.877-1.9280.277640.2431329X-RAY DIFFRACTION100
1.928-1.9840.235610.2221294X-RAY DIFFRACTION100
1.984-2.0450.273500.2311270X-RAY DIFFRACTION100
2.045-2.1120.234520.2281237X-RAY DIFFRACTION100
2.112-2.1860.226610.2231178X-RAY DIFFRACTION99.8388
2.186-2.2690.267590.2151131X-RAY DIFFRACTION100
2.269-2.3610.284520.2081118X-RAY DIFFRACTION100
2.361-2.4660.224520.2041060X-RAY DIFFRACTION100
2.466-2.5860.2520.2031009X-RAY DIFFRACTION100
2.586-2.7260.263410.225996X-RAY DIFFRACTION100
2.726-2.8910.214480.201916X-RAY DIFFRACTION100
2.891-3.090.303460.199871X-RAY DIFFRACTION100
3.09-3.3370.163300.186822X-RAY DIFFRACTION100
3.337-3.6550.18310.165763X-RAY DIFFRACTION99.8742
3.655-4.0850.18450.174678X-RAY DIFFRACTION100
4.085-4.7140.168450.147604X-RAY DIFFRACTION100
4.714-5.7670.221280.186543X-RAY DIFFRACTION100
5.767-8.1270.299260.207420X-RAY DIFFRACTION100
8.127-48.2980.209150.223268X-RAY DIFFRACTION99.6479

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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