[日本語] English
万見
- PDB-8g83: Structure of NAD+ consuming protein Acinetobacter baumannii TIR domain -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8g83
タイトルStructure of NAD+ consuming protein Acinetobacter baumannii TIR domain
要素NAD(+) hydrolase AbTIR
キーワードHYDROLASE / NADASE / BACTERIAL TIR / cADPR
機能・相同性
機能・相同性情報


NADP+ nucleosidase activity / NAD+ catabolic process / NAD+ nucleosidase activity / ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase / NAD+ nucleosidase activity, cyclic ADP-ribose generating / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素 / signal transduction
類似検索 - 分子機能
TIR domain / Toll - interleukin 1 - resistance / TIR domain profile. / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
2' cyclic ADP-D-ribose synthase AbTIR
類似検索 - 構成要素
生物種Acinetobacter baumannii 1295743 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.03 Å
データ登録者Klontz, E.H. / Wang, Y. / Glendening, G. / Carr, J. / Tsibouris, T. / Buddula, S. / Nallar, S. / Soares, A. / Snyder, G.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)CA191726 米国
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2023
タイトル: The structure of NAD + consuming protein Acinetobacter baumannii TIR domain shows unique kinetics and conformations.
著者: Klontz, E. / Obi, J.O. / Wang, Y. / Glendening, G. / Carr, J. / Tsibouris, C. / Buddula, S. / Nallar, S. / Soares, A.S. / Beckett, D. / Redzic, J.S. / Eisenmesser, E. / Palm, C. / Schmidt, K. ...著者: Klontz, E. / Obi, J.O. / Wang, Y. / Glendening, G. / Carr, J. / Tsibouris, C. / Buddula, S. / Nallar, S. / Soares, A.S. / Beckett, D. / Redzic, J.S. / Eisenmesser, E. / Palm, C. / Schmidt, K. / Scudder, A.H. / Obiorah, T. / Essuman, K. / Milbrandt, J. / Diantonio, A. / Ray, K. / Snyder, M.L.D. / Deredge, D. / Snyder, G.A.
#1: ジャーナル: J.Synchrotron Radiat. / 年: 2022
タイトル: AMX - the highly automated macromolecular crystallography (17-ID-1) beamline at the NSLS-II.
著者: Schneider, D.K. / Soares, A.S. / Lazo, E.O. / Kreitler, D.F. / Qian, K. / Fuchs, M.R. / Bhogadi, D.K. / Antonelli, S. / Myers, S.S. / Martins, B.S. / Skinner, J.M. / Aishima, J. / Bernstein, ...著者: Schneider, D.K. / Soares, A.S. / Lazo, E.O. / Kreitler, D.F. / Qian, K. / Fuchs, M.R. / Bhogadi, D.K. / Antonelli, S. / Myers, S.S. / Martins, B.S. / Skinner, J.M. / Aishima, J. / Bernstein, H.J. / Langdon, T. / Lara, J. / Petkus, R. / Cowan, M. / Flaks, L. / Smith, T. / Shea-McCarthy, G. / Idir, M. / Huang, L. / Chubar, O. / Sweet, R.M. / Berman, L.E. / McSweeney, S. / Jakoncic, J.
履歴
登録2023年2月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年10月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: NAD(+) hydrolase AbTIR
B: NAD(+) hydrolase AbTIR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,8352
ポリマ－40,8352
非ポリマー00
水1267
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1320 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area12290 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)44.200, 76.188, 97.330
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 133 through 167 or (resid 168...
d_2ens_1(chain "B" and (resid 133 through 162 or (resid 163...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1SERARGA2 - 138
d_21ens_1SERARGB1 - 137

NCS oper: (Code: givenMatrix: (-0.29452954917, -0.679219895402, -0.672244507866), (-0.705478956513, -0.319976992651, 0.63238767073), (-0.644633063519, 0.660511209492, -0.384932663661)ベクター: 8. ...NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.29452954917, -0.679219895402, -0.672244507866), (-0.705478956513, -0.319976992651, 0.63238767073), (-0.644633063519, 0.660511209492, -0.384932663661)
ベクター: 8.07126407785, -15.9757435818, 25.4000199479)

-
要素

#1: タンパク質 NAD(+) hydrolase AbTIR / TIR domain-containing protein in A.baumannii / AbTIR


分子量: 20417.607 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii 1295743 (バクテリア)
遺伝子: J512_3302 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: A0A009IHW8, ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.7 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: MIDAS 2-19: 20% v/v Jeffamine M-2070, 2% v/v dimethylsulfoxide

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-1 / 波長: 0.920072 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年9月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.920072 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.03→28.86 Å / Num. obs: 6668 / % possible obs: 98.01 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 63.28 Å2 / CC1/2: 0.997 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.05218 / Rpim(I) all: 0.05218 / Rrim(I) all: 0.0738 / Net I/σ(I): 10.06
反射 シェル解像度: 3.031→3.139 Å / Rmerge(I) obs: 0.308 / Num. unique obs: 639 / CC1/2: 0.793 / CC star: 0.94 / Rpim(I) all: 0.308 / Rrim(I) all: 0.435

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 4LQC

4lqc


解像度: 3.03→28.86 Å / SU ML: 0.4253 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.3279
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2743 343 5.15 %
Rwork0.2276 6321 -
obs0.2302 6664 98.19 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 56.44 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.03→28.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2122 0 0 7 2129
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00582162
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.78842945
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0462350
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006375
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.5778288
Refine LS restraints NCSタイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 0.874862877213 Å
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.03-3.820.29961640.27323092X-RAY DIFFRACTION97.98
3.82-28.860.26331790.20663229X-RAY DIFFRACTION98.38

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る