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万見
- PDB-8g7w: Type I modPKS reducing region -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8g7w
タイトルType I modPKS reducing region
要素Type I PKS module 4, module 5
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / Polyketide synthase / reducing region / modPKS
機能・相同性
機能・相同性情報


macrolide biosynthetic process / phosphopantetheine binding / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / fatty acid biosynthetic process / oxidoreductase activity / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Quinone oxidoreductase/zeta-crystallin, conserved site / Quinone oxidoreductase / zeta-crystallin signature. / Polyketide synthase, docking domain / Erythronolide synthase docking domain / Zinc-binding dehydrogenase / Polyketide synthase dehydratase N-terminal domain / Polyketide synthase, dehydratase domain / PKS_DH / Polyketide synthase, dehydratase domain superfamily / Polyketide synthase, C-terminal extension ...Quinone oxidoreductase/zeta-crystallin, conserved site / Quinone oxidoreductase / zeta-crystallin signature. / Polyketide synthase, docking domain / Erythronolide synthase docking domain / Zinc-binding dehydrogenase / Polyketide synthase dehydratase N-terminal domain / Polyketide synthase, dehydratase domain / PKS_DH / Polyketide synthase, dehydratase domain superfamily / Polyketide synthase, C-terminal extension / PKS_PP_betabranch / Ketoacyl-synthetase C-terminal extension / Polyketide synthase, ketoreductase domain / KR domain / Malonyl-CoA ACP transacylase, ACP-binding / Acyl transferase / Acyl transferase domain / Acyl transferase domain in polyketide synthase (PKS) enzymes. / Acyl transferase domain superfamily / Acyl transferase/acyl hydrolase/lysophospholipase / Polyketide synthase, enoylreductase domain / Enoylreductase / Alcohol dehydrogenase, N-terminal / Alcohol dehydrogenase GroES-like domain / Polyketide synthase, phosphopantetheine-binding domain / Phosphopantetheine attachment site / Beta-ketoacyl synthase / Beta-ketoacyl synthase, active site / Ketosynthase family 3 (KS3) active site signature. / PKS_KR / Polyketide synthase, beta-ketoacyl synthase domain / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal domain / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal domain / GroES-like superfamily / Thiolase-like / Phosphopantetheine attachment site / Phosphopantetheine attachment site. / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / Type I PKS module 4, module 5
類似検索 - 構成要素
生物種Micromonospora chalcea subsp. izumensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者McCullough, T.M. / Smith, J.L.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)R01-DK042303 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P30-GM138396 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35 GM118101 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2023
タイトル: Structure of a modular polyketide synthase reducing region.
著者: McCullough, T.M. / Dhar, A. / Akey, D.L. / Konwerski, J.R. / Sherman, D.H. / Smith, J.L.
履歴
登録2023年2月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年6月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年7月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Type I PKS module 4, module 5
B: Type I PKS module 4, module 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)221,70611
ポリマ－218,9032
非ポリマー2,8039
水362
1
A: Type I PKS module 4, module 5
ヘテロ分子

A: Type I PKS module 4, module 5
ヘテロ分子


  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Gel filtration indicates a monomer:dimer equilibrium for the protein sample. The cannonical DH-DH domain dimer interface is observed from numerous prior excised DH domain structures.
  • 222 kDa, 2 ポリマー
  • Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)222,26110
ポリマ－218,9032
非ポリマー3,3588
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_455y-1/2,x+1/2,-z+1/21
2
B: Type I PKS module 4, module 5
ヘテロ分子

B: Type I PKS module 4, module 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)221,15112
ポリマ－218,9032
非ポリマー2,24710
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation16_555-y+1/2,-x+1/2,-z+1/21
単位格子
Length a, b, c (Å)204.480, 204.480, 251.850
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number98
Space group name H-MI4122
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x,z+3/4
#3: y+1/2,-x,z+3/4
#4: x+1/2,-y,-z+3/4
#5: -x+1/2,y,-z+3/4
#6: -x,-y,z
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z
#9: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#10: -y+1,x+1/2,z+5/4
#11: y+1,-x+1/2,z+5/4
#12: x+1,-y+1/2,-z+5/4
#13: -x+1,y+1/2,-z+5/4
#14: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
#15: y+1/2,x+1/2,-z+1/2
#16: -y+1/2,-x+1/2,-z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Type I PKS module 4, module 5


分子量: 109451.609 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Micromonospora chalcea subsp. izumensis (バクテリア)
遺伝子: juvEIII / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1Z1MZ77
#2: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.77 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Ammonium sulfate, Bis-Tris pH 6.5 / PH範囲: 6.5 - 7.4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年12月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.4→48.8 Å / Num. obs: 36840 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 27.4 % / Biso Wilson estimate: 128.65 Å2 / CC1/2: 0.99 / CC star: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.2 / Net I/σ(I): 14
反射 シェル解像度: 3.4→3.58 Å / 冗長度: 27.9 % / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / Num. unique obs: 3424 / CC1/2: 0.48 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Cootモデル構築
PHENIX1.15.2-3472精密化
ISOLDE精密化
REFMAC5精密化
PHENIX位相決定
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.4→31.481 Å / SU ML: 0.47 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.23 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2607 1796 4.88 %
Rwork0.231 --
obs0.2325 36840 99.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.4→31.481 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15333 0 175 2 15510
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00415862
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.89121732
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d24.1039251
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0512481
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0062886
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.4001-3.49190.35151430.33572633X-RAY DIFFRACTION100
3.4919-3.59450.30211230.30212667X-RAY DIFFRACTION100
3.5945-3.71030.32251220.30112683X-RAY DIFFRACTION100
3.7103-3.84270.29971520.29042642X-RAY DIFFRACTION100
3.8427-3.99630.30421440.28322673X-RAY DIFFRACTION100
3.9963-4.17780.29431490.26282665X-RAY DIFFRACTION100
4.1778-4.39750.33021280.23912673X-RAY DIFFRACTION100
4.3975-4.67220.27031430.22982686X-RAY DIFFRACTION100
4.6722-5.03160.28611380.22292681X-RAY DIFFRACTION100
5.0316-5.53550.25631260.23732705X-RAY DIFFRACTION100
5.5355-6.33080.29261450.25282712X-RAY DIFFRACTION100
6.3308-7.95480.2631450.22652748X-RAY DIFFRACTION100
7.9548-31.4810.17521380.16912876X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.9753-0.24830.09866.58690.94854.0937-0.1718-0.92191.03370.80830.5397-0.1912-0.8648-0.7661-0.27351.4960.46330.21961.4742-0.45311.3541-30.576144.693678.3848
21.3954-0.45070.28593.35641.27982.3008-0.203-0.5164-0.12860.59370.14670.3168-0.0842-0.12110.01280.82850.17160.21840.98040.1090.9363-27.62678.482853.881
33.0586-0.5352-1.30441.08130.14561.620.0208-0.08440.48090.06620.0267-0.139-0.28440.0145-0.0930.66560.0212-0.10270.4681-0.07290.80880.398417.223927.0928
43.34570.71320.1325.5087-1.29677.0775-0.2466-0.69571.31680.67390.43390.4844-1.015-0.6034-0.18280.95580.22860.03110.6738-0.23991.2361-20.744424.859347.5727
56.78081.17252.50585.06460.5555.0751-0.2241-0.49280.77590.35040.4644-1.0859-0.45310.3584-0.08370.89710.0804-0.320.7609-0.52431.537636.319739.656347.5269
61.28670.4092-0.23150.8793-0.06950.50590.0741-1.33490.39590.8639-0.0603-0.0156-0.25340.09-0.05411.76280.4079-0.22192.1874-0.37561.046910.443614.861290.5731
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2478 through 2732 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 2733 through 2908 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 2909 through 3438 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 3439 through 3541 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 2477 through 2732 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 2733 through 3541 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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