PDB-8g7h: Crystal Structure of FosB from Bacillus cereus with Zinc and (1-h...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8g7h

タイトル

Crystal Structure of FosB from Bacillus cereus with Zinc and (1-hydroxypropan-2-yl)phosphonic acid

要素

Metallothiol transferase FosB

キーワード

TRANSFERASE / FosB / inhibitor / homodimer / bacillithiol-S-transferase

機能・相同性

機能・相同性情報

transferase activity, transferring alkyl or aryl (other than methyl) groups / 転移酵素; メチル基以外のアルキル基またはアリル基を移すもの; - / response to antibiotic / magnesium ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus cereus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.81 Å

データ登録者

Travis, S. / Pang, A.H. / Tsodikov, O.V. / Garneau-Tsodikova, S. / Thompson, M.K.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Rsc Med Chem / 年: 2023
タイトル: Identification and analysis of small molecule inhibitors of FosB from Staphylococcus aureus.
著者: Travis, S. / Green, K.D. / Thamban Chandrika, N. / Pang, A.H. / Frantom, P.A. / Tsodikov, O.V. / Garneau-Tsodikova, S. / Thompson, M.K.

履歴

登録	2023年2月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年6月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月25日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8g7h.cif.gz	83.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8g7h.ent.gz	59.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8g7h.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g7/8g7h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g7/8g7h	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8e7qC 8e7rC 8g7fC 8g7gC 8g7iC 4jh6S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Metallothiol transferase FosB

B: Metallothiol transferase FosB

ヘテロ分子

33.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	64.233, 68.210, 69.826
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Metallothiol transferase FosB / Fosfomycin resistance protein 分子量: 16488.484 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus cereus (バクテリア) / 遺伝子: fosB, BCE_2111 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q739M9, 転移酵素; メチル基以外のアルキル基またはアリル基を移すもの; -

#1: タンパク質

Metallothiol transferase FosB / Fosfomycin resistance protein

分子量: 16488.484 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Bacillus cereus (バクテリア) / 遺伝子: fosB, BCE_2111 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q739M9, 転移酵素; メチル基以外のアルキル基またはアリル基を移すもの; -

-
非ポリマー , 6種, 284分子

#2: 化合物	ChemComp-YRQ / [(2S)-1-hydroxypropan-2-yl]phosphonic acid 分子量: 140.075 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₉O₄P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID 分子量: 46.025 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂
#4: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION 分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: Mg
#6: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₃H₈O₃
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 270 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.24 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: Protein solution (10 mg/mL FosB in 20 mM HEPES buffer, pH 7.5 and 5 mM inhibitor) and reservoir solution (75 mM Mg formate and 14% (w/v) PEG 3350) were mixed in a Hampton Research VDX plate ...詳細: Protein solution (10 mg/mL FosB in 20 mM HEPES buffer, pH 7.5 and 5 mM inhibitor) and reservoir solution (75 mM Mg formate and 14% (w/v) PEG 3350) were mixed in a Hampton Research VDX plate using a 2:3 ratio of protein:reservoir solutions. Cryoprotected in its reservoir solution with 20% glycerol added prior to rapid freezing in liquid nitrogen

結晶

マシュー密度: 2.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.24 %

結晶化

温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Protein solution (10 mg/mL FosB in 20 mM HEPES buffer, pH 7.5 and 5 mM inhibitor) and reservoir solution (75 mM Mg formate and 14% (w/v) PEG 3350) were mixed in a Hampton Research VDX plate ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年9月26日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.81→50 Å / Num. obs: 28683 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 10.7 % / CC_1/2: 0.994 / CC star: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.138 / R_pim(I) all: 0.044 / R_rim(I) all: 0.145 / Χ²: 0.626 / Net I/σ(I): 4.1 / Num. measured all: 306631

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.81-1.84	9.5	0.785	1409	0.841	0.956	0.263	0.829	0.416	100
1.84-1.87	9.9	0.724	1411	0.856	0.96	0.238	0.763	0.439	99.9
1.87-1.91	10	0.646	1400	0.892	0.971	0.211	0.681	0.449	99.9
1.91-1.95	9.9	0.565	1432	0.907	0.975	0.187	0.596	0.491	99.8
1.95-1.99	9.3	0.484	1385	0.929	0.981	0.165	0.513	0.502	99.8
1.99-2.04	11.2	0.44	1407	0.954	0.988	0.137	0.461	0.525	100
2.04-2.09	11.4	0.403	1413	0.958	0.989	0.124	0.422	0.568	100
2.09-2.15	11.6	0.348	1423	0.966	0.991	0.107	0.364	0.553	100
2.15-2.21	11.4	0.305	1437	0.974	0.993	0.094	0.319	0.577	100
2.21-2.28	11.3	0.279	1400	0.977	0.994	0.087	0.293	0.612	99.9
2.28-2.36	11.2	0.236	1428	0.984	0.996	0.074	0.248	0.637	100
2.36-2.46	11.1	0.218	1417	0.983	0.996	0.068	0.229	0.623	99.9
2.46-2.57	10.8	0.198	1436	0.988	0.997	0.063	0.209	0.651	100
2.57-2.7	10.4	0.163	1438	0.99	0.997	0.053	0.171	0.677	99.9
2.7-2.87	9.4	0.127	1421	0.993	0.998	0.043	0.134	0.686	99.9
2.87-3.09	11.7	0.11	1442	0.995	0.999	0.034	0.115	0.78	100
3.09-3.41	11.6	0.09	1458	0.997	0.999	0.027	0.094	0.871	100
3.41-3.9	11.4	0.071	1462	0.998	0.999	0.022	0.074	0.921	99.9
3.9-4.91	10.7	0.054	1488	0.999	1	0.017	0.057	0.773	99.9
4.91-50	9.9	0.048	1576	0.999	1	0.016	0.051	0.618	99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0405	精密化
SCALEPACK	8.0.007	データスケーリング
PHASER	8.0.004	位相決定
HKL-2000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4JH6

4jh6

解像度: 1.81→48.793 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.966 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.952 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.115 / ESU R Free: 0.107 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1852	1462	5.107 %	RANDOM
R_work	0.1543	27164	-	-
all	0.156	-	-	-
obs	-	28626	99.725 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.454 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.002 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.004 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.002 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.81→48.793 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2324	0	47	270	2641

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.012	2471
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	2231
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.52	1.659	3329
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.832	1.587	5136
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.897	5	285
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	5.582	5	20
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.282	10	429
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	17.519	10	147
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.079	0.2	345
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	2949
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.012	0.02	627
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.231	0.2	448
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.21	0.2	2121
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.193	0.2	1159
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.084	0.2	1279
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.163	0.2	223
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.19	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.115	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.212	0.2	28
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.207	0.2	64
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.158	0.2	30
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.603	1.848	1127
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.602	1.85	1128
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.187	3.31	1412
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.187	3.312	1413
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.835	2.273	1344
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.834	2.274	1345
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.495	3.965	1914
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.493	3.966	1915
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.454	25.528	2877
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.342	24.607	2802

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.81-1.855	0.287	128	0.267	1888	X-RAY DIFFRACTION	97.2504
1.855-1.906	0.213	90	0.213	1942	X-RAY DIFFRACTION	99.9508
1.906-1.961	0.183	98	0.182	1879	X-RAY DIFFRACTION	99.7477
1.961-2.021	0.176	115	0.165	1823	X-RAY DIFFRACTION	100
2.021-2.087	0.224	91	0.152	1760	X-RAY DIFFRACTION	100
2.087-2.16	0.185	79	0.145	1747	X-RAY DIFFRACTION	100
2.16-2.242	0.195	91	0.143	1646	X-RAY DIFFRACTION	100
2.242-2.333	0.168	88	0.134	1604	X-RAY DIFFRACTION	100
2.333-2.437	0.149	87	0.131	1547	X-RAY DIFFRACTION	100
2.437-2.555	0.186	97	0.139	1442	X-RAY DIFFRACTION	99.9351
2.555-2.693	0.211	82	0.148	1400	X-RAY DIFFRACTION	99.9326
2.693-2.856	0.161	72	0.152	1325	X-RAY DIFFRACTION	99.857
2.856-3.052	0.177	51	0.139	1282	X-RAY DIFFRACTION	100
3.052-3.296	0.175	61	0.149	1163	X-RAY DIFFRACTION	100
3.296-3.609	0.159	50	0.145	1114	X-RAY DIFFRACTION	100
3.609-4.032	0.187	57	0.137	984	X-RAY DIFFRACTION	100
4.032-4.65	0.148	53	0.122	877	X-RAY DIFFRACTION	99.7854
4.65-5.683	0.196	24	0.16	768	X-RAY DIFFRACTION	99.8739
5.683-7.983	0.246	35	0.207	600	X-RAY DIFFRACTION	99.686
7.983-48.793	0.201	13	0.223	373	X-RAY DIFFRACTION	98.2188

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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