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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8g6c | ||||||
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タイトル | GTP Cyclohydrolase-IB with manganese | ||||||
![]() | GTP cyclohydrolase FolE2 | ||||||
![]() | HYDROLASE / Cyclohydrolase / GTP / manganese / fole2 | ||||||
機能・相同性 | : / GTP cyclohydrolase FolE2/MptA / GTP cyclohydrolase FolE2 / Type I GTP cyclohydrolase folE2 / GTP cyclohydrolase I / GTP cyclohydrolase I activity / : / GTP cyclohydrolase FolE2![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | McWhorter, K.L. / Amaya Lopez, C.Y. / Davis, K.M. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Combatting melioidosis with chemical synthetic lethality 著者: Zhang, Y. / McWhorter, K.L. / Rosen, P. / Klaus, J. / Gallant, E. / Amaya Lopez, C.Y. / Jhunjhunwala, R. / Chandler, J. / Davis, K.M. / Seyedsayamdost, M.R. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr D Biol Crystallogr / 年: 2012 タイトル: Towards automated crystallographic structure refinement with phenix.refine. 著者: Afonine, P.V. / Grosse-Kunstleve, R.W. / Echols, N. / Headd, J.J. / Moriarty, N.W. / Mustyakimov, M. / Terwilliger, T.C. / Urzhumtsev, A. / Zwart, P.H. / Adams, P.D. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 114.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 表示 | ![]() | |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 457.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 463.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 20 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 26.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8g8vC ![]() 8tccC C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33811.340 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: folE2 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-EDO / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.11 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.1 M NaCl, 0.1 M BIS TRIS, 1.3 - 1.7 M ammonium sulfate PH範囲: 6.3-6.8 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2021年10月20日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97857 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.82→41.57 Å / Num. obs: 14120 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 20.6 % / Biso Wilson estimate: 47.92 Å2 / CC1/2: 0.984 / CC star: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.2693 / Rpim(I) all: 0.06028 / Rrim(I) all: 0.2761 / Net I/σ(I): 16.02 |
反射 シェル | 解像度: 2.82→2.921 Å / 冗長度: 13 % / Rmerge(I) obs: 1.397 / Mean I/σ(I) obs: 1.73 / Num. unique obs: 1357 / CC1/2: 0.672 / CC star: 0.896 / Rpim(I) all: 0.395 / Rrim(I) all: 1.453 / % possible all: 97.07 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 43.48 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.82→41.57 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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