PDB-8g5u: Crystal structure of TnmK2 complexed with TNM B

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8g5u

タイトル

Crystal structure of TnmK2 complexed with TNM B

要素

TnmK2

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / Biosynthesis / Natural Product / Tiancimycin / Enediyne

機能・相同性

Peptidase S33 tripeptidyl aminopeptidase-like, C-terminal / TAP-like protein / : / alpha/beta hydrolase fold / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold / hydrolase activity / Chem-9VG / Secreted hydrolase

機能・相同性情報

生物種

Streptomyces sp. CB03234 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.804 Å

データ登録者

Liu, Y.-C. / Gui, C. / Shen, B.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2024
タイトル: Cofactorless oxygenases guide anthraquinone-fused enediyne biosynthesis.
著者: Gui, C. / Kalkreuter, E. / Liu, Y.C. / Li, G. / Steele, A.D. / Yang, D. / Chang, C. / Shen, B.

履歴

登録	2023年2月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年10月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月22日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2024年2月14日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8g5u.cif.gz	736.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8g5u.ent.gz	616.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8g5u.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8g5u_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8g5u_full_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示
XML形式データ	8g5u_validation.xml.gz	88.3 KB	表示
CIF形式データ	8g5u_validation.cif.gz	133.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g5/8g5u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g5/8g5u	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8g5sC 8g5tC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (2) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (2)

登録構造単位

A: TnmK2

B: TnmK2

C: TnmK2

D: TnmK2

ヘテロ分子

216 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: TnmK2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
54.1 kDa, 1 ポリマー
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2

B: TnmK2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
54.1 kDa, 1 ポリマー
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3

C: TnmK2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
54.1 kDa, 1 ポリマー
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4

D: TnmK2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
54.1 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	134.110, 134.110, 355.757
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-1194- HOH
2	1	A-1196- HOH
3	1	A-1197- HOH
4	1	B-1186- HOH
5	1	B-1189- HOH
6	1	B-1191- HOH

#1: タンパク質	TnmK2 分子量: 53578.359 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces sp. CB03234 (バクテリア) 遺伝子: tnmK2, AMK26_32040 / 発現宿主: Streptomyces lividans (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A125SA15
#2: 化合物	ChemComp-9VG / methyl (2E)-3-[(1aS,11S,11aS,14Z,18R)-3,18-dihydroxy-4,9-dioxo-4,9,10,11-tetrahydro-11aH-11,1a-hept[3]ene[1,5]diynonaphtho[2,3-h]oxireno[c]quinolin-11a-yl]but-2-enoate 分子量: 493.464 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₉H₁₉NO₇ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 2023 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.87 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.19 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2 M calcium acetate, 0.1 M imidazole/HCl, pH 8.0, 20% w/v PEG 1000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→30 Å / Num. obs: 217453 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.3 % / CC_1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 27.9
反射シェル	解像度: 1.8→1.84 Å / Num. unique obs: 10962 / CC_1/2: 0.658

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(dev_2689: ???)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.804→29.646 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 22.06 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2158	11332	5.21 %
R_work	0.189	-	-
obs	0.1904	217453	98.99 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.804→29.646 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14860	0	148	2023	17031

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	15511
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.823	21240
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.328	9222
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.047	2307
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	2820

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.804-1.8245	0.3121	323	0.2741	5974	X-RAY DIFFRACTION	86
1.8245-1.846	0.3116	346	0.2736	6540	X-RAY DIFFRACTION	95
1.846-1.8685	0.2825	345	0.258	6700	X-RAY DIFFRACTION	96
1.8685-1.8921	0.2608	387	0.2444	6747	X-RAY DIFFRACTION	97
1.8921-1.917	0.2912	417	0.2441	6883	X-RAY DIFFRACTION	100
1.917-1.9433	0.2676	390	0.2395	6932	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9433-1.971	0.2754	383	0.2334	6941	X-RAY DIFFRACTION	100
1.971-2.0004	0.2431	372	0.2278	6918	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0004-2.0317	0.2785	396	0.2285	6931	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0317-2.065	0.2683	384	0.2229	6888	X-RAY DIFFRACTION	100
2.065-2.1006	0.2526	363	0.2133	6980	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1006-2.1388	0.257	408	0.2151	6920	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1388-2.1799	0.2435	407	0.2115	6881	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1799-2.2244	0.2565	439	0.2048	6845	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2244-2.2727	0.2226	386	0.1962	6975	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2727-2.3256	0.2324	376	0.1996	6886	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3256-2.3837	0.2036	388	0.1907	6948	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3837-2.4481	0.2203	393	0.1919	6949	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4481-2.5201	0.2001	325	0.179	6980	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5201-2.6014	0.2231	379	0.1864	6915	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6014-2.6943	0.2158	294	0.1814	7012	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6943-2.8021	0.1878	339	0.1755	6976	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8021-2.9296	0.2035	361	0.1782	6958	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9296-3.0839	0.202	392	0.1829	6924	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0839-3.2768	0.2199	390	0.1754	6916	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2768-3.5295	0.2037	382	0.1779	6974	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5295-3.884	0.1867	445	0.1665	6830	X-RAY DIFFRACTION	100
3.884-4.4444	0.196	357	0.1497	6955	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4444-5.5933	0.1593	422	0.1553	6900	X-RAY DIFFRACTION	100
5.5933-29.646	0.1827	343	0.1834	6943	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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