PDB-8g53: Crystal structure of a bacterial TPAT family transporter

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8g53

タイトル

Crystal structure of a bacterial TPAT family transporter

要素

TPR_REGION domain-containing protein

キーワード

LIPID BINDING PROTEIN / Transporter / sterols

機能・相同性

Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Tetratricopeptide repeat protein

機能・相同性情報

生物種

Enhygromyxa salina (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.03 Å

データ登録者

Dassama, L.M.K. / Zhai, L.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Chembiochem / 年: 2023
タイトル: Structures and Mechanisms of a Novel Bacterial Transport System for Fatty Acids.
著者: Zhai, L. / Chou, J.C. / Oo, H. / Dassama, L.M.K.

履歴

登録	2023年2月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年5月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年8月9日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.title ..._citation.journal_volume / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2023年9月20日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model Item: _pdbx_initial_refinement_model.type

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb8g53.ent.gz	90.3 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8g53_validation.pdf.gz	246.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
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CIF形式データ	8g53_validation.cif.gz	4.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g5/8g53 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g5/8g53	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8g52C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: TPR_REGION domain-containing protein

22.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	52.945, 59.029, 62.543
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	TPR_REGION domain-containing protein 分子量: 22598.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Enhygromyxa salina (バクテリア) / 遺伝子: DB30_08039 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0C1ZR44
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 330 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.12 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2 M Lithium Sulfate 0.1 M Tris: HCl, pH 8.5 1.26 M Ammonium Sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年10月30日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.03→33.34 Å / Num. obs: 91316 / % possible obs: 93.73 % / 冗長度: 8.3 % / B_iso Wilson estimate: 10.92 Å² / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 26.55
反射シェル	解像度: 1.03→1.067 Å / Num. unique obs: 5924 / CC_1/2: 0.784

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解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.03→33.34 Å / SU ML: 0.0971 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 位相誤差: 17.1228
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1829	4564	5 %
R_work	0.1651	86941	-
obs	-	91316	93.73 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 15.51 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.03→33.34 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1358	0	0	330	1688

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0102	1376
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.059	1868
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0778	213
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0118	253
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	4.3865	202

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.03-1.04	0.3236	76	0.3294	1450	X-RAY DIFFRACTION	47.72
1.04-1.05	0.2853	99	0.278	1874	X-RAY DIFFRACTION	60.84
1.05-1.06	0.2886	110	0.2544	2094	X-RAY DIFFRACTION	67.92
1.06-1.08	0.2428	125	0.2306	2379	X-RAY DIFFRACTION	77.4
1.08-1.09	0.2022	136	0.205	2582	X-RAY DIFFRACTION	84.73
1.09-1.11	0.2262	150	0.1971	2829	X-RAY DIFFRACTION	91.49
1.11-1.12	0.203	156	0.1841	2963	X-RAY DIFFRACTION	96.06
1.12-1.14	0.1694	156	0.1807	2970	X-RAY DIFFRACTION	97.14
1.14-1.16	0.1814	158	0.175	2992	X-RAY DIFFRACTION	97.4
1.16-1.18	0.179	159	0.1731	3027	X-RAY DIFFRACTION	98.09
1.18-1.2	0.1823	157	0.1795	2978	X-RAY DIFFRACTION	97.79
1.2-1.22	0.1856	161	0.1821	3051	X-RAY DIFFRACTION	98.47
1.22-1.24	0.1818	159	0.1925	3022	X-RAY DIFFRACTION	98.36
1.24-1.27	0.2132	161	0.1742	3051	X-RAY DIFFRACTION	98.44
1.27-1.29	0.1738	160	0.1643	3050	X-RAY DIFFRACTION	98.8
1.29-1.32	0.1649	161	0.1575	3057	X-RAY DIFFRACTION	98.83
1.32-1.36	0.1994	160	0.1591	3042	X-RAY DIFFRACTION	98.67
1.36-1.39	0.1966	162	0.1566	3070	X-RAY DIFFRACTION	98.87
1.39-1.44	0.1691	160	0.1605	3041	X-RAY DIFFRACTION	98.25
1.44-1.48	0.1541	162	0.1523	3078	X-RAY DIFFRACTION	99.42
1.48-1.53	0.1575	161	0.1534	3054	X-RAY DIFFRACTION	99.35
1.53-1.6	0.1459	164	0.1466	3132	X-RAY DIFFRACTION	99.67
1.6-1.67	0.1466	162	0.1455	3067	X-RAY DIFFRACTION	99.35
1.67-1.76	0.1748	162	0.1572	3077	X-RAY DIFFRACTION	97.88
1.76-1.87	0.1817	163	0.1606	3099	X-RAY DIFFRACTION	99.57
1.87-2.01	0.2108	164	0.1635	3119	X-RAY DIFFRACTION	99.85
2.01-2.21	0.1795	166	0.1522	3162	X-RAY DIFFRACTION	99.85
2.21-2.53	0.1653	165	0.1536	3131	X-RAY DIFFRACTION	98.86
2.53-3.19	0.1929	168	0.1693	3183	X-RAY DIFFRACTION	99.67
3.19-33.34	0.1889	174	0.1705	3317	X-RAY DIFFRACTION	99.09

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.36363404816	1.22880645908	-1.74618378831	1.45116081147	-1.51646103733	2.13699324188	0.0239011326978	0.155824445173	0.0941704726288	0.00953149207322	0.0799732607064	0.0481710720872	-0.0183936044327	-0.0561746543584	-0.0857257245828	0.119562801497	-0.0224860700776	0.00794222920535	0.115496321417	-0.00359524995424	0.0894430216594	-2.55778065596	8.04533466261	18.4634526905
2	0.481696173476	0.167794015466	-1.14649278376	0.733331881508	-0.821337598279	4.67875602858	0.0785319172206	0.00280580714125	0.108874019633	0.0370217754875	-0.00524252980285	0.0109062921571	-0.298896466102	-0.0036928205037	-0.0762598376711	0.122834452918	-0.00838220618183	0.0053394919862	0.0971290051242	-0.000728489281446	0.118898461589	-10.2306391321	12.7645490722	18.6254496578
3	4.02829308413	-1.84820073129	-1.39429033407	3.9655532568	4.01347059185	4.13406775925	0.0218584808993	0.249666449928	0.049284717364	-0.450556001225	0.0509495441423	-0.177592774106	-0.364445200505	0.0836247288162	-0.0309519375897	0.150985316463	-0.0398065688905	0.00448498304084	0.147441332205	0.00844040225124	0.119447474892	-0.0938505261874	9.92984845147	2.92759015781
4	3.04568490539	-0.849922812804	-0.849304397217	0.644167858434	0.245128022041	1.41424582011	-0.0360644545663	-0.0756791817054	-0.133496360726	-0.013340601026	-0.00548599182984	0.0998954140095	-0.091461843899	-0.00300946030506	0.0390156200099	0.0974139742393	-0.00144337007302	-0.0111495211681	0.0848568658787	-0.00154536984089	0.102191625185	-12.9021775599	5.82914986501	12.5179682894
5	3.40760202745	-0.41830745903	-0.649642619023	1.56241112875	0.485701633289	1.54764483324	-0.0501439275544	0.0532792414077	0.0056227169932	-0.069304570622	0.00377685033983	0.0770851032794	-0.0999677870435	-0.0243564798318	0.0386406859955	0.104448624471	-0.00578642677028	-0.0120311878454	0.0872053829153	0.00106583422974	0.0735585407186	-11.9725556163	3.77406523749	3.35446355653
6	2.73929929842	-0.319765435753	0.111144296191	1.66126346724	0.130930975305	1.18973992966	0.0396838032059	0.0459711458793	0.0542644172983	-0.0920344313285	-0.03880061564	0.0855059945186	-0.0271330596724	-0.0544098341516	-0.0059785372832	0.0892635493317	0.00356736385981	-0.00189732543596	0.0681216139663	0.00384844785637	0.081496554674	-15.8501005004	-3.08309633148	6.73810585226
7	3.82638362163	-1.59235672846	1.08297351555	3.88183449907	-0.960966601427	3.50367804372	0.0120653945378	0.168240003963	-0.0557549236614	-0.146106625672	0.0265824702463	0.231061037289	0.225310408889	-0.169191810337	-0.0304827523376	0.122226338619	-0.00766544028108	-0.010874914561	0.0928211869116	0.00172972748231	0.0846115315177	-16.3975290534	-12.0094661456	4.47663279889
8	4.00373685964	-0.687968533984	-0.579434890756	1.49459549638	0.0115136540923	1.41564825663	-0.045782240239	-0.0497787668088	-0.0207034839706	-0.0271502738694	0.0408187249927	0.0188199656804	0.109896067655	-0.000280905170276	0.000757327681281	0.0950160825133	0.00160004099363	-0.000921008505191	0.0810374295775	0.00478938848161	0.080924271673	-13.7259735306	-13.518332611	13.3053846877
9	2.06395789782	0.310976301714	0.30907260237	0.908408510399	0.10351744855	0.890345203804	0.0029233333843	-0.00189226496699	-0.2255246539	0.0159105332263	0.0219127434315	0.0729332287125	0.163905656152	-0.0998147844191	-0.0222230519152	0.104107809018	-0.0131932731868	0.00560880094718	0.0908966656089	3.06112846114E-5	0.118587778615	-16.1246948008	-17.6926239146	18.0271926736
10	4.16736719763	2.37568959128	-0.456104670796	3.33731686188	-0.104888684355	2.12380124039	0.0793530140863	0.0590530311033	0.172260355324	0.131184165531	-0.0233830859688	0.302822605347	0.114018850896	-0.258394596169	-0.0510183511399	0.101666913434	-0.0114391384042	0.0136588026909	0.1161957013	-0.00393833740295	0.101872993885	-16.7269682699	-10.3043014343	24.4047590937
11	7.25123278443	-3.43143564157	-0.0914533339244	6.69358197255	0.949864969688	1.17010165626	0.270315292729	-0.573777101836	-0.226035373762	0.613387428283	-0.52409202534	-0.387288103347	0.0862393635242	0.0452670115591	0.246639207275	0.222386104988	-0.134128369706	-0.0424627361836	0.304905711838	0.116233432411	0.278387219267	-21.7047922747	-22.3240978624	25.5313103692

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 29 through 47 )	29 - 47	1 - 19
2	2	chain 'A' and (resid 48 through 64 )	48 - 64	20 - 36
3	3	chain 'A' and (resid 65 through 70 )	65 - 70	37 - 42
4	4	chain 'A' and (resid 71 through 92 )	71 - 92	43 - 64
5	5	chain 'A' and (resid 93 through 112 )	93 - 112	65 - 84
6	6	chain 'A' and (resid 113 through 137 )	113 - 137	85 - 109
7	7	chain 'A' and (resid 138 through 151 )	138 - 151	110 - 123
8	8	chain 'A' and (resid 152 through 168 )	152 - 168	124 - 140
9	9	chain 'A' and (resid 169 through 190 )	169 - 190	141 - 162
10	10	chain 'A' and (resid 191 through 203 )	191 - 203	163 - 175
11	11	chain 'A' and (resid 204 through 212 )	204 - 212	176 - 184

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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