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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8g52 | ||||||
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Title | Crystal structure of a bacterial TPAT family transporter | ||||||
![]() | TPR_REGION domain-containing protein | ||||||
![]() | LIPID BINDING PROTEIN / TPAT family / lipid / transport | ||||||
Function / homology | TRAP transporter T-component / TRAP transporter T-component superfamily / TRAP transporter T-component / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / PALMITIC ACID / Lipoprotein![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Dassama, L.M.K. / Zhai, L. | ||||||
Funding support | 1items
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![]() | ![]() Title: Structures and Mechanisms of a Novel Bacterial Transport System for Fatty Acids. Authors: Zhai, L. / Chou, J.C. / Oo, H. / Dassama, L.M.K. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 392.4 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 270 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 737 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 740.8 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 23.4 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 33.2 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 8g53C C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
| ||||||||||||
2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 36013.410 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.87 Å3/Da / Density % sol: 34.06 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 30 % (w/v) PEG 3000, 0.1 M Tris: HCl, pH 7,0.2 M sodium chloride |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Jul 22, 2022 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97946 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.88→38.19 Å / Num. obs: 42298 / % possible obs: 98.11 % / Redundancy: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 32.65 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 16.43 |
Reflection shell | Resolution: 1.88→1.947 Å / Num. unique obs: 4283 / CC1/2: 0.797 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 47.68 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.88→38.19 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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