[日本語] English
万見
- PDB-8g4y: Structure of ZNRF3 ECD bound to peptide MK1-3.6.10 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8g4y
タイトルStructure of ZNRF3 ECD bound to peptide MK1-3.6.10
要素
  • E3 ubiquitin-protein ligase ZNRF3
  • MK1-3.6.10
キーワードLIGASE / ubiquitin ligase / Wnt signal / cell surface / CKP
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of Wnt signaling pathway, planar cell polarity pathway / Wnt receptor catabolic process / negative regulation of non-canonical Wnt signaling pathway / frizzled binding / limb development / Regulation of FZD by ubiquitination / stem cell proliferation / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / RING-type E3 ubiquitin transferase / Wnt signaling pathway ...regulation of Wnt signaling pathway, planar cell polarity pathway / Wnt receptor catabolic process / negative regulation of non-canonical Wnt signaling pathway / frizzled binding / limb development / Regulation of FZD by ubiquitination / stem cell proliferation / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / RING-type E3 ubiquitin transferase / Wnt signaling pathway / ubiquitin-protein transferase activity / ubiquitin protein ligase activity / ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein ubiquitination / zinc ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
E3 ubiquitin-protein ligase ZNRF3, Zinc finger, RING-type / ZNRF-3, ectodomain / ZNRF-3 Ectodomain / : / Ring finger domain / Ring finger / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type
類似検索 - ドメイン・相同性
E3 ubiquitin-protein ligase ZNRF3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.41 Å
データ登録者Harris, S.F. / Wu, P.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Cell Chem Biol / 年: 2024
タイトル: Potent and selective binders of the E3 ubiquitin ligase ZNRF3 stimulate Wnt signaling and intestinal organoid growth.
著者: Kschonsak, Y.T. / Gao, X. / Miller, S.E. / Hwang, S. / Marei, H. / Wu, P. / Li, Y. / Ruiz, K. / Dorighi, K. / Holokai, L. / Perampalam, P. / Tsai, W.K. / Kee, Y.S. / Agard, N.J. / Harris, S.F. ...著者: Kschonsak, Y.T. / Gao, X. / Miller, S.E. / Hwang, S. / Marei, H. / Wu, P. / Li, Y. / Ruiz, K. / Dorighi, K. / Holokai, L. / Perampalam, P. / Tsai, W.K. / Kee, Y.S. / Agard, N.J. / Harris, S.F. / Hannoush, R.N. / de Sousa E Melo, F.
履歴
登録2023年2月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年12月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年7月3日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.year
改定 1.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: E3 ubiquitin-protein ligase ZNRF3
B: MK1-3.6.10


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,1622
ポリマ－24,1622
非ポリマー00
水2,540141
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)135.551, 35.226, 48.856
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 109.11, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質 E3 ubiquitin-protein ligase ZNRF3 / RING finger protein 203 / RING-type E3 ubiquitin transferase ZNRF3 / Zinc/RING finger protein 3


分子量: 19703.002 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ZNRF3, KIAA1133, RNF203
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: Q9ULT6, RING-type E3 ubiquitin transferase
#2: タンパク質・ペプチド MK1-3.6.10


分子量: 4459.187 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 141 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.07 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 0.1 M sodium citrate pH 4.5, 20% PEG 4000 plus silver bullet A5 (Hampton Research)

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 2.0.1 / 波長: 1.036 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年5月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.036 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.41→46.16 Å / Num. obs: 35592 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 5 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Rpim(I) all: 0.028 / Rrim(I) all: 0.062 / Χ2: 0.89 / Net I/σ(I): 14.4
反射 シェル解像度: 1.55→1.64 Å / % possible obs: 96.7 % / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.748 / Num. measured all: 22697 / Num. unique obs: 4445 / CC1/2: 0.782 / Rpim(I) all: 0.366 / Rrim(I) all: 0.834 / Χ2: 0.72 / Net I/σ(I) obs: 2.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
Aimlessデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.41→32.02 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 27.4 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2361 1715 4.82 %
Rwork0.2134 --
obs0.2145 35592 84.24 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.41→32.02 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1498 0 0 141 1639
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.916
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.252590
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.087228
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009279
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.41-1.450.4176270.4558632X-RAY DIFFRACTION19
1.45-1.50.428900.37371679X-RAY DIFFRACTION51
1.5-1.550.34711300.31522375X-RAY DIFFRACTION72
1.55-1.620.30181590.27293051X-RAY DIFFRACTION92
1.62-1.690.2721620.24683207X-RAY DIFFRACTION97
1.69-1.780.25481550.23313260X-RAY DIFFRACTION97
1.78-1.890.2771820.22853227X-RAY DIFFRACTION97
1.89-2.040.25621420.23043283X-RAY DIFFRACTION97
2.04-2.240.24112090.20983228X-RAY DIFFRACTION98
2.24-2.560.22981490.21253318X-RAY DIFFRACTION98
2.57-3.230.21621510.21063355X-RAY DIFFRACTION98
3.23-32.020.20941590.18663262X-RAY DIFFRACTION94

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る