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- PDB-8g4p: Crystal structure of the peanut allergen Ara h 2 bound by two neu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8g4p
タイトルCrystal structure of the peanut allergen Ara h 2 bound by two neutralizing antibodies 13T1 and 13T5
要素
  • 13T1 Fab light chain
  • 13T5 Fab heavy chain
  • 13T5 Fab light chain
  • 13t1 Fab heavy chain
  • Ara h 2 allergen
キーワードALLERGEN / allergy / antibody / peanut / epitope / paratope
機能・相同性Napin/ 2S seed storage protein/Conglutin / Protease inhibitor/seed storage/LTP family / Plant lipid transfer protein / seed storage protein / trypsin-alpha amylase inhibitor domain family / Bifunctional inhibitor/plant lipid transfer protein/seed storage helical domain / Bifunctional inhibitor/plant lipid transfer protein/seed storage helical domain superfamily / nutrient reservoir activity / metal ion binding / Ara h 2 allergen
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
Arachis hypogaea (トウジンマメ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Pedersen, L.C. / Mueller, G.A. / Min, J.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS)1ZIAES102906 米国
National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS)1ZICES102645 米国
引用ジャーナル: Clin Exp Allergy / 年: 2024
タイトル: Design of an Ara h 2 hypoallergen from conformational epitopes.
著者: Min, J. / Keswani, T. / LaHood, N.A. / Lytle, I.R. / Marini-Rapoport, O. / Andrieux, L. / Sneed, S.L. / Edwards, L.L. / Petrovich, R.M. / Perera, L. / Pomes, A. / Pedersen, L.C. / Patil, S.U. / Mueller, G.A.
履歴
登録2023年2月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年12月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年1月31日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: 13t1 Fab heavy chain
D: 13T1 Fab light chain
A: 13T5 Fab heavy chain
B: 13T5 Fab light chain
E: Ara h 2 allergen
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,68223
ポリマ－112,4565
非ポリマー1,22618
水4,450247
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)136.302, 136.794, 96.819
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 127.340, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-786-

HOH

-
要素

-
抗体 , 4種, 4分子 CDAB

#1: 抗体 13t1 Fab heavy chain


分子量: 24478.322 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): ExpiCHO-S
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#2: 抗体 13T1 Fab light chain


分子量: 23665.354 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): ExpiCHO-S
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#3: 抗体 13T5 Fab heavy chain


分子量: 25040.055 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): ExpiCHO-S
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#4: 抗体 13T5 Fab light chain


分子量: 23396.951 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 E

#5: タンパク質 Ara h 2 allergen


分子量: 15875.369 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arachis hypogaea (トウジンマメ)
遺伝子: Ara h 2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A445BYI5
#9: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 4種, 264分子

#6: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#8: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 247 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.45 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.1M Tris pH 8.5 0.2M Lithium Sulfate 40% Peg400 / Temp details: room temperature

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→50 Å / Num. obs: 65663 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 48.6 Å2 / CC1/2: 0.993 / Rpim(I) all: 0.04 / Rrim(I) all: 0.076 / Rsym value: 0.064 / Net I/σ(I): 7.2
反射 シェル解像度: 2.25→2.29 Å / Num. unique obs: 3233 / CC1/2: 0.782 / Rsym value: 0.636

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.25→42.55 Å / SU ML: 0.2907 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 24.0593
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2175 1978 3.04 %
Rwork0.1887 63157 -
obs0.1896 65135 97.21 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 62.49 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→42.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7126 0 65 247 7438
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00577362
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.820910049
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0521154
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00711300
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.45382545
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.25-2.30.30091340.26664361X-RAY DIFFRACTION94.37
2.3-2.370.29131420.2564442X-RAY DIFFRACTION96.57
2.37-2.440.30281370.26034489X-RAY DIFFRACTION97
2.44-2.510.28011390.23254486X-RAY DIFFRACTION97.31
2.51-2.60.26941430.224531X-RAY DIFFRACTION97.54
2.6-2.710.24911420.20384527X-RAY DIFFRACTION97.99
2.71-2.830.22981420.224577X-RAY DIFFRACTION98.33
2.83-2.980.2671430.23194527X-RAY DIFFRACTION98.19
2.98-3.170.32031350.21534290X-RAY DIFFRACTION92.48
3.17-3.410.23171430.20084541X-RAY DIFFRACTION98.07
3.41-3.750.18651450.18364615X-RAY DIFFRACTION99.42
3.75-4.30.19411460.15624656X-RAY DIFFRACTION99.4
4.3-5.410.15291450.13934604X-RAY DIFFRACTION98.57
5.41-42.550.21581420.1924511X-RAY DIFFRACTION95.64
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.33370817106-1.86816683670.8285108159282.00870204866-0.6604304722993.972942900650.0129809998185-0.619598273255-0.7194791491460.6288388927340.322676735737-0.007072621100380.596245598045-0.529954851031-0.2416878348540.577037503587-0.13148540866-0.0710909779470.7012094001340.1173290217460.56527318981515.5212069281-3.9632767944972.799822939
23.82476984843-0.534012200029-0.3157652517246.65955048233-0.06638575888425.227507524640.0931338041955-0.490659931768-0.441369281478-0.2287608869330.1303700702220.1118908625650.263632483732-0.781825390852-0.2082342817220.349215384427-0.0854690798607-0.07078742297180.5701682737510.03263006247360.38949101051613.8786075832.1352724741263.2301638754
35.17764037596-0.113527956426-1.834851513644.845856531931.446654825467.555289404740.243891251599-0.160929545393-0.628531124636-0.276618151742-0.1437033844370.3022972006590.759390651119-1.04717438407-0.01774375999850.567630757458-0.197863971106-0.1866599003970.6507530792560.02989782976140.61082883473410.2385074502-3.7990455824963.3963137251
43.47370454666-1.249226587252.015475516156.46432687817-3.274896328185.292796705090.40996900213-0.488382290342-0.646974295246-0.425698740974-0.1744778998030.1547072626110.484934581839-0.44135496544-0.1235920343610.405738527266-0.0636292816484-0.04977677317080.504345328656-0.004193811137650.44245473652218.4548708992.7984363553863.8297767443
52.930883781730.6415499686293.593888785716.405272700232.33562889958.18821120619-0.249768283511-1.113577836-0.7523789117420.1281593484690.643419870259-0.241475672770.00224396584294-0.138503466124-0.2958286481320.497239171904-0.03395571371220.09353142652591.257852044510.252072441530.62413261192534.8774692967-8.196396202491.1919327576
63.621086963160.2906005958540.4898541467422.8811555263-1.102343157254.58916302713-0.0983390503583-1.53210982493-0.00478568068650.4965571521050.2828044293460.6736460504130.203929362977-1.04536344392-0.1599872891110.4459850400370.1066670047150.1011604243411.191393725690.1832815572590.58849479396630.7941047129-3.5978738235390.3299136577
76.1128401295-0.9375225496133.166022346932.96823175198-1.554323907112.502700056030.044025823161.14171148735-0.207003001634-0.645236117490.103958910721-0.3393484343880.3508766987930.722371473295-0.2507441452180.5539743939350.02229146381980.1267624411530.655167968804-0.03565129308320.50971439242237.632772950810.054924764657.12753405
87.34669022732-0.8077455604324.68097508344.90963681623-3.070460242684.69140899783-0.126394717183-0.862685147079-0.2485236626630.2592374407890.1119817020520.0537900901689-0.204928114163-0.252822439552-0.01008100466430.3581041576820.07867948945440.05157160134680.523366855365-0.07816080693240.38124668432927.799539264810.693810632564.798294748
96.909267048312.06841995163.598806928954.812871045192.527894568425.22707480627-0.524298146067-0.3773242251381.60246501625-0.440077757737-0.1919433316460.268617126679-0.877628522303-0.4078097546050.871547907770.4614156641250.0736259057236-0.06089973575990.472057035424-0.1204450159070.60389067697527.184758746520.403100190761.2938375094
103.489619175470.3723753101893.404172202552.119958991230.8538832860083.46833500098-0.211589526331.168544195890.431076554658-1.02798999786-0.06685042803710.350950738230.3299011827160.5756846461080.311123182370.627191940238-0.01386154102820.0007009687608560.7101739021210.06156131167340.55703069971834.223524299215.77676572554.0657022497
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242.37379824831.914087186794.298552789193.852918086041.730863766479.63490656525-0.161128350685-0.1811507713510.134195403679-0.00486771826421-0.1407578445770.428289789404-1.00940120815-0.8926531262350.4936910071180.7704131708390.19848898058-0.07662342925260.580022939052-0.1919679537150.5258012581897.8905848683321.746520526845.7376205989
253.017058184160.403041058435-0.01682119208596.91281414572.899551890661.24841219953-0.928869113579-0.2514017804911.67407954206-0.3631970290040.0624419240143-0.965867592469-1.293503024890.2340885816480.7209793925731.197949568150.0683968372081-0.299188169620.47381575455-0.1424239653870.89888007271518.081516709931.572013138344.9159445999
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'C' and (resid 1 through 17 )CA1 - 171 - 17
22chain 'C' and (resid 18 through 60 )CA18 - 6018 - 60
33chain 'C' and (resid 61 through 83 )CA61 - 8361 - 83
44chain 'C' and (resid 84 through 122 )CA84 - 12284 - 122
55chain 'C' and (resid 123 through 156 )CA123 - 156123 - 156
66chain 'C' and (resid 157 through 225 )CA157 - 225157 - 225
77chain 'D' and (resid 4 through 31 )DC4 - 311 - 28
88chain 'D' and (resid 32 through 48 )DC32 - 4829 - 45
99chain 'D' and (resid 49 through 61 )DC49 - 6146 - 58
1010chain 'D' and (resid 62 through 75 )DC62 - 7559 - 72
1111chain 'D' and (resid 76 through 141 )DC76 - 14173 - 138
1212chain 'D' and (resid 142 through 152 )DC142 - 152139 - 149
1313chain 'D' and (resid 153 through 190 )DC153 - 190150 - 187
1414chain 'D' and (resid 191 through 215 )DC191 - 215188 - 212
1515chain 'A' and (resid 1 through 121 )AD1 - 1211 - 121
1616chain 'A' and (resid 122 through 226 )AD122 - 226122 - 222
1717chain 'B' and (resid 1 through 101 )BH1 - 1011 - 101
1818chain 'B' and (resid 102 through 128 )BH102 - 128102 - 128
1919chain 'B' and (resid 129 through 150 )BH129 - 150129 - 150
2020chain 'B' and (resid 151 through 174 )BH151 - 174151 - 174
2121chain 'B' and (resid 175 through 214 )BH175 - 214175 - 214
2222chain 'E' and (resid 30 through 42 )EK30 - 421 - 13
2323chain 'E' and (resid 43 through 98 )EK43 - 9814 - 41
2424chain 'E' and (resid 99 through 116 )EK99 - 11642 - 59
2525chain 'E' and (resid 117 through 134 )EK117 - 13460 - 77
2626chain 'E' and (resid 135 through 151 )EK135 - 15178 - 94

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る