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万見
- PDB-8g4a: Human ARNT PAS-B complexed with KG-548 small molecule -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8g4a
タイトルHuman ARNT PAS-B complexed with KG-548 small molecule
要素Aryl hydrocarbon receptor nuclear translocator
キーワードTRANSCRIPTION/INHIBITOR / Inhibitor / TRANSCRIPTION / TRANSCRIPTION-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


nuclear aryl hydrocarbon receptor complex / Aryl hydrocarbon receptor signalling / positive regulation of hormone biosynthetic process / aryl hydrocarbon receptor complex / positive regulation of protein sumoylation / Xenobiotics / Phase I - Functionalization of compounds / positive regulation of vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / Regulation of gene expression by Hypoxia-inducible Factor / aryl hydrocarbon receptor binding ...nuclear aryl hydrocarbon receptor complex / Aryl hydrocarbon receptor signalling / positive regulation of hormone biosynthetic process / aryl hydrocarbon receptor complex / positive regulation of protein sumoylation / Xenobiotics / Phase I - Functionalization of compounds / positive regulation of vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / Regulation of gene expression by Hypoxia-inducible Factor / aryl hydrocarbon receptor binding / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / embryonic placenta development / Endogenous sterols / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / positive regulation of endothelial cell proliferation / NPAS4 regulates expression of target genes / positive regulation of glycolytic process / positive regulation of erythrocyte differentiation / PPARA activates gene expression / negative regulation of inflammatory response / RNA polymerase II transcription regulator complex / nuclear receptor activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / cellular response to oxidative stress / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / sequence-specific DNA binding / cell differentiation / response to hypoxia / nuclear body / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / protein heterodimerization activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Nuclear translocator / Helix-loop-helix DNA-binding domain / PAC motif / Motif C-terminal to PAS motifs (likely to contribute to PAS structural domain) / PAS domain / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. ...: / Nuclear translocator / Helix-loop-helix DNA-binding domain / PAC motif / Motif C-terminal to PAS motifs (likely to contribute to PAS structural domain) / PAS domain / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / PAS domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Aryl hydrocarbon receptor nuclear translocator
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.97 Å
データ登録者Xu, X. / Isiorho, E.A. / Pimentel Marcelino, L. / Gardner, K.H.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)MCB1818148 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Use of High Pressure NMR Spectroscopy to Rapidly Identify Proteins with Internal Ligand-Binding Voids
著者: Xu, X. / Gardner, K.H.
履歴
登録2023年2月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年2月14日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aryl hydrocarbon receptor nuclear translocator
B: Aryl hydrocarbon receptor nuclear translocator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,1963
ポリマ－27,9132
非ポリマー2821
水543
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: NMR Distance Restraints, providing information on ligand homo dimer complex
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1660 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area10450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.135, 80.135, 100.718
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Aryl hydrocarbon receptor nuclear translocator / ARNT protein / Class E basic helix-loop-helix protein 2 / bHLHe2 / Dioxin receptor / nuclear ...ARNT protein / Class E basic helix-loop-helix protein 2 / bHLHe2 / Dioxin receptor / nuclear translocator / Hypoxia-inducible factor 1-beta / HIF-1-beta / HIF1-beta


分子量: 13956.701 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ARNT, BHLHE2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P27540
#2: 化合物 ChemComp-YL8 / 5-[3,5-bis(trifluoromethyl)phenyl]-2H-tetrazole


分子量: 282.145 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H4F6N4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 65 % / 解説: diamond-like appearance
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M MES pH 6.5, 1.6 M magnesium sulfate, 2:1 (protein:condition)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月16日
放射モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.97→69.4 Å / Num. obs: 27007 / % possible obs: 99.76 % / 冗長度: 10 % / Biso Wilson estimate: 61.65 Å2 / CC1/2: 0.998 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Rpim(I) all: 0.0166 / Rrim(I) all: 0.05186 / Net I/σ(I): 22.86
反射 シェル解像度: 1.97→2.04 Å / Rmerge(I) obs: 3.823 / Num. unique obs: 2701 / CC1/2: 0.354 / % possible all: 98.15

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2-3874精密化
Blu-Iceデータ収集
autoPROCデータ削減
PHASER位相決定
PDB-REDO精密化
autoPROCデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.97→69.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.956 / SU B: 10.19 / SU ML: 0.122 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.13 / ESU R Free: 0.124 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22932 1979 7.3 %RANDOM
Rwork0.20404 ---
obs0.20583 25028 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 79.074 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.12 Å2-0.06 Å2-0 Å2
2---0.12 Å20 Å2
3---0.4 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.97→69.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1765 0 19 3 1787
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0171828
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0161592
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2281.8252474
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.4351.563718
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.9745.271221
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.3910318
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.060.2263
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.022058
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02393
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.8944.6842
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.8994.6842
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.1166.8711049
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other6.1146.8761050
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.3665.261986
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other6.3635.261987
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other8.8647.6761426
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined10.5656.2281958
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other10.55856.2211959
LS精密化 シェル解像度: 1.97→2.021 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.323 148 -
Rwork0.365 1833 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.55381.88110.48826.73640.47786.2460.3879-0.7281-0.22930.4571-0.2342-0.36380.1443-0.1125-0.15370.0657-0.0208-0.0420.15310.03410.0344-26.338-20.9521.798
23.5565-0.22610.98978.4706-1.07784.54960.01710.46040.3917-1.0189-0.0355-0.1055-0.18480.30020.01840.359-0.00880.00320.16210.04760.0475-30.434-12.678-18.281
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 361:465 )A361 - 465
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN B AND RESID 360:465 )B360 - 465

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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