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- PDB-8g3z: Neuraminidase of B/Massachusetts/02/2012 (Yamagata) in complex wi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8g3z
タイトルNeuraminidase of B/Massachusetts/02/2012 (Yamagata) in complex with 4 FNI17 Fab molecules
要素
  • FNI17 Fab heavy chain
  • FNI17 Fab light chain
  • Neuraminidaseノイラミニダーゼ
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM (ウイルス性) / viral glycoprotein / antibody (抗体) / Fab / influenza (インフルエンザ) / virus (ウイルス) / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex (ウイルス性)
機能・相同性
機能・相同性情報


exo-alpha-(2->3)-sialidase activity / exo-alpha-(2->6)-sialidase activity / exo-alpha-(2->8)-sialidase activity / ノイラミニダーゼ / carbohydrate metabolic process / host cell plasma membrane / virion membrane / 生体膜 / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase, family 34 / ノイラミニダーゼ / Sialidase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ノイラミニダーゼ
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Influenza B virus (B型インフルエンザウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Dang, H.V. / Snell, G.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Other private 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2023
タイトル: A pan-influenza antibody inhibiting neuraminidase via receptor mimicry.
著者: Corey Momont / Ha V Dang / Fabrizia Zatta / Kevin Hauser / Caihong Wang / Julia di Iulio / Andrea Minola / Nadine Czudnochowski / Anna De Marco / Kaitlin Branch / David Donermeyer / Siddhant ...著者: Corey Momont / Ha V Dang / Fabrizia Zatta / Kevin Hauser / Caihong Wang / Julia di Iulio / Andrea Minola / Nadine Czudnochowski / Anna De Marco / Kaitlin Branch / David Donermeyer / Siddhant Vyas / Alex Chen / Elena Ferri / Barbara Guarino / Abigail E Powell / Roberto Spreafico / Samantha S Yim / Dale R Balce / Istvan Bartha / Marcel Meury / Tristan I Croll / David M Belnap / Michael A Schmid / William Timothy Schaiff / Jessica L Miller / Elisabetta Cameroni / Amalio Telenti / Herbert W Virgin / Laura E Rosen / Lisa A Purcell / Antonio Lanzavecchia / Gyorgy Snell / Davide Corti / Matteo Samuele Pizzuto /
要旨: Rapidly evolving influenza A viruses (IAVs) and influenza B viruses (IBVs) are major causes of recurrent lower respiratory tract infections. Current influenza vaccines elicit antibodies ...Rapidly evolving influenza A viruses (IAVs) and influenza B viruses (IBVs) are major causes of recurrent lower respiratory tract infections. Current influenza vaccines elicit antibodies predominantly to the highly variable head region of haemagglutinin and their effectiveness is limited by viral drift and suboptimal immune responses. Here we describe a neuraminidase-targeting monoclonal antibody, FNI9, that potently inhibits the enzymatic activity of all group 1 and group 2 IAVs, as well as Victoria/2/87-like, Yamagata/16/88-like and ancestral IBVs. FNI9 broadly neutralizes seasonal IAVs and IBVs, including the immune-evading H3N2 strains bearing an N-glycan at position 245, and shows synergistic activity when combined with anti-haemagglutinin stem-directed antibodies. Structural analysis reveals that D107 in the FNI9 heavy chain complementarity-determinant region 3 mimics the interaction of the sialic acid carboxyl group with the three highly conserved arginine residues (R118, R292 and R371) of the neuraminidase catalytic site. FNI9 demonstrates potent prophylactic activity against lethal IAV and IBV infections in mice. The unprecedented breadth and potency of the FNI9 monoclonal antibody supports its development for the prevention of influenza illness by seasonal and pandemic viruses.
履歴
登録2023年2月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年5月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22023年6月28日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: FNI17 Fab heavy chain
L: FNI17 Fab light chain
E: FNI17 Fab heavy chain
F: FNI17 Fab light chain
G: FNI17 Fab heavy chain
I: FNI17 Fab light chain
J: FNI17 Fab heavy chain
K: FNI17 Fab light chain
A: Neuraminidase
B: Neuraminidase
C: Neuraminidase
D: Neuraminidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)414,79125
ポリマ－412,82112
非ポリマー1,97013
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11H
21E
12H
22G
13H
23J
14L
24F
15L
25I
16L
26K
17E
27G
18E
28J
19F
29I
110F
210K
111G
211J
112I
212K
113A
213B
114A
214C
115A
215D
116B
216C
117B
217D
118C
218D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 0 / Refine code: 0

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11VALVALSERSERHA2 - 1302 - 130
21VALVALSERSEREC2 - 1302 - 130
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212ILEILETHRTHRKH2 - 1102 - 110
113GLUGLULEULEUAI77 - 466107 - 496
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115GLUGLULEULEUAI77 - 466107 - 496
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218GLUGLULEULEUDL77 - 466107 - 496

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18

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要素

#1: 抗体
FNI17 Fab heavy chain


分子量: 24580.527 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#2: 抗体
FNI17 Fab light chain


分子量: 23479.061 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#3: タンパク質
Neuraminidase / ノイラミニダーゼ


分子量: 55145.559 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: B/Massachusetts/02/2012 (Yamagata)
由来: (組換発現) Influenza B virus (B型インフルエンザウイルス)
遺伝子: NA / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A0D6A730
#4: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: 4 FNI17 Fabs in complex with tetrameric NA protein from B/Massachusetts/02/2012 (Yamagata) strain
タイプ: COMPLEX
詳細: Fab fragment generated by proteolytic cleavage of FNI17 IgG1 antibody
Entity ID: #1-#3 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.42 kDa/nm / 実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
21Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)11320
31Influenza B virus (B型インフルエンザウイルス)11520
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
21Homo sapiens (ヒト)9606
31Homo sapiens (ヒト)9606
緩衝液pH: 8 / 詳細: 50 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl, 10 mM CaCl2, pH 8.0
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
1150 mMsodium chloride塩化ナトリウムNaCl塩化ナトリウム1
250 mMTrisトリスヒドロキシメチルアミノメタンC4H11NO31
310 mMcalcium chlorideCaCl21
試料濃度: 0.25 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 52.61 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

-
解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0267 / 分類: 精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C4 (4回回転対称)
3次元再構成解像度: 2.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 177249 / 対称性のタイプ: POINT
精密化解像度: 2.3→178.76 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.898 / SU B: 5.206 / SU ML: 0.117 / ESU R: 0.159
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射
Rwork0.34412 --
obs0.34412 563160 100 %
溶媒の処理溶媒モデル: PARAMETERS FOR MASK CACLULATION
原子変位パラメータBiso mean: 55.63 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 合計: 19485
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_refined_d0.0070.01319999
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_other_d0.0320.01518270
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_refined_deg1.5951.65627121
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_other_deg1.341.58642239
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_1_deg8.9852500
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_2_deg29.6121.369964
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_3_deg14.608153256
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_4_deg19.21815132
ELECTRON MICROSCOPYr_chiral_restr0.0880.22620
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_refined0.0080.0222649
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_other0.0020.024670
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_other
ELECTRON MICROSCOPYr_nbtor_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_nbtor_other
ELECTRON MICROSCOPYr_xyhbond_nbd_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_xyhbond_nbd_other
ELECTRON MICROSCOPYr_metal_ion_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_metal_ion_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_vdw_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_vdw_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_hbond_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_hbond_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_metal_ion_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_metal_ion_other
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_it2.5375.79310036
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_other2.5375.79310035
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_it4.2238.69412524
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_other4.2238.69412525
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_it3.0266.0399963
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_other3.0266.0399964
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_it
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_other5.0858.91514598
ELECTRON MICROSCOPYr_long_range_B_refined9.67582906
ELECTRON MICROSCOPYr_long_range_B_other9.67582907
ELECTRON MICROSCOPYr_rigid_bond_restr
ELECTRON MICROSCOPYr_sphericity_free
ELECTRON MICROSCOPYr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: ELECTRON MICROSCOPY / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11H78340.07
12E78340.07
21H77880.08
22G77880.08
31H78240.07
32J78240.07
41L65000.1
42F65000.1
51L64980.1
52I64980.1
61L63640.12
62K63640.12
71E79600.04
72G79600.04
81E78660.06
82J78660.06
91F66360.08
92I66360.08
101F65120.1
102K65120.1
111G78380.07
112J78380.07
121I64960.1
122K64960.1
131A256440.09
132B256440.09
141A255360.08
142C255360.08
151A259480.07
152D259480.07
161B254100.09
162C254100.09
171B255540.09
172D255540.09
181C255060.09
182D255060.09
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0 0 -
Rwork0.817 41717 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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