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- PDB-8g3d: 48-nm doublet microtubule from Tetrahymena thermophila strain K40R -

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データベース: PDB / ID: 8g3d
タイトル48-nm doublet microtubule from Tetrahymena thermophila strain K40R
要素
  • (Cilia- and flagella-associated protein ...) x 3
  • (Parkin co-regulated protein ...) x 2
  • B2B3_fMIP
  • B5B6_fMIP
  • CFAM166A
  • CFAM166B
  • CFAM166C
  • CFAP107
  • CFAP112A
  • CFAP115
  • CFAP127
  • CFAP129
  • CFAP143
  • CFAP161A
  • CFAP182A
  • CFAP182B
  • CFAP20
  • CFAP210
  • CFAP21A
  • CFAP77A
  • DNA polymerase delta C4-type zinc-finger protein
  • Flagellar FliJ protein
  • Flagellar microtugule protofilament ribbon protein
  • IJ34
  • Nebulin
  • Nucleoside diphosphate kinase
  • OJ2
  • OJ3
  • Protofilament ribbon protein
  • RIB22
  • RIB26
  • RIB27A
  • RIB27B
  • RIB35
  • RIB38
  • RIB43A protein
  • RIB57
  • RIB72B
  • SB1
  • STPG1A
  • STPG2
  • Tubulin alpha chain
  • Tubulin beta chain
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / Cilia / Axoneme / Doublet Microtubule / Microtubule Inner Protein
機能・相同性
機能・相同性情報


cilium-dependent cell motility / regulation of cilium beat frequency involved in ciliary motility / axoneme assembly / axonemal microtubule / cilium organization / nucleoside-diphosphate kinase / CTP biosynthetic process / UTP biosynthetic process / motile cilium / positive regulation of cell motility ...cilium-dependent cell motility / regulation of cilium beat frequency involved in ciliary motility / axoneme assembly / axonemal microtubule / cilium organization / nucleoside-diphosphate kinase / CTP biosynthetic process / UTP biosynthetic process / motile cilium / positive regulation of cell motility / GTP biosynthetic process / regulation of neuron projection development / nucleoside diphosphate kinase activity / axoneme / mitotic cytokinesis / alpha-tubulin binding / cilium assembly / Hsp70 protein binding / mitotic spindle organization / acrosomal vesicle / ciliary basal body / meiotic cell cycle / cell projection / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / Hsp90 protein binding / structural constituent of cytoskeleton / mitotic spindle / cilium / microtubule cytoskeleton organization / mitotic cell cycle / microtubule / vesicle / cytoskeleton / hydrolase activity / calmodulin binding / neuron projection / phosphorylation / GTPase activity / centrosome / calcium ion binding / GTP binding / ATP binding / nucleus / metal ion binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
CCDC81, HU domain 1 / CCDC81, HU domain 2 / CCDC81 eukaryotic HU domain 1 / CCDC81 eukaryotic HU domain 2 / Sperm-tail PG-rich repeat / Sperm-tail PG-rich repeat / Cilia- and flagella-associated protein 77 / Cilia- and flagella-associated protein 77 / Uncharacterised protein FAM166/UPF0605 / Ciliary microtubule inner protein 2B-like ...CCDC81, HU domain 1 / CCDC81, HU domain 2 / CCDC81 eukaryotic HU domain 1 / CCDC81 eukaryotic HU domain 2 / Sperm-tail PG-rich repeat / Sperm-tail PG-rich repeat / Cilia- and flagella-associated protein 77 / Cilia- and flagella-associated protein 77 / Uncharacterised protein FAM166/UPF0605 / Ciliary microtubule inner protein 2B-like / Nucleoside diphosphate kinase 7 / Meiosis-specific nuclear structural protein 1 / Piercer of microtubule wall 1/2 / Cilia- and flagella-associated protein 141 / Cilia- and flagella-associated protein 45 / NDPK7, second NDPk domain / Cilia- and flagella- associated protein 210 / CFAP53/TCHP / Trichohyalin-plectin-homology domain / Trichohyalin-plectin-homology domain / Piercer of microtubule wall 1/2 / Cilia- and flagella-associated protein 141 / RIB43A / RIB43A / DM10 domain / EF-hand domain-containing protein EFHC1/EFHC2/EFHB / DM10 domain / DM10 domain profile. / Domains in hypothetical proteins in Drosophila, C. elegans and mammals. Occurs singly in some nucleoside diphosphate kinases. / Enkurin domain / Calmodulin-binding / Enkurin domain profile. / CFA20 domain / Cilia- and flagella-associated protein 20/CFAP20DC / CFA20 domain / Parkin co-regulated protein / Parkin co-regulated protein / Dienelactone hydrolase / Dienelactone hydrolase family / Nucleoside diphosphate kinase, active site / Nucleoside diphosphate kinase (NDPK) active site signature. / Nucleoside diphosphate kinase / Nucleoside diphosphate kinase-like domain / Nucleoside diphosphate kinase / NDK / Nucleoside diphosphate kinase-like domain superfamily / EF-hand domain pair / Mir domain superfamily / Alpha tubulin / Tubulin-beta mRNA autoregulation signal. / Beta tubulin, autoregulation binding site / Beta tubulin / Tubulin / Tubulin, C-terminal / Tubulin C-terminal domain / Tubulin, conserved site / Tubulin subunits alpha, beta, and gamma signature. / Tubulin/FtsZ family, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ-like, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, C-terminal / Tubulin/FtsZ, 2-layer sandwich domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain superfamily / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Alpha/Beta hydrolase fold / Armadillo-type fold / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Flagellar FliJ protein / Uncharacterized protein / RIB43A protein / EF hand protein / Uncharacterized protein / Meiosis-specific nuclear structural protein 1 / EF-hand domain-containing family member C2 / DNA polymerase delta C4-type zinc-finger protein ...GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Flagellar FliJ protein / Uncharacterized protein / RIB43A protein / EF hand protein / Uncharacterized protein / Meiosis-specific nuclear structural protein 1 / EF-hand domain-containing family member C2 / DNA polymerase delta C4-type zinc-finger protein / Sperm-tail PG-rich repeat protein / Parkin co-regulated protein / Ptype ATPase, putative / Uncharacterized protein / EF-hand protein / EF-hand pair protein / EF-hand pair protein / Uncharacterized protein / Parkin co-regulated protein / Uncharacterized protein / Tubulin alpha chain / Tubulin beta chain / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Cilia- and flagella-associated protein 20 / EF hand protein, putative / Sperm-tail PG-rich repeat protein / Cilia- and flagella-associated protein 52 / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Dienelactone hydrolase family protein / Ciliary microtubule inner protein 2A-C-like domain-containing protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Ciliary microtubule inner protein 2A-C-like domain-containing protein / Trichohyalin-plectin-homology domain-containing protein / STOP protein / EF hand protein / Cilia- and flagella-associated protein 53 / Protofilament ribbon protein / Uncharacterized protein / Sperm-tail PG-rich repeat protein / Cilia- and flagella-associated protein 45 / Nucleoside diphosphate kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Tetrahymena thermophila (真核生物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Black, C.S. / Kubo, S. / Yang, S.K. / Bui, K.H.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR) カナダ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Native doublet microtubules from Tetrahymena thermophila reveal the importance of outer junction proteins.
著者: Shintaroh Kubo / Corbin S Black / Ewa Joachimiak / Shun Kai Yang / Thibault Legal / Katya Peri / Ahmad Abdelzaher Zaki Khalifa / Avrin Ghanaeian / Caitlyn L McCafferty / Melissa Valente- ...著者: Shintaroh Kubo / Corbin S Black / Ewa Joachimiak / Shun Kai Yang / Thibault Legal / Katya Peri / Ahmad Abdelzaher Zaki Khalifa / Avrin Ghanaeian / Caitlyn L McCafferty / Melissa Valente-Paterno / Chelsea De Bellis / Phuong M Huynh / Zhe Fan / Edward M Marcotte / Dorota Wloga / Khanh Huy Bui /
要旨: Cilia are ubiquitous eukaryotic organelles responsible for cellular motility and sensory functions. The ciliary axoneme is a microtubule-based cytoskeleton consisting of two central singlets and nine ...Cilia are ubiquitous eukaryotic organelles responsible for cellular motility and sensory functions. The ciliary axoneme is a microtubule-based cytoskeleton consisting of two central singlets and nine outer doublet microtubules. Cryo-electron microscopy-based studies have revealed a complex network inside the lumen of both tubules composed of microtubule-inner proteins (MIPs). However, the functions of most MIPs remain unknown. Here, we present single-particle cryo-EM-based analyses of the Tetrahymena thermophila native doublet microtubule and identify 42 MIPs. These data shed light on the evolutionarily conserved and diversified roles of MIPs. In addition, we identified MIPs potentially responsible for the assembly and stability of the doublet outer junction. Knockout of the evolutionarily conserved outer junction component CFAP77 moderately diminishes Tetrahymena swimming speed and beat frequency, indicating the important role of CFAP77 and outer junction stability in cilia beating generation and/or regulation.
履歴
登録2023年2月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年6月14日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
0A: RIB27A
0B: RIB38
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0E: RIB22
0F: CFAM166C
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0Q: CFAP20
0S: Parkin co-regulated protein PACRGA
0T: IJ34
0U: Cilia- and flagella-associated protein 52
0V: DNA polymerase delta C4-type zinc-finger protein
0X: RIB43A protein
1A: RIB27A
1B: RIB57
1C: CFAM166B
1D: CFAM166A
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1G: CFAP107
1H: CFAP127
1I: CFAP143
1J: CFAP21A
1K: Cilia- and flagella-associated protein 53
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1O: Cilia- and flagella-associated protein 45
1P: CFAP210
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1R: RIB72B
1S: Parkin co-regulated protein PACRGA
1T: IJ34
1U: Cilia- and flagella-associated protein 52
1V: DNA polymerase delta C4-type zinc-finger protein
1W: Protofilament ribbon protein
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2C: RIB35
2D: CFAM166A
2E: RIB22
2F: CFAP182B
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2K: Cilia- and flagella-associated protein 53
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2M: Nucleoside diphosphate kinase
2N: CFAP161A
2O: Cilia- and flagella-associated protein 45
2P: CFAP210
2Q: CFAP20
2R: RIB72B
2S: Parkin co-regulated protein PACRGA
2T: IJ34
2U: Cilia- and flagella-associated protein 52
2V: DNA polymerase delta C4-type zinc-finger protein
2W: Protofilament ribbon protein
2X: RIB43A protein
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3O: Cilia- and flagella-associated protein 45
3Q: CFAP20
3R: RIB72B
3S: Parkin co-regulated protein PACRGA
3T: IJ34
3U: Cilia- and flagella-associated protein 52
3V: DNA polymerase delta C4-type zinc-finger protein
3X: RIB43A protein
4C: RIB35
4F: CFAP129
4H: RIB27B
4Q: CFAP20
4R: Flagellar microtugule protofilament ribbon protein
4S: Parkin co-regulated protein PACRGB
4X: RIB43A protein
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5B: OJ2
5C: OJ2
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5J: OJ3
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5S: Parkin co-regulated protein PACRGB
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6G: STPG1A
6H: Nebulin
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6R: Flagellar microtugule protofilament ribbon protein
7R: Flagellar microtugule protofilament ribbon protein
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8N: B5B6_fMIP
8P: CFAP112A
8R: B2B3_fMIP
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AB: Tubulin beta chain
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UJ: Tubulin beta chain
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WG: Tubulin alpha chain
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WJ: Tubulin beta chain
WK: Tubulin alpha chain
WL: Tubulin beta chain
WM: Tubulin alpha chain
WN: Tubulin beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,362,468914
ポリマ－20,202,968431
非ポリマー159,500483
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: mass spectrometry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

+
タンパク質 , 41種, 416分子 0A1A2A3A0B0C1C0D1D2D0E1E2E3E0F0G1G0H1H0N1N2N0Q1Q2Q3Q4Q5Q6Q0T...

#1: タンパク質
RIB27A


分子量: 27605.641 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物) / 参照: UniProt: I7LUL4
#2: タンパク質 RIB38


分子量: 38175.543 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物) / 参照: UniProt: Q23JL9
#3: タンパク質 CFAM166B


分子量: 17705.826 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物) / 参照: UniProt: Q235M9
#4: タンパク質 CFAM166A


分子量: 25779.852 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物) / 参照: UniProt: Q238X3
#5: タンパク質
RIB22


分子量: 22401.135 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物) / 参照: UniProt: I7LT67
#6: タンパク質 CFAM166C


分子量: 25069.318 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物) / 参照: UniProt: Q22B75
#7: タンパク質 CFAP107


分子量: 21314.023 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物) / 参照: UniProt: Q237T1
#8: タンパク質 CFAP127


分子量: 55558.031 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物) / 参照: UniProt: I7LV70
#9: タンパク質 CFAP161A


分子量: 57489.621 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物) / 参照: UniProt: Q22WJ6
#10: タンパク質
CFAP20 / Transcription factor iib protein / putative


分子量: 22976.535 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物) / 参照: UniProt: Q22NU3
#12: タンパク質
IJ34


分子量: 34434.062 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物) / 参照: UniProt: I7M9T0
#14: タンパク質
DNA polymerase delta C4-type zinc-finger protein / CFAP106A


分子量: 31493.797 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物) / 参照: UniProt: I7M279
#15: タンパク質
RIB43A protein / RIB43A_S


分子量: 17321.414 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物) / 参照: UniProt: A4VDZ5
#16: タンパク質 RIB57


分子量: 57580.914 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物) / 参照: UniProt: I7ME23
#17: タンパク質 CFAP182A


分子量: 20109.840 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物) / 参照: UniProt: Q24BV4
#18: タンパク質 CFAP143


分子量: 30485.744 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物) / 参照: UniProt: A4VD56
#19: タンパク質 CFAP21A


分子量: 48501.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物) / 参照: UniProt: I7MLS4
#21: タンパク質 CFAP115


分子量: 110656.180 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物) / 参照: UniProt: Q23KF9
#22: タンパク質 Nucleoside diphosphate kinase / CFAP67A


分子量: 42642.727 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物) / 参照: UniProt: W7XGD1
#24: タンパク質 CFAP210


分子量: 61707.121 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物) / 参照: UniProt: Q23EX8
#25: タンパク質 RIB72B


分子量: 60972.898 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物) / 参照: UniProt: I7MCU1
#26: タンパク質 Protofilament ribbon protein / RIB43A_L


分子量: 34224.398 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物) / 参照: UniProt: Q240R7
#27: タンパク質 RIB35 / EF-hand pair protein


分子量: 34952.652 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物) / 参照: UniProt: I7ME81
#28: タンパク質 CFAP182B


分子量: 11702.059 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物) / 参照: UniProt: I7MLW3
#29: タンパク質 Flagellar FliJ protein / CFAP141


分子量: 12098.964 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物) / 参照: UniProt: A4VCU8
#30: タンパク質 RIB27B


分子量: 26270.043 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物) / 参照: UniProt: Q22CT6
#31: タンパク質 STPG2 / Sperm-tail PG-rich repeat protein


分子量: 33647.141 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物) / 参照: UniProt: I7M2G0
#32: タンパク質 RIB26


分子量: 26114.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物) / 参照: UniProt: Q232I6
#33: タンパク質 CFAP129


分子量: 31401.934 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物) / 参照: UniProt: I7M9I4
#34: タンパク質
Flagellar microtugule protofilament ribbon protein / RIB72A


分子量: 72643.695 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物) / 参照: UniProt: I7M0S7
#36: タンパク質
OJ2


分子量: 19931.387 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物) / 参照: UniProt: Q236L2
#37: タンパク質
CFAP77A


分子量: 28989.633 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物) / 参照: UniProt: Q22WR6
#38: タンパク質 OJ3


分子量: 14315.630 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物)
#39: タンパク質 SB1


分子量: 17793.787 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物) / 参照: UniProt: Q231B2
#40: タンパク質 STPG1A / Sperm-tail PG-rich repeat protein


分子量: 42132.254 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物) / 参照: UniProt: Q24GM1
#41: タンパク質 Nebulin


分子量: 61040.648 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物) / 参照: UniProt: Q231B6
#42: タンパク質 B5B6_fMIP


分子量: 43166.234 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物)
#43: タンパク質 CFAP112A


分子量: 45038.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物)
#44: タンパク質 B2B3_fMIP


分子量: 31099.145 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物)
#45: タンパク質 ...
Tubulin alpha chain / Alpha-tubulin


分子量: 49667.047 Da / 分子数: 161 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物)
参照: UniProt: P41351, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与
#46: タンパク質 ...
Tubulin beta chain / Beta-tubulin


分子量: 49617.676 Da / 分子数: 161 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物) / 参照: UniProt: P41352

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Parkin co-regulated protein ... , 2種, 6分子 0S1S2S3S4S5S

#11: タンパク質
Parkin co-regulated protein PACRGA


分子量: 36304.816 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物) / 参照: UniProt: I7MLV6
#35: タンパク質 Parkin co-regulated protein PACRGB


分子量: 28413.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物) / 参照: UniProt: I7M317

-
Cilia- and flagella-associated protein ... , 3種, 9分子 0U1U2U3U1K2K1O2O3O

#13: タンパク質
Cilia- and flagella-associated protein 52 / CFAP52A


分子量: 73429.117 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物) / 参照: UniProt: Q22ZH2
#20: タンパク質 Cilia- and flagella-associated protein 53 / CFAP53


分子量: 60717.801 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物) / 参照: UniProt: Q23YQ8
#23: タンパク質 Cilia- and flagella-associated protein 45 / CFAP45


分子量: 59580.438 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物) / 参照: UniProt: W7XCX2

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非ポリマー , 3種, 483分子

#47: 化合物...
ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 161 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#48: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 161 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#49: 化合物...
ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 161 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
配列の詳細The identities of those residues that could be observed in chains 5I, 5J, 5K, 8L, 8N and 8P could ...The identities of those residues that could be observed in chains 5I, 5J, 5K, 8L, 8N and 8P could not be determined, and so were modeled as unknown residues (UNK). The actual sequence of OJ3 (chains 5I, 5J, and 5K) is: MADKSSQVKTRDKSPVAEMITWSEVIKKEKSKQKIYEHFTINPRKLFLYSDKPCENALVEQKMQHSQTKNPFLDISKTSA LLDSLKSPELSQDILSKLTTINQTPGQKYKFPQTANQDIGWFNQHSRSLSPQRSSNQFNYPKKTCNETNYANEYYNMLRV SPFSNKFK. The actual sequence of B5B6_fMIP (chaind 8L and 8N) is: MMYPRKPPTKDEPKSRKNLTQFQREELKRAVAERLSKKYGINNTDLIFGEVANYMNEHQNITAEGLKNLEENIKAQTTNN KNAAPIRQDDEESVKSGISKMSGASNFDAVDKYTQKKSLTEINGDAKSEASKTKKLQGTQIKKPENDLGFLDEENEWAAI YKYNRFLYDKEEEMKKIKKLEQIKQIRRDLDAQVEEKKKIKDYDKKESEGYSKNMQIQMERYDEKEKEKEMQLQLIKDME KATRAKQIKDNKQRRRQEDKQQKQLDAYLMQKVKEELEAEQQYQTFKREHQAQVMKKLLQENEERKERLRKEAEQERQEN IQLMDAYCRLIAEQEQEREKNIKEREHKMKHYQKLALEQVAQENEDKLGQMERRRERYHQRHEKKLDQMELDQKKKIKDQ KHFMKDYLFKQMAEKDERKRKEKDQFNEQAVIWKKDNEEFIKFEEKKKIDKQGVMNTYASTLKEQMADNAVLKKTALQAM NENETLLNKRLLQELDDMRDQIKKKQQ. The actual sequence of CFAP112A (chain 8P) is: MSTIGKSQVSQSKTGNNPLVKQTISKAEAIQQREQLRQKVLSIFLKDYAKNSKSLQTAIEQEVDNFFKHEKVNESSLKDL KARVQALALGKAPSSVGAKSVNQNAHADDNKSVRSQVSQKSHVSGVSQKNQQQNHNQYQQQHDNVSHRDEDGLSVTSSKA PQSVYYLEGDEDDEWAAIVKFDTELFKKEQELEKQRNAEFKKKMRNELDKQLAEKGSRKQHERVENDAYVDLQNHQLNVY DEREKQKEQEKQAKIMNEKRQRDKQVQDENLRRKLEKKREKELDAMLVAKIKEEKEIEEREILNKKLKEKERLAQMMKEN EDYRIKSEKEARDEKANDIRLQQEYTRLTEEMEANREREKKNREDKIKKIMSAFADTVVKDQKAIIREEDEKMMRHIIDQ EEKDRQEEQRRQENLRKQKQDMRNFLNKQIDEKNDRKVQEDQINKKQAEIWAKDRENYMEHEQTKQTYIKSVNKKHQDIL KQQMDEKHNPKKGKMNVNELLQNKQLFEEIAQKNDRIQLKKADPSAIKR.

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: CELL / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: 48-nm repeat unit of microtubule doublet from Tetrahymena thermophila strain CU428
タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT
詳細: Single Particle Analysis of the 48-nm repeating unit of the axoneme from intact cilia purified from Tetrahymena strain CU428
Entity ID: #1-#46 / 由来: NATURAL
分子量値: 7.6 MDa / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Tetrahymena thermophila (真核生物) / 株: CU428 / Organelle: Cilia
緩衝液pH: 7.4
試料濃度: 2.2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 45 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
phenix.real_space_refine1.19.2_4158+SVN精密化
PHENIX1.19.2_4158+SVN精密化
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 182355 / 対称性のタイプ: POINT
EM volume selectionNum. of tomograms: 32 / Num. of volumes extracted: 2608
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 114.89 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00431352419
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.68911832507
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0474200132
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0053238808
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d9.0447185729

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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